公孙瓒派他堂弟公孙越率千余骑兵到袁术处相结好，暗地又让袁术扣留刘和并夺占幽州牧刘虞之子刘和的兵马。因此，公孙瓒与刘虞的矛盾越来越深。袁术遣公孙越帮助孙坚攻周昂，公孙越被流矢射中而死，加上袁绍私占冀州并未履约，公孙瓒怒道：“我弟之死，祸起于袁绍。”于是出兵驻扎在磐河准备报复袁绍，攻击冀州。双方由此展开一声争夺冀州的战争。时公孙瓒大破黄巾，威名正盛，领军进入冀州后，郡县纷纷反叛袁绍归附。袁绍畏其兵威，授公孙瓒另一从弟公孙范为渤海太守，公孙范至郡后反以渤海郡兵进攻袁绍。一时公孙瓒兵势甚盛。于是，公孙瓒以其将严纲为冀州刺史，田楷为青州刺史，单经为交州刺史，又改置冀州治内郡县守令。
初平二年（191）秋，以于毒、白绕等为首的黑山农民军进攻魏郡、东郡等地，东郡太守王肱不能抵挡。袁绍派当时正隶属于他的曹操引兵入东郡，借以发展自己势力。曹操在濮阳大破黑山军白绕部。袁绍表曹操为东郡太守，改治东武阳。曹操起兵以来苦无地盘，至此有了东郡这一立足之地。
益州牧刘焉命督义司马张鲁、别部司马张修合兵攻杀汉中太守苏国，断绝褒斜道，杀汉廷使臣，声言盗贼断路，无法与朝廷联系。又以托辞杀州中大族王咸、李权等十余人，借此立威。不久，犍为太守任岐与校尉贾龙起兵攻打刘焉，兵败被杀。刘焉气势更盛，但是他的几个儿子皆在长安，献帝使其子奉车都尉刘璋回益州劝说刘焉。刘焉将刘璋留在益州不再返回长安，遂割据益州。
此时的刘表在荆州得到本土大家族蒯家和蔡家的支持，重用蒯良、蒯越、蔡瑁等人，很快地平息了荆州各郡宗贼，控制了除南阳郡外的荆州七郡，理兵襄阳，以观时变。孙坚脱离袁术后，刘表断了袁术的粮道，使其无法再盘踞南阳，迫使他往兖豫方向出走，间接促成了后来袁术与曹操的匡亭之战。此举不但彻底除去袁术觊觎荆州的野心，更借曹操军的力量削弱袁术势力，使其更加远离荆州，减少了对荆州威胁，也巩固了自己在荆州的统治权。
刘备虽然随孔融去了青州，但名义上还是附属于公孙瓒。因刘备在青州剿灭黄巾叛乱有功，又与其将田楷镇抚青州有功，公孙瓒表刘备为乐安郡太守。刘备表田豫为郡尉，简雍为监衘史，又有北海孙乾来投，刘备令其为主薄。孔融举荐名士华歆相辅，刘备拜华歆为郡丞。张飞虽没有官职，却统领着刘备的全部兵马。致此，刘备也较历史上更早地拥有了自己的地盘和谋士。
刘琦返回晋阳后，看到手中各地传来的消息，才发现这天下真的乱了，乱得一塌糊涂！自己得加紧步伐了，现在袁绍和公孙瓒的实力已经强于自己，袁术在往豫州扩张，曹操和刘备也分别在衮州和青州强势崛起，想来孙坚回到江东也会很快崛起于扬州。各路豪杰都在壮大啊，自己必须尽快平定并州各路叛乱才行。
於夫罗没有按刘琦的设想回南匈奴王庭接受投降，而是随张杨归附于袁绍。后又引兵叛离，劫持了张杨。袁绍派将领张郃追击，在邺城南面击败了于夫罗军。于夫罗劫持张杨来到黎阳，打败了度辽将军耿祉，势力又壮大起来，开始骚扰东郡地区。
与荀彧、田丰、郭嘉商议后，为了日后能安心与诸侯相抗，就必须将并州境内的羌胡隐患全部拔出。令北路军南下直捣南匈奴王庭，杀其精壮，俘虏妇孺迁往雁门太原二郡，又安排从司隶、冀州逃难而来的流民进入河套地区。派郭嘉到南路大军中为军师，引赵云、典韦等将西出西河郡，收复上郡。
两路大军征战，刘琦又派出校尉各地征兵，组建另一路大军。十月，沮授引韩馥旧将鞠义、耿武来投。刘骑拜沮授为长史，协助荀彧、田丰治理全州；封鞠义为都尉、耿武为校尉，命二人训练新招将士两万人。
初平二年（191）十一月，泰山黄巾臧霸、吴敦、尹礼、孙观、孙康等率军攻击青州济南国，乐安太守刘备亲率文武增援济南国，与黄巾数次交锋，前后斩首数千级，获老弱人口万余人，辎重银二千两。又派孙乾说服藏霸等人来降，泰山黄巾数战不利，退回泰山。刘备则实力大涨！
孙坚返还富春后，得江东士族资助起兵攻击会稽王朗、吴郡严白虎，王朗不敌，被迫投降，严白虎被孙策所杀，扬州刺史陈温无奈上表孙坚为吴郡太守。孙坚实际控制了两郡军政，正式割剧江东。
并州战事吃紧，刘琦只好将赵云典韦众将婚事推迟押后，待并州平定后再举行。
初平三年(192)春，曹操又在顿丘大破黑山军于毒部，在内黄大破黑山军白绕和正在东郡骚扰的匈奴于扶罗。稳占东郡，又得陈留人拥戴，基本上控制了陈留。
二月，关羽大军在贾诩的计谋下，攻破南匈奴王庭，杀敌无数，尽俘西河羌胡家眷，解放汉人奴隶三万余人。南匈奴单于於夫罗的弟弟领万余门凶奴残余西进寻去卑去了。於夫罗北上无门，在中原又大败，无奈投降于曹操。
赵云大军所到上郡，兵势强盛，各县纷纷来降。郭嘉留典韦分兵镇守上郡，又与赵云、徐荣引兵北上朔方，与关羽大军一南一北夹击朔方郡。
三月，两路大军在大城相汇，兵力已达八万。大军一路北上驱逐羌胡各部，去卑与呼厨泉见并州军威难挡集合各部溃西渡黄河，正式退出河套地区，与河西鲜卑抢地盘去了。至此并州大定！
刘琦随后调整了各郡防衘。命高顺统领上党防务，以防冀州及河内来袭；命李典引兵驻防塑方，以防匈奴回杀及河西鲜卑南侵；命徐荣驻防雁门，以防拓跋鲜卑及幽冀地区；鞠义引兵驻防上郡，防御司隶董军及西羌来犯；又令夏侯兰、裴元绍分别引兵驻防五原、云中二郡。关羽、赵云、典韦等大将和军师贾诩、郭嘉回晋阳待命。