此时离那上次巫妖大战已有数十万年，两族却是如打不死的小强般，蛰伏一番后，又抖擞精神处处对峙起来。鸿钧所定巫族管地，妖族管天，全面开战要等到一百元会之后。
不过，妖族管天，妖族的根本在天界，而且妖族的大部分实力也在天界。所以洪荒大地之上的新生小妖就遭殃了，巫族将对天帝妖皇的怒气全部发泄到他们身上。以前巫族将妖兽作为食物，大量吃食妖兽，但是那时巫族好歹是吃多少杀多少，没有刻意残杀妖兽。但是经鸿钧一倒腾，妖管天巫管地，将巫族的性子给激起来了，巫族按照鸿钧所言，狠狠地管理了一番地上的妖族，凡是和妖族有关的生灵，没化形的妖兽，化形的妖怪，都被巫族杀死吃掉。
巫族的举动也引起了天界妖族的震动。帝俊太一兄弟二人孤家寡人，没有亲戚，没有族群后代，但是其他投靠妖族的大妖都是拖家带口的，千万年前帝俊太一将妖族搬迁到天界，许多大妖的后代没有搬到天界，还留在洪荒大地，这次被巫族扫荡的妖族很多就是天庭大妖的后代，后代族人被巫族斩杀，那些大妖不断向帝俊太一请战，想要返回洪荒大地，拯救后代族人。
天界之上的帝俊太一知道之后也是无可奈何，若是天庭大规模出兵，不说鸿钧定下的妖天巫地的协议，实际上妖族现在根本打不过巫族。帝俊太一被天庭诸多大妖的请战搞得头疼不已，最后妖帅毕方出了一个主意，可以减轻那些来自大妖的压力。毕方建议派出小部队营救新生代妖族，接回天庭。而且毕方还建议妖族也派出小规模战队，猎杀巫族，一来是为了报复巫族，二来是吸引巫族的注意力，让巫族不在将精力放在清扫新生代妖族身上，方便解救后代的妖族。
帝俊马上同意了毕方的意见，并立即付诸实施，如此才压制住天庭大妖的不满。
巫妖之争走向了新的阶段。虽然没有大的争斗，但是小的摩擦却是不断。巫妖二族都不在顾及洪荒规矩，以前两族相斗好歹还会找个借口，现在却是见面拔刀。屡屡两族外出落单之辈，却是无端遭了毒手，丝毫没有正义邪恶可言，完全变成种族之争，立场之争，气运之争。
巫族清扫洪荒大地上的小妖，不仅天庭的大妖和两位帝皇不满，还有一人也很气愤。那就是天外混沌之中的鸿钧老道。巫妖这种毫无顾忌的杀戮，让二族气运不断下跌，而且业力缠身。鸿钧也是受到波及，或者是鸿钧插手巫妖大战应该付出的代价，业力也缠上了鸿钧。上次巫妖之争，鸿钧救下了妖族，导致巫妖之争的延续，巫族妖族都因此死伤更多族人，这份业力当然也有鸿钧一份，只是鸿钧修为高，还有传道功德，这些业力鸿钧可以从容化解，对鸿钧没有影响。
自从巫妖撕破脸皮，无所顾忌的相互猎杀之后，洪荒那些没有背景的妖怪无法得到天庭的庇护，难以搬迁到天庭，他们要么寻求洪荒大神的庇护，要么逃离巫族的地盘。
不过，这年头，洪荒大地上，巫族地盘上的大神也不多了。上次二十三位准圣境界的先天魔神合战盘古真身失败后，洪荒大地上的先天魔神又一次遭到巫族的清洗和驱逐。巫族控制的洪荒中部东部和大半个南部，除了特别顽强的昆仑山三清和凤栖山伏羲女娲之外，其他先天魔神都被巫族驱逐出了巫族的地盘。
而且，上次巫妖大战的最后关头，伏羲女娲阻止祖巫斩杀帝俊太一，现在凤栖山的日子也不好过。那次大战之后，凤栖山开始封山，如今已经封山数十万年了。如果不是巫族顾及女娲是鸿钧的入室弟子，巫族可能将伏羲女娲斩杀，或是也赶出凤栖山了。
巫族控制的地盘，只剩下洪荒东部昆仑山的三清道人一直坚挺了。所以，昆仑山也就成了小妖寻求庇护的热门选择。
三清上次夺宝之战后，一直在闭关修炼。如今出关了，竟然发现昆仑山被数十万小妖围住，开始他们还以为是帝俊太一前来报复，想要围攻昆仑山，上清道人还准备再给妖族一个教训。没等到他冲杀出去，太清已经掐指一算，算出那些小妖是想要寻求庇护。
上清道人上次在帝俊太一立天庭之时，就羡慕妖族万仙来朝的气势，上清道人起了收徒之念。上清和两位兄长一说，那太清玉清也有了兴趣。太清道人很装叉的掐指一算，说昆仑山外没有人和他有缘，这里没有他的弟子。太清于是出门游历，想要找到一个称心的弟子。
玉清的做法倒与太清不同，他直接传话洪荒，凡是有缘之人，除去巫妖二族，皆可去昆仑山拜师。玉清身为盘古元神结合开天清气所化，对那些盘古精血结合浊气所生的巫族天生有些排斥，收徒首先就排除了巫族。而巫妖二族在洪荒杀戮太重，坏了玉清道人对所有的妖族的印象，玉清道人看不上那些披毛带甲，卵湿巢生的妖族。玉清唯一印象好的就是灵族那样的生灵，资质好修炼容易，有分寸不沾业力。
一时间群情激奋，不知其数的草木之灵和自然之灵冲往昆仑山。众人到了那昆仑山，却是不能悠然而入，与早前想象的所差甚远，原来那昆仑山却是布了一大幻阵，能过者，皆可为玉清徒。断断续续的广成子来了，赤精子来了，玉鼎来了，慈航来了。广成子跟脚未知，赤精子是一处地火所生的火精，玉鼎是一处灵玉矿脉所生的玉精，二人是那自然所生的自然之灵。慈航是一株先天莲花所生的草木之灵。
通过者只有寥寥四人，后来的十二金仙还没有到齐，玉清道人索性将大阵一直开着，以待有缘。
上清行事却不似那般麻烦，直接大开山门，将昆仑山外寻求庇护的小妖中选取了所有仙境修为的妖族，又在未成仙境的小妖中收了一些跟脚深厚的。经过巫族的清扫，逃到昆仑山的小妖仙境修为只有数百，上清道人共计收了千人回山了。
上清一回山，玉清老脸立刻拉了下来。
“上清，你却是好生不明道理。收徒也罢了，怎的胡乱一气，带回千人弟子，最不该地却是灵妖掺杂，多为飞禽走兽类畜生。天道有序，收徒讲究资质与机缘，怎似你这般。”玉清一看偌大个昆仑山，如今却是搞得乌烟瘴气，哪里还有半分仙境福地的景儿。“莫不如遣散大部，留下少许，传得道统，却也够了。”
“玉清，你莫欺人太甚！大道之下，千条皆是道，我愿让我的道传给这洪荒众生，却不似你那般敝帚自珍。平时我不与你计较，今次我收徒你也要指手画脚，真个以为我怕了你不得。”上清也是老大阵火气，本以为自己收徒众多，必然把两位师兄比了下去，却不想刚回山，便遭了玉清教训，心里老大一阵不愿意。
“你，你牵强附会！我所说全是正理，你此般言语，却是欺我。”
“你二人也莫再争吵，各人有各人的道，道不同，无甚稀罕。”太清在外游历回来了，却没有找到合适的弟子。
太清道人喜静，看着殿外上千人等候安排拜见，却也头大。这昆仑山看来是不得安宁了“只是这许多人，倒是不好安排。昆仑山怕是无了清宁！”
“哼，大师兄，既然你如此言语，那我便带门下另寻安身，也不占你这区区昆仑山。”
“哼，甚好！”玉清一听上清所言，顿时高兴，早看你不顺眼，此番却是要顺路送瘟神，免得扰了自己清修。
“既然如此，那我也另寻道场，天道之下，无甚永恒，三清一体，却是再不复存在了。”太清见得两人争吵连连，毫无半分三清一体的情分，顿时有些心灰意懒。
“如此甚好！”意见很快就统一了。道理也简单，当你看不惯一个人，却又不能出手教训他，那么最好的办法就是躲得远远的，眼不见为净。
上清去了东海外金鳌岛，略施法术，建起了一座碧游宫，摆下道场。上清道人改名通天，自称灵宝天尊，为日日讲那上清道法，凡来听者，有缘收之为徒，无缘却也计入名下。顿时，洪荒又掀起了一阵狂澜，各种灵物得道抑或妖族散修，齐齐去拜入了门下。通天见得自己讲道，万人来朝，却也高兴莫名。算上从昆仑山带来的千人，通天一共收下了万名弟子，真的是万仙来朝了。
玉清送走了两位师兄弟，随即大施手段，在那昆仑山将三清殿改名为玉虚宫，自己也改名为元始，自加尊号元始天尊，日日开宫讲道，过的倒是比往昔自在了。而且又有几人通过了昆仑山外的幻阵，清虚，普贤，灵宝**师等人，都是那灵物灵根化形，颇合玉清口味，也被玉清收为弟子，但是离玉清理想的徒弟人数还没到齐，大阵还开着。
太清道人继续游历，不久后在首阳山遇到宿命中弟子玄都。太清道人索性在首阳山定居，并在山顶建一兜率宫。见到两位弟弟都改名了，自己为了照顾一下三清名分，也改称太上老君，加尊号为道德天尊。被两个弟弟逼着改名，这让一向自傲，三清之首的太清道人很不爽，却也无可奈何。老君日日就与那玄都讲道，闲暇就开炉炼丹。
三人共分玄水黑莲之时，就已经触动了天机，有诗曰：
红花白藕青莲叶，三清原来要分家。