自从己巳之变之后，皇太极就削了阿敏的旗主身份，永远圈禁！之后为了进一步削弱三大贝勒的权利，不惜连带八位旗主，当然也包括自己一同削弱。
首先是对土地，原有土地不动，对于征战打下来的土地，不允许旗主、贵族进行圈占，全部收归国有。
其次，征战掠夺回来的汉民人口，编为民籍，解放部分汉人奴隶编入民籍，分田耕种。原有的汉人奴隶，开始是每十名，抽一丁披甲为兵，后来改为每八名抽一丁。组建汉军旗，由汉军官：马光远统领，旗帜为黑色，后来汉军旗分为左右二营，马光远任右翼固山额真、石廷柱为左翼固山额真。
然后依照汉官：鲍承先、宁完我、范文程、罗绣锦几位大儒的建议开始效仿大明，举办科举制度取士，满、蒙、汉各去两百生员，又下令所有满人贵族，贝勒大臣，十五岁以下，八岁以上皆要读书识字，筹建六部，建制归在几位贝勒名下。
皇太极携大胜之威，消灭政敌阿敏，改四大贝勒为三大贝勒，代善懦弱不敢多言，很快皇太极就完成了新政的改革，虽然表面上成立汉军旗是以汉制汉，进而以汉攻汉的目的，但实际上则是逐渐稀释八旗贝勒们手中的权利，限制八旗旗主的发展壮大，蒙古八旗的确立则没有汉八旗那么大的阻力，各方面都很顺利。再加上杨齐开在盛京的米行，拥有源源不断的粮食运输，后金国内的物价十分稳定，可他不知道的是，杨齐利用南洋廉价的粮食，从他这里赚走了高额的利润，同时掠夺了他很多的财物，可这些都是藏在表面之下，他们很难察觉到。
“参见大汗！参见墨尔根代清”孔有德、耿仲明、尚可喜三人跪在地上叩头道。
“哈哈哈！”皇太极笑道：“快快请起！”
摩尔根代清是多尔衮的尊称，汉语是“睿智”的意思，也是后来皇太极登基称帝睿亲王多尔衮的由来。
“来，都坐下说话吧！”皇太极说道：“你们几位有功与社稷！”
“大汗！”孔有德说道：“臣等三人商议过了，既然我等皆为汉军，愿意归入汉军旗治下！”
“哦？”皇太极一听顿时大悦，这正中他的下怀，因为这三人是在自己招降下投靠过来的，并且自己也许诺了他们三人封王，所以他自然不好多说什么，如今他们三人主动提出，那就另当别论了。
“好！”皇太极说道：“难得三位识得大体！本汗甚慰！”
“大汗！”孔有德继续说道：“臣等这次前来，还有一事！”
“你说吧！”皇太极说道。
“臣等最近在市面上看到的虎皮、狐皮、人参、鹿茸等物，价格即为低廉，尤其是人参、鹿茸、玛瑙等物，更是只有原来的三成，然后臣又了解了一下其他行业的价格，发现普遍偏低。”孔有德说道。
“这不是好事吗？”皇太极说道：“这说明百姓在咱们的治下，生活没那么艰辛了，这不好吗？尤其是百姓人人家里都能吃得上精米，人人脸上都有了笑意。生活有了奔头！”
“大汗！”孔有德接着说道：“是啊，臣一开始也这么以为，直到臣部队里面的佛郎机人，领了月银，纷纷大肆采买这些物品时，臣才对此有所了解。原来这些东西，在南洋诸国少则上百两，多则数百两，更有奇货可以买到千两之巨！”
“哦？”皇太极一听不由皱起了眉头问道：“多尔衮，你怎么看？”
“四哥！”多尔衮说道：“这采买贸易之事，本就复杂多变，粮食采买贵的时候，这人参、鹿茸、玛瑙等物皆是数百两之巨，如今物价稳定，这些奢侈品的价格自然有所回落，也属正常。”
“就好比咱们身居北地，四哥您桌案上摆的这个红珊瑚一样，在南洋应该就不是什么稀罕物件，可到了咱们北地，那就是珍奇异宝！”多尔衮举例缓缓说道。
“嗯！”皇太极听了之后缓缓点头说道：“确实如此！”
“大汗！墨尔根代清所言放在平时确实如此！”孔有德说道：“可我们境内的粮价，乃是有人刻意为之！”
皇太极一听刚刚舒展的眉头又皱了起来。
“臣等三人没入宫之前，就做了一番调查。”孔有德说道：“大汗，我国境内农户的地里面，已经不在种植粮食，而是广泛种植一种叫作棉花的东西。”
“棉花？”多尔衮问道：“是什么东西？”
“回墨尔根代清的话。”孔有德说道：“棉花，结果之后是一种膨胀松软的洁白如雪的东西。”
“这东西可食用吗？”多尔衮追问道。
“不能食用！”孔有德说道：“臣等了解之后，原来这东西可以用来织布，织成的布叫作棉布，除了织布还可以御寒，把它絮在两层布的中间缝合起来，就可以当作棉衣抵御寒冷，保温效果特别好，而且比咱们现有的御寒之物，要轻便许多！”
“哦？”皇太极顿时想到了它的应用场景，那就是给自己的军队全部换装成这样的装备。
“这不正好给咱们的部队武装上吗？”多尔衮跟皇太极不谋而合。
“是啊！这是好东西呀！”皇太极咧嘴笑道。
“大汗！”孔有德感觉自己的一个头有两个大，接着说道：“臣说的这个并不是重点。”
“那什么是重点？”皇太极问道。
“臣说的是，农民们都户种植粮食了，他们都在种植这所谓的棉花！”孔有德说道。
“这是好东西呀！咱们缺粮食吗？”皇太极问道。
“四哥！”多尔衮说道：“前两天臣弟才盘过几处屯粮的大仓，以现有的粮食，足够我大军半年之数！”
“这么多？”皇太极有些高兴的说道：“继续收购市面上的粮食，我要囤够一年之数！”
“四哥，这就不少了，要知道这大半年以来，我军的部队人数已经是翻了一倍有余！总数已经达到了近五十万人！”多尔衮说道。
“成果不错！”皇太极笑道。
“大汗！”孔有德急的脑门子上都是汗，尚可喜，耿仲明在一旁一个劲的给他使眼色，劝他别说了，一会再给大汗惹生气了，咱们二人可是吃罪不起的。
“嗯？”皇太极并没有因为他打断自己说话而有丝毫的不悦，而是转过头去认真的看着他，等候下文。
“农民们都不种粮食，而是种植棉花，一旦我国的粮食供应不上，那么我国的粮食价格，将会涨到天价！”孔有德说道。
“我们不是有盛京米行在供应全国的粮食吗？”皇太极问道：“而且极其稳定！”
有史以来，我国的帝王都是称呼其为：著名军事家、政治家、哲学家等等称号，唯独没有在他们的前面挂上“经济学家”，所以，他们对于这里面的道道并不清楚，普遍认为，有，够用就可以了。
“臣说的是万一，或者战争，这样的突发事件，我国将很难实现自给自足！”孔有德说道：“如果这样的事情一旦爆发，对于我国将会是致命的打击！”
“这件事还有一个疑点，在全国各地出现了许多高价收购棉花的门面，农民们把棉花都会出售给他们，然后他们再把棉花运送到位于全国的几大城市里面的棉布工厂，再由他们制作完毕之后，贩卖给盛京米行，最后运送至南洋、大明贩卖，收取利润。”孔有德解释道。
“这个人倒是会做生意！”皇太极小声的说道：“这一来一回他可不少赚啊！”
“你怎么看？”皇太极转头问多尔衮。
“四哥，臣弟以为，这个人向咱们保证过，决不高价卖粮，这才能让咱们国内百姓稳定，人人有粮吃，他在粮食上确实没怎么赚钱，起初我还防着他，直到现在臣弟也没有放松对他的监视，可今天听了孔先生的说法，反而让我放下心来。”多尔衮说道：“商人逐利，如果没有利润他还在坚持这么做，臣弟就不得不怀疑他的初衷。”
“确是如此！”皇太极说道：“不过孔有德的担心也并不多余，这件事如果爆发的话，确实棘手，那依你之见，可有什么方法进行干预？”
“臣以为，必须安排足够多的农民种植粮食，以保证一旦盛京米行的粮食出现供应不上的情况，国内的粮食还可以照常供应，只有这样到时才不会给国内百姓带来恐慌，民间才会稳定！”孔有德说道。
“哈哈！”皇太极笑道：“我以为你只在战场上有所建树，没想到在治民方面也有心得，真堪称儒将也！”。
“四哥，听他这么一说，臣弟倒是以为，百姓趋利，既然有人高价收购棉花，咱们官府也不宜太过干预，阻挡其财路。”多尔衮说道：“我看不如这样，每户百姓家的田地，最少要保证一半以上的农田在种植粮食！”
“另外对人参、鹿茸、毛皮、玛瑙等奢侈品，加收奢侈品税！”多尔衮说道：“一方面保证官府收入，一方面也能防止有心人对我国的经济物品，进行经济掠夺。”