到了民国二十八年冬，为防备日寇军舰沿河口长驱直入省城，第三战区决定把战前贮藏在延津山洞内的一批水雷运往海边布防。邱元甫陪着战区军械部次长，手持建设厅的军运调船单跑遍大小道头，居然见不到一艘象样的船。原来那些船老板听说要运水雷，能溜则溜，来不及开溜的，便把船上的机器拆卸，谎称维修主机。万般无奈的战区司令官只好约见省长，指责主管河运的诸长吟只是个“纸上运兵”的书呆子，扬言要上陈军事法庭以“延误战机”治他的罪。正当诸长吟急如热锅蚂蚁之时，幸遇曾正宜和张连治、程永科、林秉康合股新造的“盖山”号货轮试航到延津，四人主动请缨，愿由“盖山”轮承运水雷，这才救了诸厅长的急。随即邱元甫和曾正宜亲自押船，将库藏的水雷分三个航次安全运抵省城。事后，邱元甫和曾正宜等人为此得到第三战区司令部的嘉奖。
然而，个体航商有利则图，无利则弃；私揽客货，调度不灵；同业倾轧，内讧叠出；组织涣散，漫无秩序；不服调遣，逃避军公差运。战时面对这种单船单干分散经营的状况，不用说是邱元甫当家的四线联运处，就连堂堂的省府建设厅诸厅长不也照样束手无策。
眼下驻台日寇步步紧逼，派出的两艘航空母舰日夜游弋在河口外的近海。而与本省东、西、北相邻的三省省会都已沦陷，省府北迁早成定局，部分党政机关已先行撤退到西溪燕城，此地离延津水路有二百来华里，春夏丰水季节小轮尚可通航，秋冬枯水只能走木船。省城虽小，人口尚有三十来万，倘若兵临城下，大批难民加上学校医院、商行银号等等，欲求登船沿江北上逃亡的人数估算不下十万之众，这可不是装运几颗水雷的事，想在三、五天内悉数运走，堪比登天之难。
邱元甫心想只有改变单船分散经营为股份公司的企业管理，方能去除单船经营的种种弊端，适应战时运输的环境和需求。但他自知在省长和战区司令长官的眼中自己仅是个不起眼的联运处主任，然身为省城力行社的早期成员，位卑未敢忘忧国，他以抗战非常时期一切必须服从战时运输为由，斗胆上书省党部主任，历陈单船家庭式经营所产生的种种弊端，提议将运营于省城至延津的客货船组建轮船股份有限公司；并表示，只要掌控住公司董事会，战时上路近百艘轮船就能够听从差遣，这样既能保证军方的需用，又可维持日常民间客货运输，让股东也有钱可赚。他还撺掇战区军械次长向参谋部转交此项建议，想不到参谋部即呈报司令长官，司令官阅后，拍案称好。当晚，党政军三巨头的联席紧急会议作出决定：由省府驻延津水陆联运处主任邱元甫按《公司法》负责筹建上游轮船股份有限公司，同时俟机成立省交通局，隶属于省建设厅，分管省内车船运输；至于车船建造检验，公路码头规划筹建等仍归建设厅下属的相关处室（局）管辖。会上还内定邱元甫为首任交通局局长，正式任命待轮船股份有限公司董事筹委会召开时再行宣布。会后，省长即吩咐诸长吟按会议的决定执行。
隔天，邱元甫遵奉建设厅电报的召唤赶回省城，聆听诸厅长传达党政军联席会议的决定。他当场对诸厅长立下军令状，保证在日寇入侵省城前完成上游轮船股份有限公司的组建工作。接令后邱元甫可说是踌躇满志，他早有整饬进而控制省城航运市场的图谋。然而，筹建轮船股份公司的消息一经传出，当即遭遇大多数船主的抵制，他们对邱元甫以抗战为名圈船办股份公司深感不安，担心此人空手套白狼摄取国难财，便以缺乏燃油料和机配件为借口封船停航，并煽动“佬拿”和“大伡”、“伡俚”逃离道头，终使大量船舶熄火待港，内河航运几近瘫痪。
此时邱元甫似乎并不在意船老板们故伎重施，他先是透过“四线联运处”对船东们放出话来：要么全面实施军事管制，大小轮汽船无偿充军，期间燃油料、机配件以及维修保养等费用由政府给付，船只待战争结束后再归还船主，但有损毁沉没均不赔偿；若定此方案，有违者，人船两抓，船舶充公，船老板交军事法庭以碍抗战论处，船员送新兵營扛枪去前线。要么以船舶优价入股，按《公司法》组建股份有限公司，分别设立董、监事会，推举董事长，聘任经理；战时军公差运按政府规定价格收取运费，平日正常客货运输收入可坐享年终分红。时至今日，这种或以行政手段施压，或以经济利益行诱的“二选一”方案，仍可选作现代管理学教材的经典范例。
有了这两个“要么”作铺垫，邱元甫继而在延津临江酒楼宴请诸如赵永科、张连治、曾正宜这等在上溪四线投资过五万银元的船老板十人，这中间当然有郑明伦、陈传桂、林秉康，虽说他们主要经营下江或是平水航区，但在上溪四线也有重金投入。酒过三巡，邱元甫开讲，他坦承倡建股份公司是自己所为，原因有二：一是为抗战；二是为在座各位做大生意着想。说到抗战，坐在一旁的曾正宜愤然而起，这位当年因抗日参加省会陆军事变而蒙羞的旧军人历数近来日寇敌机轰炸沿江客货船的罪行，言之凿凿，引起在座船老板的共鸣，围坐一桌似有同仇敌忾之势。席间，激昂慷慨的曾正宜爽然地表示愿将自己在四线投入的本息全部捐给新建的股份公司，同来的有三两位勉强随声附和。此时若在外人看来，邱主任该是奔钱来的。可邱元甫见状断然谢绝，他意识到在座的船老板已经认可组建股份公司的方案，所以话锋一转便恳请张连治、赵永科以上溪轮船界元老的身份多方联络四线船东，促成股份公司早日开张；邱元甫更期待在燕京大学获得经济法学士头衔的郑明伦能按《公司法》的各项条款指导筹备工作并拟出《轮船股份有限公司章程》；当然，邱主任还频频举杯希望在座各位通力合作，做好清产核资、审定股权和商议人事安排等等前期事宜。
这样，经过两个多月紧锣密鼓的操办，定名为“长宁轮船股份有限公司”的首届全体股东大会遂于民国二十九年春在省城张连治和程永科合伙开设的土产行花厅召开。会议通过了《公司章程》，选举产生了董事会和监察人。会前，邱云甫已如愿以偿地登上交通局局长的宝座。会中，被圈入围的股东代表既碍于邱元甫军政背景的淫威又看到他办事干练的能力，就顺水人情地把邱云甫选上了董事长。双喜临门的邱董事长认为，抗战时期由军人出身的曾正宜出任公司经理最为合适，他的提名理所当然地得到董事会一致通过。新成立的长宁公司拥有百艘轮汽船和省城至上溪四线大小道头六十多座，资本总额与大洋九十三万元等值；建设厅核准的运营航线，以省城为起点，延津作中心，上溯至西、北、东三溪，总里程达到近千公里，从而掌控了上溪四线的客货运输。
长宁公司刚成立一周，省府便在西溪燕城召开了党政军联席会议，决定成立以建设厅厅长诸长吟为主任委员，交刚通部驻省航政处主任黄齐渊和交通局局长邱云甫同任常务委员，其他诸如国府第一行政督察专员、海军江防司令、陆军第七十军军长、省水警总队部总队长、省城警备司令和党部书记等等，等等党政军要员为委员的第三战区内河运输管制委员会，并随即组建了以长宁公司船舶为主力的内河战时运输大队，由水警总队派出教官对船员分批进行诸如提高防空能力，抵御敌机侵袭的训练，从而减少了船舶的损毁和人员的伤亡，这为不久后省会党政机关和大部分学校医院商企在日军攻城前有序北撤提供充足的运力保证，使沿岸上十万难民免遭倭寇蹂躏。为此，抗战胜利后长宁公司获得国府颁发的“功在国家”奖匾，邱元甫也荣膺“抗战胜利”的勋章。
有了省城第一次沦陷前大撤退的经历，省府和第三战区司令部都认识到内河船舶在当地战时运输中的重要地位。所以，当日寇兵退台员岛后，遂下令战区河运管制会按照国府颁发的“封锁敌区交通管制办法”，参照上游四线成立“长宁轮船股份有限公司”的经验，尽快组建中、下游航区轮船股份公司。官府公文中所讲的上游、中游和下游，时下世人俗称“上路”、“平水”和“下江”。上路当指东、北、西溪及合溪四线，而中游河段最远处直航河口有近四百里，其间到省城二百里的江中无险滩急流，不受海潮惊扰，缘起老话“平水走船保平安”，便把这段江面叫做“平水”。张连治、程永科、林秉康等人多在此航区经营客货运输，有了入股长宁公司的过程，所以，这几位大股东发起筹建取名“泰安”的轮船股份有限公司，进展平稳无甚悬念。