妙木山是仙术的发源地，在忍界诞生前便已存在，自来也是继六道仙人之后第一个踏足此地的人类。不过妙木山的青蛙们却并不意外，原来大蛤蟆仙人早在千年前就预言了他的到来。
于是自来也开始在妙木山修行，实力迅速成长，即使是同班的大蛇丸和纲手都对他的表现惊叹不已。数年后，自来也不但与蛤蟆签订了通灵契约，而且还学会了仙术。
实力成长的同时，他的心性也发生了变化，他意识到了天降大任的使命感，作为唯一一个在妙木山习得仙术的人类，这份强大的实力自然不能仅仅用来泡妞。此时大蛤蟆仙人再次做出了预言，这次更为清晰具体。
预言中自来也收了徒弟，而他的徒弟是预言之子，将来会给世界带来重大变革，自来也正是引导这变革之人，他的选择会为世界带来前所未有的和平，亦或是彻底的毁灭。自来也蒙蔽了，他当忍者只是想招女孩子喜欢，虽然刚刚意识到了使命感，但没想到直接就是要拯救世界。
他问蛤蟆仙人自己应该怎么做，蛤蟆仙人只是说“预言中你会游历世界各地，并且会写书”。于是，自来也踏上了游历四方，寻找预言之子的旅程。这也是为什么深爱木叶村的他常年都不在村子里。
旅途中忍界爆发了大战，他遇到了各色各样的忍者，他们虽然对战争不满，但没有一个人有改变世界的魄力。之后战火波及到了木叶，自来也返回村子，与纲手、大蛇丸并肩作战，在和雨隐村首领山椒鱼半藏的一战中，他们创下了木叶“三忍”的名号。关于半藏这个人，官方给予的描述是“忍界的顶点，半神级别”。
虽然自来也三人输给了半藏，但木叶仍然取得了总体战争的胜利，正当他们打算返回村子时，遇到了长门、弥彦、小南三人，他们是战争的孤儿，自来也决定留下来照顾他们。
弥彦说他想要改变这个国家，保护大家，希望自来也教他们忍术，自来也没有立即答应，因为弥彦的想法是用武力进行威慑，让敌人不敢妄动，从而获得和平，这与他的理念并不相同。
之后，自来也看到了长门的轮回眼，极为震惊，见多识广的他当然知道这是最为崇高的瞳术，自六道仙人后，轮回眼第一次现世，难道他就是那个预言之子？
自来也答应教他们忍术，并有意对长门进行引导，交流中他发现长门是个温柔、善良的孩子，终于自来也认为他找到了预言之子，开始以自传的形式记录他游历四方的故事，书名为《毅力忍传》，主人公叫做“鸣人”。
三年后，自来也觉得长门他们已经有了足够自保的实力，未来的路还需要他们自己走，恰逢第三次忍界大战爆发，他返回木叶参战。这一战中，木叶“三忍”的名号成为了传说，闻名各国，他的另一个徒弟波风水门也如新星般闪耀升起，这次战争木叶再次获胜。
但此时，自来也却收到长门他们战死的消息，历经半生找到的预言之子居然转眼间就死了，他懊悔不已，再次踏上旅程。
波风水门成为了四代火影，他读了自来也写的《毅力忍传》后，决定用书中主人公的名字为自己的孩子命名，自来也成了鸣人的“命名之父”。之后木叶村发生九尾之乱，四代火影阵亡，游历中的自来也又一次收到了自己徒弟死去的消息。
多年后，一无所获的他返回木叶，他遇到了长大后的鸣人，成为了他的师傅，让他与妙木山的蛤蟆签订了通灵契约，为鸣人之后修行仙术创造了机缘。
之后大蛇丸入侵木叶村，待自来也赶到时，三代火影已经舍命使用了尸鬼封尽，他又一次错过保护自己师傅的机会。
这时木叶村的高层希望他担任火影，三代火影战死，村子必须要有一个强大的领袖坐镇，但自来也拒绝了，因为他发现了一个名为“晓”的组织，正在四处收集尾兽的力量，很可能已经盯上了鸣人，他决定这次一定要守护好鸣人。
不过他还是表示会找来纲手担任火影，他带着鸣人，一边教他螺旋丸，一边寻找纲手，此时晓组织的鼬和鬼鲛潜入木叶。
看到鸣人身边的自来也后，鼬评价到“如果打起来，我们两个都会被干掉，最多是个平手，就算人手再多，也是枉然”，从中可以看出自来也的名号之响亮。不过这话也有鼬自己的考量，因为他并不是真的要抓鸣人，更不想与自来也交手。
为了掩人耳目，鼬控制美女色诱引开自来也，找到了鸣人，但自来也很快识破赶来。他通灵出妙木山岩宿大蛤蟆的食道，将鼬和鬼鲛困在其中，打算将他们一举消灭，自来也表示迄今为止没有人从这个术中逃脱过。
鼬和鬼鲛立即撤退，眼看就要被追上，鼬使用万花筒写轮眼的瞳术天照，打破肉壁逃走，看到天照的黑色火焰，自来也大为惊讶，原本就会喷火的岩宿大蛤蟆的食道竟然会被烧穿，他使用封印术封印了这永不熄灭的黑色火焰。
鼬那边，鬼鲛问他以你的能力为什么要逃走，鼬表示抓九尾不急于这一时，“自己现在必须要休息一下，不仅是月读，连天照也用上了”，现在连写轮眼都无法继续维持。
不过显然鼬这里是夸大其词了，从鼬后面的战斗中可以看出，一次月读和一次天照对他来说虽有负担，但远不至于到达极限，他只是不愿与自来也战斗，当然了，这不代表他一定打得过自来也。事实上鼬和自来也谁更强这个问题争论已久，我觉得吧，关公战秦琼，这两人不打一场真的不好说。
有人拿大蛇丸当参照物，说鼬曾与大蛇丸两战都是秒杀，而自来也跟大蛇丸打的时候看起来很费劲，但这对实力的衡量并不客观，因为火影中的战斗信息是否对等尤其重要，鼬两战大蛇丸无论是幻术制敌还是十拳剑封印，都是开场就瞬间解决战斗，大蛇丸完全措手不及，根本没机会出手，这其中还存在一定的克制。
但对上自来也就不好说了，自来也的仙人模式对幻术有天然的抵抗力，依靠幻术直接拿下应该很难，一旦双方进入拉锯战，自来也可能会占上风。
鼬受制于非永恒万花筒写轮眼的限制，用几个瞳术眼睛就撑不住了，而且查克拉量也不多，岸本的“者之书”设定只有精5，非常不适合持久战。
而自来也正好相反，查克拉量巨大，“者之术”设定高达精10，在剧中从来都是忍术随便扔不带喘气的，更何况仙人模式下查克拉无限。
而且更重要的是，别的地方还不好说，起码在这打，鼬肯定要吃亏，这里是木叶村边上，两人排开架势蛤蟆文太和须佐招出来，木叶的增援立刻就会到，到时候能不能全身而退都是问题。所以鼬无论出于何种目的，撤退都是正确的选择。
不过鼬的战斗智商明显比自来也高很多，自来也一直都是那种特别正派的正面作战风格，在实战中有可能会被鼬出其不意的计策击败。
当然了，如果加上鬼鲛，就没有什么好说的了，因为当时凯就在隔壁，一旦打起来鬼鲛肯定是自顾不暇的。
之后自来也教会了鸣人螺旋丸，也找到了纲手，但是却遇到了大蛇丸。原来大蛇丸的双手被三代火影的尸鬼封尽封印，想找纲手治疗，并以复活纲手的恋人和弟弟为诱饵，纲手不希望波及自来也，于是对他下了药，独自去见大蛇丸，自来也醒来后，立刻去支援纲手，但因为药效未过只能动用不到三成的实力。
于是这次三忍对决变得有些喜感，自来也只能通灵出滑稽的小蛤蟆，纲手因为晕血动都动不了，大蛇丸稍微好点，虽然双手废了，但头和舌头还能动。所以变成了前半段鸣人、静音和兜的对决，后半段三只通灵兽的对决。
最后大蛇丸败走，纲手还是主力，自来也全程划水，不过这三个人的通灵兽比较有意思，妙木山的蛤蟆、湿骨林的蛞蝓、龙地洞的蛇都是仙地生物，自来也是误入妙木山才得以与蛤蟆签订契约，纲手和大蛇丸是怎么和这些召唤兽签约的呢？
之后自来也指导鸣人修行长达三年，这期间，自来也一直试图让鸣人彻底掌控九尾的力量，他用四代封印的钥匙略微打开了九尾的封印，结果鸣人瞬间被九尾的力量吞噬，进入了四尾的状态，为了控制鸣人，他受了不轻的伤。
有人就会说了自来也怎么打个四尾状态的鸣人就受伤啦，大蛇丸不用手跟四尾鸣人打都全身而退，佩恩连八尾鸣人都能打。
但要知道能打和控制完全是两种层次，自来也不会木遁，要近身贴符，同时还要顾忌不能伤到鸣人，而大蛇丸只需要躲技能边缘ob即可，打不过转身就能走，佩恩嘛…人家直接打九尾也不在话下。
三年后，两人结束修行回到了木叶，但自来也并没有安顿下来，而是立刻离开村子调查晓组织，终于，他查到了晓组织首领的藏身处，在雨隐村，也就是当年遇到长门等人的村子。
不过由于这个村子常年封闭，具体的情况未知，为了确认情报的真伪，自来也决定先行潜入调查，之后再制定作战策略。
纲手非常担心自来也的安危，为了让她安心，自来也提议让逢赌必输的纲手赌自己会死，“不过等到我回来赢得赌约的时候”，你嫁给我可好……
后半句是我加的，这句话自来也最终还是欲言又止，而纲手看起来正在等他说出口。自来也告别了纲手，告别了木叶，只身前往雨隐村。
利用时空忍术潜入雨隐村后，自来也发现这个村子比他想象中的更为安定、繁荣，通过走访得知，山椒鱼半藏已经不是这个村子的首领，这个村子现在的首领叫做佩恩，而且这个村子的人都对佩恩非常敬仰。
自来也得知，佩恩凭借一己之力杀死了半藏，统一了这个常年战乱的国家，自来也大为震惊，半藏的实力他是非常清楚的，他预感这次行动恐怕异常凶险，但他不想无功而返，正待进一步调查时，小南突然来袭。
原来早在自来也踏入雨隐村的那一刻，佩恩就已经掌握的他的行踪，雨隐村常年不断的雨，正是佩恩的感知忍术，不过小南并不是自来也的对手，而且纸片忍术被火和油克制，小南的纸片浸油后无法使用，被自来也轻易擒获，不过佩恩很快出手，第一个出现的是精通通灵术的畜生道。
当自来也看到他的轮回眼时，以为他是样貌大变的长门，自来也质问他为什么要收集尾兽？长门告诉了自来也，他是为了永久的和平，收集尾兽是为了开发出可以瞬间毁灭一个国家的禁术兵器，之后向每个国家都提供这种兵器，这样各国之间就会彼此畏惧，不敢发动战争。
其实就跟现在的核威慑是一模一样的，不过有一点做得更好，就是长门打算给所有国家都提供核武器，不会出现无核国家被肆意侵略的情况。
但是，长门的这个计划肯定是行不通的，因为他被带土和斑利用了，斑又被黑绝利用，最后的结果只会是无限月读，人类濒临灭绝，而且自来也追求的和平并不是武力威慑，他决定在此阻止长门。
知道对手的强大，自来也立刻准备进入仙人模式，但吸收自然力量需要时间，他通灵出蛤蟆健与对方周旋，但对方的通灵兽层出不穷，有一种可以无限分裂的狗尤为棘手，自来也用影分身把这些狗引到一起，召唤出大蛤蟆的食道将他们一举吞噬，之后又出现一只怪鸟，自来也用火遁将其解决，紧接着又出现一只犀牛，被自来也的分身干掉。
畜生道的通灵兽一只接着一只，但此时自来也已经准备完毕，召唤出深作、志麻两位蛤蟆仙人，进入了仙人模式，力量、速度以及忍术威力巨幅提升，攻击方式也发生了变化，这些通灵兽不是他的一合之敌。
这时畜生道通灵出饿鬼道和人间道助阵，人间道被自来也一脚踢飞，但能够吸收忍术的饿鬼道却非常棘手，自来也和两位蛤蟆仙人联手使用仙法·五右卫门被完全吸收，喂喂...不是仙术不能被吸收吗，难道那是后加的设定？之后的超大玉螺旋丸也被吸收，连攻向对方死角的体术都被挡下。
自来也猜测对方拥有同样的眼睛，很可能共享视觉，既然忍术和体术无效，那么就只能用幻术了，虽然自来也完全不会用幻术，但两位蛤蟆仙人却可以联手施展强大的幻术蛤蟆临唱，而且这种幻术通过声音传播，轮回眼也无法抵挡。
蛤蟆临唱一举束缚了三个敌人，自来也将他们一一杀死，他以为已经解决了全部敌人，放松了警惕，突然又一个佩恩悄无声息从他身后偷袭，自来也措手不及，断了一条手臂。
此时佩恩六道悉数登场，之前解决的三道也被复活，而自来也失去了左手无法结印，战斗力大损，单手与佩恩六道作战，他依然把畜生道拖入时空结界，用螺旋丸将其干掉。
这时他才发现，这个人是他以前游历世界时遇到过的忍者，两只蛤蟆劝他就此撤退，从长计议，但自来也必须出去确认一件事，如果现在撤退，以后再想接近佩恩就很难了，他再次回到雨隐村，终于确认了佩恩六道的真面目。
这些人竟然全都是他游历世界时遇到的各色忍者，也就是说佩恩六道其实是被操控的傀儡，真正的佩恩只有一人。然而震惊中，自来也被水底的佩恩偷袭，六道同时出手，将自来也直接击败。
自来也终于明白，预言之子并不是长门，而是鸣人，自来也用最后的力量把佩恩的情报写在蛤蟆的背上，在佩恩的攻击中沉入水底，但他露出了如释重负的笑容。
他一直以为自己对“预言之子”的引导失败了，当年没有培养好长门，直到最后也没能阻止佩恩。
但事实上，他把鸣人的父亲培养成了伟大的忍者，所写的书赐予了鸣人名字，同时对鸣人的悉心教导帮助他成长，给了他家人般的温暖，直到最后自来也才意识到，他已经在无意间正确的引导了“预言之子”。
自来也与佩恩的这一战，前半段是占据优势的，击杀佩恩三道时毫发无损，而且看起来查克拉非常充足。从被修罗道背后偷袭，失去手臂开始，战况急转而下。
通过自来也的几次战斗可以发现，他的战斗方式非常正派、传统，依靠结印使用忍术、卷轴使用封印术，不像一些依靠瞳术的忍者只需要瞪眼就能战斗，因此失去一条手臂无法结印的影响非常大，以至于后来只能用单手施展螺旋丸战斗。
如果自来也一开始就知道敌人有六个，没有掉以轻心，恐怕结果会有改变，佩恩后来自己也说不靠这个秘密无法战胜自来也。
但虽然结果会有改变，自来也可能查清佩恩的真面目后用时空忍术全身而退，却并不意味着自来也能够打败佩恩，事实上最强的天道并没怎么出手。
后来仙人模式的鸣人实力已经超越了自来也，但对战佩恩天道时，如果不是雏田挡刀也是要被直接击杀的，更何况自来也对佩恩的情报一无所知，在完全不知道对方战斗方式的情况下只身对敌，而鸣人那时候已经知道了佩恩的大部分情报，并且是以全村之力对敌。
对于自来也的实力如果要做一个比较客观的评价，那应该是截止他死的时候，以当时的战斗力设定，他的实力几乎一人之下，在他死后，大筒木的神仙后代们登场，战斗力跨次元的飙升，自来也就不行了，只能算一个比较厉害的影级强者。
这恐怕也是岸本急于让他谢幕的原因。如果让自来也参与到后期的战斗中，以他前期木叶最强者的定位，难免开出双万花筒卡卡西、八门凯那样的外挂，这对于自来也这种深沉的完美人设来说，显得有些轻浮。
自来也的故事到此结束，之后秽土转生的集体复活也没有让他再次出场，我觉得这是很好的安排，一方面，自来也已经完成了自己的使命，很好的推动了火影的剧情，唯一的遗憾就是与纲手的情感没有挑明，不过这样的一层窗户纸也有朦胧的美感。