鼬的童年正值第三次忍界大战，亲眼目睹战争的残酷，让他知道了和平的重要，也让他看淡了个人的生死。战争结束后的追悼会上，鼬曾见到立下赫赫战功的三忍大蛇丸，大蛇丸正在感叹：“为死者哀叹没有任何意义。”鼬不禁问：“那生命的意义是什么？”大蛇丸看了眼这个小孩，答道：“也没有意义。”这正是大蛇丸长期探寻的问题，他也不知道答案。
在同龄人中，鼬显得与众不同，那时的他还不会忍术，但举手投足间已经显露了惊人的手里剑天赋。
后来九尾妖狐突然在木叶村暴走，造成了巨大的灾难，由于现存能够操纵九尾的力量，只有宇智波家族的写轮眼，因此木叶高层对宇智波产生了怀疑，令他们全族迁往边境，进行监视、隔离。这项举措激化了宇智波和木叶的矛盾，为日后的冲突埋下了种子。搬家后，鼬的父亲，身为族长的宇智波富岳开始教鼬忍术，他惊讶的发现，自己所演示的忍术，鼬只看一遍就能学会，他意识到自己的儿子是个异才。
后来鼬进入忍者学校，无论忍术、体术、手里剑术都是全校第一，他立刻成为了孩子们眼中的偶像，并结识了一个同族的小女友。注意他和小女友一起吃的三色团子，就是后来鼬和鬼鲛潜入村子时吃的茶点，可见他非常怀念这段时光。
但鼬终究与他们不是一个世界的人，他没有把时间浪费在学校，而是用影分身上课，自己去找宇智波止水练习，能和鼬平等交流的，只有年龄稍大的止水。
从学校提前毕业后，鼬在任务中遭遇了一个实力恐怖的面具男（带土）。看着小队的同伴全部被杀，鼬悲愤中开启了写轮眼，可回到家中，他的父亲却祝贺他开眼。这可是同伴死亡的代价啊，有什么好祝贺的？鼬开始厌恶宇智波的这种观念，也就是他所指的“家族的气量”。但面对父亲，他并没表现出愤怒，而是顺从的说：“今后我会继续努力。”从那时起，鼬便学会了演戏，只有在面对年幼弟弟和被他当作哥哥的止水时，他才会展露真实的自己。
止水是宇智波家族的又一位异才，小小年纪便已是上忍。在鼬和他搭档的一次演习中，他们撞见了根组织和一名暗部的冲突，这名暗部手中有一份叛徒的情报，想要交给火影调查，但根组织想抢夺情报，将叛徒直接灭口。止水决定要帮助暗部：“忍者是在黑暗中支撑和平的无名者，但用武力迫人就范，凭借暴力维持的秩序，根本不能算和平。”正在犹豫帮哪边的鼬听后，也站在了暗部一边。这里的对峙有点像日后宇智波和木叶冲突的缩影，只是到那时，他没有了止水的建议。
鼬独自对抗一名根成员，依靠写轮眼的洞察力和极致的手里剑术战胜了对手，而止水使出瞬身之术，制造出没有实体却能够攻击的分身，轻松击败了另外两名敌人。因为鼬在战斗中不小心扭伤脚，回去的路上，止水一路背着他。止水：“我把你当成自己的亲弟弟，所以很高兴能像这样照顾你。”鼬则一脸幸福，两个泪沟纹睫毛精真的很像亲兄弟。
在止水的影响下，鼬加入了暗部，也想做一个“在黑暗中支撑和平的无名者”。但数年后，宇智波对木叶的积怨到达了顶点，正在密谋政变。止水注意到了这些，想用自己的瞳术别天神制止这场叛乱，但在实施前，他遭到了团藏和根的暗算。团藏认为止水的瞳术只能平息一时，想要彻底解决宇智波的威胁，最好的方法就是将他们消灭，于是团藏用伊邪那岐偷袭，夺取了止水的一只眼睛。
止水用瞬身术脱身，但失去一只眼睛的他已经无法用瞳术制止叛乱了，眼下唯一的方法，就是自己这个“族内第一强者”死去，让宇智波的族人衡量力量差距后放弃政变。于是他把另一只眼睛托付给了最信任的鼬，希望他“保护好村子，还有宇智波的名号”随后跳崖自尽，鼬也因此开启了万花筒写轮眼。
由于止水的死，宇智波推迟了政变，但他们很快发现，新的“族内第一强者”出现了，正是刚刚开启万花筒的鼬。富岳找来了鼬，并向他展示了自己隐藏多年的万花筒，表示只要他们父子联手，加上鼬直属火影的暗部身份，定能伺机控制木叶高层，完成“无血革命”。
然而真有这么容易吗？身处暗部的鼬很清楚木叶的底蕴，宇智波一旦叛乱，村内必是一场浩劫，如若彼时敌国趁乱而入，村子、家族都将不复存在，鼬不能答应父亲。他来到止水跳崖的地方：“止水，村子和宇智波，我都保护不了。”
鼬曾问卡卡西：“队长你说过，你的写轮眼是朋友托付给你的，那么朋友的意愿，是不是非回应不可？”卡卡西回答：“我个人认为是的。”鼬闭上了眼，他只能相信村子了。
他向木叶高层汇报了宇智波一族密谋政变的消息，寄希望于村子能和平解决，但三代火影没有对策，而团藏主张歼灭宇智波一族。他只给了鼬两个选择，要么站在家族一边参与反叛，要么站在村子一边，协助杀光宇智波族人。团藏向鼬提出交易，如果帮助村子，可以留他弟弟佐助一命。
在团藏看来，鼬只能答应，因为即使他帮助家族，也只会一起覆灭。但在宇智波低估木叶的同时，木叶同样也不知道富岳已经开了万花筒，如果鼬站在家族一边，便足以威胁到木叶，他的选择决定了这场冲突的走向。止水已死，佐助年纪太小，他没有可以商量的朋友，只能独自背负村子和家族的命运，稍有不慎，就会两败俱伤。
村子，家族，忍者他不断思考这三者的意义，最后看到佐助在学校中玩乐的身影，想起曾经历过的战争，他下定了决心。木叶村是初代火影将各家族连接起来的地方，在战乱中建立了来之不易的秩序，历代火影都是由深受村民认可的人担任，如果宇智波夺权，即便侥幸成功，其他家族也不会顺从。为了自己的弟弟，以及和他一般的孩子能继续享受和平，他必须选择村子。止水：“忍者是在黑暗中支撑和平的无名者”，他决定牺牲名誉、牺牲身份甚至牺牲亲情来支撑和平；止水：“保护好村子，还有宇智波的名号”，至少这样做，宇智波不会背负叛逆的污名，有佐助在，家族也有复兴的希望。
此时他又一次遇到了当年那个面具男，也就是带土。带土自称是晓组织的首领，要和他一起诛灭宇智波一族，并搜集一些写轮眼，鼬提出了条件：“不许对木叶村和佐助出手。”
夜晚，行动开始，鼬和带土联手，对宇智波一族展开了刺杀，而自己的父亲正是最棘手的目标。但富岳得知鼬的想法后释然了，将宇智波的未来托付给佐助或许是条行得通的道路，他不想与儿子为敌，主动选择了死亡。看到鼬无法对自己下手，富岳说：“和你相比，我们的痛苦只有一瞬，虽然想法不同，我们依然为你骄傲。”他所指的骄傲应该是鼬仍然为家族谋求了复兴的道路，最后鼬在痛哭中杀死了父母。
鼬背叛家族，杀害亲人，他做错了吗？宇智波被灭族必然是个错误，大家会很自然的将错误归结于执行者。但在看透事件的前因后果后，我们会发现真正错的不是鼬，而是木叶和宇智波，是他们让鼬别无选择。
有些观众觉得后来佐助向木叶复仇是失了智，但结合这段剧情，木叶高层正是逼他哥哥灭族的元凶，佐助会恨木叶是人之常情。
刺杀结束后，佐助放学回家，被这幅惨状吓得窒息。在看到哥哥后，他终于感到了安心，但鼬却说：“愚蠢的弟弟啊…”接着用幻术让他看到了屠杀的全程。巨大悲痛的刺激下，佐助开启了写轮眼，鼬却对他说：“现在的你还没有被杀的价值，等拥有和我一样的眼睛后，再到我面前来！”
鼬把自己深爱的弟弟远远的推开了，这是计划的最后一步：让佐助只恨自己，不恨木叶，让他不明真相的长大。等有朝一日佐助开启了万花筒，就将自己的眼睛给他，让他建立一个与从前的恩怨没有任何瓜葛的宇智波一族。
但这件事，鼬错了，他把自己的弟弟想得太软弱。他以为自己能背负所有责任，但对弟弟造成的伤害，他背负不了。佐助确实不明真相，但失去全部亲人的仇恨他又怎能放下？从那一夜起，佐助便走上了复仇的道路，无论对象是谁。
之后三代火影和团藏赶到宇智波家族，搜救幸存者并回收遗体，鼬悄然出现在团藏面前，给了他临别的警告：“如果你敢对佐助出手，我就把村子的机密全部泄露给敌国。”他要让团藏知道，佐助在他心中比村子更重要。接着他密会了三代火影，三代问他：“今后木叶将视你为叛忍，列入s级通缉，你有什么打算？”鼬回答：“行动中我和晓的首领做了交易，那人答应过不会对木叶出手。我会加入晓，确保他信守承诺。”但他其实已经无处可去了。
在带土的引导下，鼬来到了晓的据点，他狠下心在护额上划了一刀，彻底告别了木叶忍者的身份，成为了代号“朱雀”的晓组织成员。世界上知道真相的人，只有带土和木叶的四位高层。
鼬在晓组织的生活比他在木叶时轻松很多，他的几任搭档，一位是曾舍命保护自己的枇杷十藏，一位是老相识大蛇丸，一位是打从心里敬重他的干柿鬼鲛。晓的成员们也都很有趣，不过偶尔还是会有摩擦，比如和大蛇丸搭档时，大蛇丸曾想夺取他的写轮眼，却败于他的幻术；初遇迪达拉时，他的幻术又让小迪差点自爆。但总的来说，晓组织还是个和谐有害的大家庭。不过鼬毕竟是木叶的卧底，所以他并未帮晓做些什么，在与鬼鲛捕捉四尾人柱力时，他都是让鬼鲛单挑的。
多年后，晓组织收到一个消息，大蛇丸袭击了木叶村，三代火影战死。鼬听说后立刻赶往木叶，他曾拜托三代火影保护他弟弟，现在三代死了，他怕有人会对佐助不利。回到村子后，鼬先去吃了串他小时候最爱的三色团子，可惜物是人非，自己身边的不是小女友，而是鬼鲛...
吃团子时，鼬被卡卡西认出了。这个当年在暗部一起执行任务的队长，对他再熟悉不过。卡卡西并不知道当年的真相，以为鼬只是个背叛家族、背叛村子的叛徒，但他清楚鼬的强大，于是让身边的阿斯玛和红去拖住鼬，自己联系了阿凯增援。
鼬轻易反弹了红的幻术，用月读制服了卡卡西，看到凯后，他找了个“不想发动战争”借口便带着鬼鲛撤退了。他的目的已经达到，提醒木叶的那几个老狐狸，他还活着。
不过既然回到木叶，他当然想看看多年未见的弟弟。看到长大后的佐助，鼬终于安心，但看到他还只是二勾玉写轮眼，鼬又感到失望。长年背负的压力和万花筒写轮眼的消耗早已压垮了鼬的身体，他担心自己坚持不到佐助开万花筒的时候。于是鼬继续扮演佐助的仇人，用月读进一步刺激他，大概是想让他进化成三勾玉…但佐助只是昏了过去。
这时鼬注意到佐助身边的少年——九尾人柱力鸣人，看到他拼命想要救佐助的样子，鼬若有所思。这时自来也出现，鼬不想和他交手，用天照打破蛤蟆嘴束缚术逃走了。鼬此行的目的已经全部达到，甚至还有额外收获，他从鸣人身上看到了另一种可能。