再后来，宇智波佐助被大蛇丸拐跑，鸣人等人通过晓组织的蝎掌握了大蛇丸的线索，准备前往天地桥。但因为失去了佐助，卡卡西又负伤住院，第七班人员不足，无法继续任务。于是团藏安排年龄相仿的佐井填补第七班的空缺，“佐井”也正是为这次任务才临时取的名字，除非任务需要，根组织的孤儿派只有代号。但团藏当然不会白送一个部下，他另有图谋。
出于对新同伴的好奇，佐井提前试探了一下鸣人的实力。感受到对方毫无威胁的攻击，他笑眯眯的说出了第一句台词：“你也算是带把的吗？”佐井虽然实力不错，但他的社交经验为零，刚刚脱下面具的他还不知道怎么说人话。
如果只是鸣人倒也罢了，但第七班还有一个脾气火爆，怪力惊人的小樱。最让佐井印象深刻的一次，是当他表示：“想要成为第七班的一员”时，鸣人说：“你只是在佐助不在时被选来填空的，我绝不认可你是我们的一员！”虽然鸣人这是不想承认失去佐助的真情流露，但这话还是挺伤人的。
于是佐井直言不讳：“背叛木叶，投靠大蛇丸，我可不想和这种垃圾相提并论。”小樱先是道歉：“对不起，鸣人说得有点过火，请原谅他吧”，然后笑容满面的走上前，一拳将毫无防备的佐井揍飞，“我你就不必原谅了！”
虽然佐井一开始没能融入第七班，不过他们有一个靠谱的队长，大和。由于卡卡西在上次任务中负伤，纲手指派暗部中最优秀的大和担任新队长，“大和”其实也是为任务临时取的名字，在暗部时他原本叫“天藏”，而在更早前他是根组织的“甲”。
出身于根的大和可以理解佐井的不善言辞，同时也明白他是团藏手下的危险人物，于是一方面请大家泡澡、吃大餐，促进队员和睦相处，另一方面将可以追踪的木遁种子放入料理中，悄悄掌握了佐井的行踪。
到达天地桥前，一行人在大和自带的木遁三室一厅里商讨了战术。由于他们要见的是蝎安排在大蛇丸那边的间谍，于是大和打算利用木遁伪装成蝎的样子，趁对方放松警惕时，四人偷袭活捉间谍，逼问出大蛇丸和佐助的下落。但他们没想到的是，所谓的间谍是药师兜，早已背叛了蝎，更没想到大蛇丸本人也来了，他们的目的是在天地桥设伏杀蝎。于是伪装成蝎偷袭的战术失去了意义，他们只能正面迎敌。有趣的是，敌我六人，有四个都在根组织待过。
鸣人看到大蛇丸，直接怒不可遏的进入了三尾状态。大和没有第一时间用木遁制止，面对大蛇丸这种级别的敌人，他们需要鸣人暴走的力量。然而战斗开始后，小樱被鸣人吹飞的兜砸到，昏了过去，佐井则完全没有要救队友的意思，所谓融入第七班仅仅为了接近大蛇丸，他现在要执行团藏交给他的极秘任务了。
大蛇丸与四尾鸣人一番激战过后，因为临时转生的身体到达极限，只能撤退。这时佐井出现在大蛇丸面前，将团藏的见面礼交给了他，竟然是一份木叶暗部全体成员的档案。
这对木叶村来说极度重要和危险的机密，试想一下一个国家所有特工的身份全部暴露。佐井表示：“团藏大人想与您合作，颠覆木叶村，自己则充当双方的联络人。”
大蛇丸感受到了团藏的诚意，将佐井带回据点，佐井也终于见到了久闻其名的佐助。他对佐助说：“鸣人一直在找你，听说他把你当兄弟。”佐助冷冷道：“我的兄弟只有一个，是我想杀掉的男人！”
为什么佐井要当着大蛇丸和兜的面说这些？恐怕一路上，他看到鸣人对佐助的执着，唤醒了封存在心底的记忆，他很好奇佐助是怎么想鸣人的。
此时大和靠着佐井体内的追踪器，带着鸣人、小樱追到了大蛇丸的巢穴，抓住佐井后，准备去救出佐助。佐井却劝鸣人放弃：“我刚才见过佐助了，你们不可能成功，他根本不把你当兄弟。”
鸣人沉默了片刻，郑重的说：“佐助和我一样没有家人，他是这世上最认可我的人，是我的朋友，是好不容易才建立起来的羁绊，就算是打断手脚，我也要把他带回去！“
鸣人的嘴遁触动了佐井的心，他想起同样是孤儿，彼此视作亲人的自己和信。这时药师兜出现，看到佐井被木遁捆住，他以为佐井还是站在他那边的，于是破开他的束缚，放心的把背后交给了他。结果佐井默默一记擒拿制住了兜，佐井：“所谓羁绊，我想亲眼验证一下”鸣人的嘴遁竟恐怖如斯，前根组织第一间谍栽在了临场倒戈的晚辈手里。
佐井重新归队，和鸣人一起寻找佐助。看着鸣人不顾刚从四尾状态恢复的伤痛，即使昏倒也不想停下脚步的样子，佐井想起了他的哥哥，以及想给哥哥看的那幅画。他拿出笔，为画册画上了结局：位于首页的哥哥，和位于尾页的自己，战胜一个又一个妖魔相向而行，最后笑着紧握双手。
佐井第一次发自内心的笑了，这不是自相残杀的故事，而是孤身一人的自己和信，在这个残酷世界里终于找到彼此的故事。就像信一开始就做好了病死在决斗中的打算，他也从未想过把哥哥当做敌人，他和信的羁绊，没有一丝瑕疵。
佐井不再顾虑团藏的命令，他一定要让鸣人和佐助重逢，于是佐井先行一步，用超兽伪画的追踪术找到了佐助的位置。
不过此时大和在佐井的包里发现了一本暗杀名簿，最新一页上赫然就是佐助。原来团藏交给佐井的真正任务，是除掉大蛇丸的转生容器，暗杀威胁到木叶的叛忍佐助，之前勾结大蛇丸颠覆木叶的计划只是为获取信任的幌子。不过那份暗部资料是真的，团藏视直属火影的暗部为眼中钉，他不介意大蛇丸将其除掉。
鸣人一行人又开始紧张起来，难道佐井那家伙是去杀佐助了？并不是，佐井此时只想把佐助带回木叶。但三年未见的佐助实力早已今非昔比，虽然被佐井偷袭束缚，但微微抬手便炸出一个大坑。鸣人等人听到动静赶过来，终于见了日思夜想的佐助。
小樱一把抓住佐井的衣领：“你究竟要背叛我们几次？”这时佐助说：“他就是我的后补吗？又进来了个天真的家伙，说什么要保护我和鸣人的羁绊。”
佐井一面对小樱说：“我已经不在乎任务了”，一面对佐助说：“鸣人和小樱为了你拼死追到这里，你应该能够理解这份羁绊。”
佐助回答：“我理解，但现在我已经有了名为复仇的羁绊，太多羁绊只会让自己迷茫，所以我要在这里斩断！”佐助决心这次要杀掉鸣人。
这个时间点，佐助的实力远在鸣人之上，他的写轮眼已经能够抑制鸣人体内的九尾。当佐助准备使用新开发的s级忍术麒麟时，大蛇丸和兜拦住了他。兜：“留他们一命吧，让他们多干掉几个晓的成员。”这让佐助好不容易下定的决心动摇了，只好跟着大蛇丸离开。这次行动，鸣人他们没能带回佐助，但他们收获了第七班的新同伴，佐井。
回到木叶后，佐井向团藏复命，没想到团藏不但没有责罚他任务失败，还答应了他留在第七班的请求。只是看到他露出真心的笑容后，提醒他：“情感只会滋生憎恨，而憎恨会制造战争。”今天的团藏出乎意料的不坏。
此后，鸣人意识到和佐助的差距，开始修炼s级忍术风遁螺旋手里剑，佐井则泡在图书馆，很努力的学习该怎样与人相处。之前想要融入第七班是为了任务方便，现在的他真心想和大家成为朋友，于是自上次的“假笑”后，他又学会了新技能：“绰号或爱称可以产生亲近感”，教科书上是这么写的。于是他向鸣人、小樱请教，该怎样给同伴起绰号。
小樱看到佐井的改变很开心，答道：“只要说对方的特征就好了。”于是佐井仔细端详了一下小樱，开始了实践——“丑女”。看到小樱暴走，佐井还一脸无辜的问：“怎么了吗？”
从根组织出来后，佐井的圈子不只有第七班，他还认识了木叶十二小强们，首先遇到的猪鹿蝶班。井野刚一见到佐井就脸红了，颜控的她兴奋对小樱说：“很帅呢，有一点像佐助。”小樱回忆着刚才的绰号，心想你太天真了。随后第七班和猪鹿蝶一起吃烤肉，井野坐在佐井身边，热情的给他夹肉，这时佐井的表演开始了。
他心想这是第一次见到新同伴，第一印象很重要，于是决定给他们起绰号。特征嘛…看到因烤肉馋着流口水的丁次，佐井脱口而出：“肥……”鸣人一把摁住他的嘴巴：“肥猪是丁次的绝对禁句，千万不能说啊！”
于是佐井又将目光投向了身边的井野，井野倍感压力，小樱则在心里呐喊“上啊，佐井！！！”不过佐井却从小樱的绰号惨案上吸取了教训，心想：“如果对女生直接说出特征会让她发怒，也就是要反着说。”他想了想，对井野说：“美女。”
井野先是吃了一惊，随后有些害羞，“不但人长得帅，说话也很直白呢“。但对面小樱再次炸毛了，小樱：“为什么遇到井野绰号就变成这样了！”佐井再次被揍，这是一道双向送命题。
不过这是完全值得的，佐井的一句美女，在井野的芳心上纵了把火，不善言辞的他，最后被这个擅长读心的姑娘领回了家，出身于根组织，无名无姓的战争孤儿，终于有了自己的名字——山中佐井。
佐井加入主角团后发生了很多事，他看着鸣人终于练成螺旋手里剑，打败了晓组织的角都；他参加了第二次佐助夺回行动，观赏了前所未有的爆炸，看到了宇智波一族的战场，以及鸣人的不甘；他看到木叶村被佩恩毁于一瞬，团藏伺机登上火影之位，又死于佐助之手；他看到了小樱为保护鸣人向他告白，被鸣人一眼看穿。佐井经历了他所缺失的世间百态，内心逐渐充满情感，当年根组织的那个封印术，似乎到了完成的时候。
后来第四次忍界大战爆发，佐井遇到了被秽土转生复活的信。看到哥哥被敌人操纵，还被制成了循环使用的炸弹，佐井怒了，用超兽伪画画出两尊罗汉，将敌人击落至勘九郎的傀儡陷阱中。而信也看到了那本他送给弟弟的画册，信：“原来如此，我终于看到了期待已久的画。”信再也没有遗憾，他确认了兄弟间的羁绊，也明白弟弟现在一定过得很阳光。
信冲破束缚，主动解开了秽土转生，灵魂升天，他们兄弟二人，无论生死，绝不为敌。
后来佐井所在的部队对上了雾隐忍刀七人众，对方实力强悍，同时拥有秽土转生的不死之身，相当棘手。于是忍者联军本部送来了那个根组织的巨大卷轴，希望佐井能够使出强力的封印术，为了战胜敌人，佐井只能尽全力试试。
刚开始的时候，他又像当年那样被负面情感吞噬，险些失控，但很快，他就意识到自己和从前不一样了，现在的他也有了很多同伴，有了各种各样的经历与情感。将保护同伴心意注入画卷，佐井终于完成了这个根之封印术——虎视眈弹。
在动画中，这个虎视眈弹一招封印了忍刀七人众的兜割，而在漫画中，是封印了鬼鲛的上司西瓜山河豚鬼。可以推测，秽土转生的忍刀七人众大部分应该都被这个术封印了。甚至后来斑爷和柱间拼到两败俱伤时，佐井还试图用这招去捡漏。可惜当老虎咬到斑时，斑被轮回天生彻底复活了。
忍界大战结束后，佐井从木叶小强之十三变成了之十二，一开始他填补的是佐助的空缺，最后空缺变成了宁次。
值得一提的是，根组织在团藏死后便彻底解散了，出身于根的佐井成为了木叶暗部的队长，加上井野的山中一族一直都是木叶情报部的重要构成，所以当鸣人成为七代火影时，佐井已经统领木叶情报部门，和鹿丸一样身为火影的左膀右臂。唯一的遗憾是，他和井野的孩子，山中井阵——竟然不穿露脐装！！！