不过日斩之所以能成为千手两兄弟后的第一位“外姓”火影，并非靠前面介绍的身份和实力，论身份、实力，同为二代弟子的志村团藏不逊于他，但成为火影的条件从来只有一个，“得到大家认可的人”。
日斩年轻时，正值第一次忍界大战，他和止水的父亲宇智波镜，后来的两位木叶高层门炎、小椿，秋道一族的秋道取风，以及团藏组成了木叶最精锐的火影护卫班。战争末期，千手扉间率领他们前往云隐村和谈，但云隐的金角、银角突然叛变，当场刺杀了二代雷影，他们也深陷重围，想要摆脱追兵，必须有人留下断后。
这时扉间已经决定牺牲自己，保护这些木叶的幼苗，不过他还没有决定火影的继任者，于是做了一个测试。扉间问道：你们有谁愿意留下当诱饵？身为火影必须有在村子危难时挺身而出的决心，他在考验他们。
团藏虽然有牺牲的决心，但欠缺了勇气，迟疑了，年轻的日斩毫不犹豫的站了出来：“我来！”这就是团藏和日斩的差距，同样为了木叶，日斩能够作为火影承担各国的威胁与挑战，团藏却只敢在阴影里行动。
千手扉间牺牲后，日斩成为了第三代火影。他任命团藏为火影辅佐，给了他极大的信任和权力，团藏则以“暗部培训部”的名义，培养了自己的势力——根。根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光，三代默许了这些，他知道为了村子的安定与秩序，不仅要有作为楷模的正义领袖，也要有能迅速扼杀威胁的“清除者”，他是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根，两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。
开头说过，日斩是火之意志的传递者，他一直致力于培养年轻一代忍者，提出了两男一女加一名老师的班级配置，日斩：“男生会意识到女生的存在，竞争会促进彼此成长”，他亲自培养了第一代主角班，开创了抢铃铛演习的传统。他的学生是初代火影的孙女纲手，以及大蛇丸和自来也。对于天赋出众，但因父母的死而性情孤僻的大蛇丸，日斩尽力开导，帮他走出阴影；对于阳光善良，但天赋平平的自来也，日斩专门给他开小灶，教给他通灵术，让他得以反向通灵到妙木山。他们三人也不负所望，成为了名震忍界的“木叶三忍”。
之后忍界又爆发了第三次大战，那时的木叶村在三代积极培养新人的努力下，正是群星闪耀时期，木叶三忍、黄色闪光、瞬身止水、木叶白牙，每个名号都足以让敌人闻风丧胆。木叶直接与其他四国开战，全部占据上风，但同时也付出了巨大的牺牲。纲手的恋人和弟弟全部阵亡，患上了晕血日渐消沉；旗木朔茂因任务自杀，水门的弟子“死”了两个，仅剩的卡卡西也如同行尸走肉。为了避免更严重的后果，三代火影和强敌大野木签订了和平协定，结束了这场日旷持久，差点把木叶拖垮的战争。
但这引起了团藏的强烈不满，明明可以获得胜利，却主动休战，他将其称为“简直和打了败仗一样”。他和日斩出现了严重的分歧，甚至联合门炎、小椿向他追责。为了给这场“付出巨大牺牲却无果”的战争一个交代，日斩卸去了火影之职。
不过他之所以能放心卸任，是因为下一任火影的最佳人选已经出现——自来也的弟子，他的徒孙波风水门。而团藏提出的人选“大蛇丸”被他极力否决了，虽然大蛇丸是他最心爱的弟子，但他知道他对“火之意志”毫无兴趣，他举荐水门不为亲、只为贤。虽然现在的水门经验尚浅，但只要自己在身边辅佐一段时间，必将成为优秀的火影。也是因此，日斩退休后没有退居幕后，他和四代几乎形成了双影共治的局面。
不久后，水门的妻子漩涡玖辛奈怀孕。这本是一件喜事，但玖辛奈有一个特殊的身份——九尾人柱力，人柱力在分娩时极度虚弱，封印有被突破的可能。为了村子的安全，日斩让水门夫妇前往远离村子的密室生产，为了尽可能保密，他让自己的妻子去帮玖辛奈接生。
尽管做好了万全的准备，意外还是发生了，九尾不但突破封印，甚至直接出现在了村子里。面对这前所未有的灭村危机，日斩下令让年轻一代的忍者全部去避难，不许接近九尾。村子被毁可以重建，但村子的未来必须保存下来，他令警务部队宇智波一族在后方保护村民，自己率领暗部和其他上忍与九尾战斗。
日斩通灵出了猿猴王猿魔，虽然从体型上来看，猿魔远不如蛤蟆文太这些大型通灵兽，但它的特别之处在于可以变化成一件武器——如意金箍棒。金箍棒伸长，一万三千多斤的分量，直接把九尾顶出了村子。
但日斩毕竟是年纪大了，很快体力不支，这时九尾蓄力了一枚尾兽玉，瞄准了村子。危急关头，波风水门终于击退了带土，赶回木叶，用飞雷神将九尾转移到了远方。等日斩赶往支援时，水门夫妇已经张开结界，使用了漩涡一族的天之锁，和禁术尸鬼封尽。日斩想要上前，也许是想代替前途无量的水门和九尾同归于尽，但他无法穿过结界，最终九尾的灵魂被分成两半，封印在了水门和他的孩子体内，水门夫妇也因此牺牲。
弥留之际，玖辛奈将孩子托付给了日斩：“孩子的名字叫鸣人。这是水门和我，根据自来也老师的小说起的名字。”日斩郑重的说：“鸣人吗，我一定会照顾好他，我保证。”
灾难过后，除了重建村子，首要任务就是填补火影的空缺。此时自来也正云游四方，纲手也已离开村子、逢赌必输，卡卡西那一代又年纪太轻，木叶处在青黄不接的境地。会议上，团藏正想趁机登上火影之位，日斩抢先开口：“我愿担此重任！到下任火影成长起来为止，只当我是个过渡。”这下团藏又炸了，当年二代选择继承人时就被日斩抢先，好不容易熬到他退位了，现在竟又重新上任，团藏对他已经从意见相左转变为敌视，甚至策划了一次刺杀行动，想要除掉他。
最后行动败露，团藏面临着“刺杀火影未遂”的死罪，日斩却网开一面：“这件事不予追究，希望你今后能为木叶尽心尽力。”团藏冷笑道：“你还是这么优柔寡断，你的天真总有一天会毁了你。”日斩则回答：“有光的地方必有黑暗，无论缺了哪一方世界都无法正常运转。”
虽然他说的很有哲理，但团藏后来似乎并没有做什么好事。相反，他勾结日斩的徒弟大蛇丸，从事禁忌的人体研究。后来大蛇丸的实验室暴露，日斩亲自带队抓捕，但面对曾经的爱徒，他不忍出手，一念之差又将大蛇丸放跑，而团藏的那句警告，若干年后真的在他们师徒间应验了。
木叶村渐渐恢复了安定，但对于水门夫妇的孩子漩涡鸣人，日斩陷入了两难。作为拯救村子的英雄遗孤，鸣人本该在村里人的尊敬与关怀中成长，但他同时又是九尾人柱力，如果被敌人知道身份，将时刻处在危险中。因此对他最好的照顾，或许是隐瞒他的身份，让他像普通人家的孩子一样成长，暗中给予他帮助和保护。日斩似乎是想这么做，但结果却很糟糕，那就是全村的人不知道鸣人是四代火影之子，却都知道他是九尾人柱力。无须隐瞒的隐瞒了，该隐瞒的却暴露了，村里人对九尾的憎恨和怒火全都集中在了鸣人身上，敌人的目光也全都锁定了他，甚至宇智波在打算叛变时都已经做好了抓鸣人的计划。
我觉得以三代火影的头脑，这只可能是剧情设计的问题了，故事最初已经确定了鸣人的人设，一个在备受排挤的环境中长大，努力想要获得大家认同的少年，连载中的漫画，后期剧情必须服从这一设定，所以不是三代火影没有能力照顾好鸣人，而是鸣人童年很惨这一设定使得他不得不背这个锅。
可能也是因此，动画在第700话特别描写了一段日斩和鸣人的往事，讲的是幼小的鸣人被周围人孤立，穷得连拉面都吃不起，饥饿的他只能去森林里钓鱼、捡蘑菇吃。这时日斩出现在他身边，以一个过路老爷爷的身份和他分享食物，虽然我很想吐槽鸣人好不容易钓三条鱼您还分走一条，但此时的鸣人最缺的还不是食物，而是关心与陪伴。后来鸣人称三代为“火影爷爷”，两人间毫无隔阂，想来日斩应该陪伴他挺过了孤独的童年。
鸣人进入忍者学校时，很喜欢恶作剧，日斩曾嘱咐他的老师伊鲁卡：“那孩子在没有父母疼爱的环境下长大，村里人也因为妖狐对他敬而远之，为了引起大家的关注，他才会恶作剧。”而伊鲁卡老师给了鸣人最初的关怀和认可。当鸣人成为忍者后，日斩又给了他最佳的班级配置，他让四代火影的徒弟，曾在玖辛奈怀孕时守护了鸣人九个月的卡卡西当他的老师，当危险出现，卡卡西会继续守护鸣人；他让宇智波一族的幸存者，拥有写轮眼潜力的佐助做他的同伴，如果九尾再次失控，写轮眼是仅有的控制尾兽的方法；他把受到鸣人爱慕、又爱慕着佐助的春野樱放在了这个班里，凑成了一组美好的三角恋。
猿飞日斩，再次见证了新一代主角们的成长，直到他们迎来了中忍考试。中忍考试一年两次，本不稀奇，但这次，大蛇丸回来了，他带着音忍和砂忍想要颠覆木叶。木叶村周围设下了完整的感知结界，平日里无法潜入，不过人员混杂的中忍考试却是绝佳时机，大蛇丸先后伪装成学生、音忍老师和四代风影，瞒过了所有人。虽然第二场考试中大蛇丸暴露了踪迹，但中忍考试是各国大名到场观看的盛会，不能轻易中断，三代只能等待大蛇丸出招。
之后的预选赛中，他和卡卡西、凯等精英上忍全程在旁戒备，正赛时也加派人手四处搜查，但他没想到，大蛇丸伪装成了风影，就坐在他身边。比赛中，大蛇丸突然发难，带着日斩跳上房顶，潜藏在会场内的音忍也立刻跟上，联手施展四紫炎阵，阻断了木叶的暗部援兵。大蛇丸撕下伪装，向自己的老师发起了挑战，三代笑了笑，脱去火影袍，里面已是全副武装。
两人交手，大蛇丸用秽土转生招出了已故的初代、二代火影，日斩本以为此战是教训徒弟，没想到对上了自己的师傅。虽然这次复活的初代和二代实力远不如生前，但日斩也年纪大了，连续进行大规模忍术攻防，让他气喘吁吁，大蛇丸则悠闲的在一旁看戏。最后在初代的木遁·树界降临中，日斩躲闪不及，被藤蔓缠住，看来一对二还是太吃力，他终于使用通灵术，叫出了猿猴王。
大蛇丸知道这个通灵兽的厉害，立刻控制初代、二代想要阻止它变身，但来不及了，猴王挡开二人，变化成金箍棒飞到日斩手中。大蛇丸没法安心观战了，他吐出神器草薙剑，加入了战局。虽然大蛇丸不擅长剑术，但日斩此时仍对他抱有幻想，处处留手，直到最后大蛇丸把他按在地上，扬言要毁掉木叶，他才下定决心：接下来不是师徒打架，而是清理门户。
等待已久的猿魔一把扭断大蛇丸的脖子，虽然是替身术，日斩也趁着秽土转生失控的瞬间，用起爆符炸毁了初代、二代的手脚。但秽土转生之躯很快自动修复，而大蛇丸竟然又撕下一层面具，竟是一个年轻女人的面孔，原来他已经完成了禁忌的研究，学会了转生之术。日斩意识到必须在这里将大蛇丸解决，这样一个永生不死且包藏祸心的存在，比九尾妖狐更危险。既然常规的攻击无法奏效，那就只能封印了，而他所掌握的最强封印术，正是当年四代和九尾同归于尽的禁术——尸鬼封尽。