371年11月13日，桓温抵达京师，暗示皇太后褚蒜子废黜司马奕，而由丞相、会稽王司马昱继位，并事先拟好了诏书的草稿，派人送进宫。

司马昱除了清谈之外，没有半点本事，为人也很懦弱，当真是把大权过渡到自己身上的不二人选。

褚蒜子历经四任皇帝，早已看淡了人生起伏，对于朝政大事全不放在心上，一心钻在佛堂里修身养性，当接到桓温的奏章时，正在佛堂烧香。

接过奏章只看到一半，褚蒜子已知桓温的打算，便不再看下去，让侍从拿笔来，加添几句说：“未亡人不幸，忍受种种忧患，想到死去的，挂念仍在人世的，心如刀割。”

这几句看似只是抒发心情、无关痛痒，实则是提醒桓温不要做得太过份（赶尽杀绝），司马家族会妥协，但也需要双方的体谅和配合。

11月15日，桓温在金銮殿召集文武百官，由太监宣读了褚蒜子的诏令，废黜司马奕的帝号，改封东海王，由丞相司马昱继承帝位。

接着文武官员们在太极前殿集合，大营指挥官竺瑶和散骑侍从官刘亨，入宫取出了皇帝的印信，然后一起叩拜在地，目送着废帝司马奕头戴平顶帽巾，身穿单层布衣，从西堂步行走下台阶，坐上牛车，一直出了神虎门。

执法监察官和宫殿保安官，则率军一百人把司马奕护送到了东海王府，24岁的司马奕由此正式告别了皇帝生涯。

送走了废皇帝，桓温亲自率领文武百官，带着法驾，到会稽王府迎接司马昱，司马昱就在客厅里改穿衣服，同样的头戴平顶帽巾，身穿单层布衣，面向东方，流泪止不住地划落，然后向皇帝印信下跪叩头，再双手接过，当天便登极称帝，改年号为咸安，本年已是51岁高龄，即简文帝。

此番帝位交替，被废的司马奕固然是感觉不到丝毫的欣喜和释然，而新立的司马昱也不觉有任何值得高兴的地方，仿佛一瞬间掉进了泥潭，挣扎不开，越陷越深。

大概从殷浩下台开始，司马昱已逐渐沦为桓温的发言人，一举一动都不过是服从安排和授意而已，如今一举升为九五至尊，但这一现状却并没有改变，甚至因此更加受制于人，个中痛苦绝非旁观的群众所能体会。

迎来了新皇帝，桓温出来到太极殿中堂，分别派出部队戒严，因为脚上有病，司马昱特别下诏请他坐轿进殿，桓温没有接受，在卫士的簇拥下参拜司马昱。

在此之前，桓温已经拟妥了一篇文稿，打算在见面的时候仔细陈述所以废黜和所以拥戴的缘故，想不到司马昱一见到他，就流泪不止，桓温顿感惊愕，这样的场面可真心是始料未及，一肚子备好的话竟连半个字也说不出来了，一种名叫怜悯的情绪油然而生，眼眶也跟着红了起来，为了躲开抱头痛哭的尴尬，赶紧告辞离开。

出于对司马昱的同情，桓温放弃了郗超提出的逼宫计划，转而为另外一种各自相安无事的禅位模式做准备，但郗超提醒他司马昱尚有儿子，禅让一事并不能百分百保证实施，桓温思量许久，还是不忍对司马昱动粗。

司马昱最早娶了王述的堂妹为王妃，生了世子司马道生和司马俞生，但司马道生的品德太差，母子都被废黜囚禁，后来死在囚室，其余三个儿子司马郁、司马朱生和司马天流，也早夭亡。

之后长达十年间，司马昱的妃子们竟没有一个怀孕，司马昱不得不请一位资深的面相学专家，到后院察看所有的妃子，还看了所有婢女，专家转了一圈，最后把视线放在一个纺织室的女婢身上。

这位婢女名叫李陵容，是从马来半岛过来的，皮肤黑而身材修长，宫里人都称她为昆仑，专家拍手道：“能生皇子的就是她了!”

司马昱只觉无语，但为了延续子嗣，还是让她陪宿，结果真的连生两个儿子，即司马昌明和司马道子。

次年7月28日，11岁的司马昌明被立为皇太子，司马道子则被封为琅邪王，兼管会稽国，奉祀祖母郑阿春的香火。

这两个孩子都还未成年，桓温倒并没在意，太宰、武陵王司马晞，是司马昱的弟弟，平时不务正业，却尤喜欢练兵为乐，桓温担心他惹出什么幺蛾子，特别上疏指控他聚集地痞流氓，包藏祸心，他的儿子司马综也傲慢残忍，当初袁真叛乱，他们就曾互相勾结，近来私下动作频频，将要发动政变，请免除其官职，暂以亲王身份返回王府。

大司马既已发话，司马昱当然只有批准的份，于是连同司马综等人一并免职。

这之后，桓温上了瘾了，把得罪自己的人全都收拾一遍。

当初殷浩死的时候，桓温还特意派人带着信件前去吊丧，结果殷浩的儿子殷涓既不答礼，事后也不晋见桓温道谢，却跟司马晞来往交游，桓温为此恼了好久，另外广州督导官庾蕴等人，一向与桓温不和，桓温对他们也都没好感，如今基本操控了朝廷，正式对这些人展开报复。

371年11月17日，桓温派弟弟桓秘，肋迫新蔡王司马晃、前往太极殿西堂叩头自首，招认与司马晞、司马综、殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔等人，阴谋叛变。

人证物证俱全，叛变可不是小罪，桓温当着司马昱的面下令涉案人等全体逮捕，交付司法部调查审判，而结果不如意外全是死刑。

只不过要处死皇族成员，到底太过敏感，总监察官谯王司马恬，接受桓温的指示，上疏请依法行事，诛杀司马晞，司马昱含泪下诏说：“我心中悲痛，不忍听到这种事，何况要我亲自说出口，最好别再作讨论。”

桓温为了让他松口，先诛杀了司马奕的三个儿子及其母田美人、孟美人，然后亲自上疏，坚持诛杀司马晞，措辞异常凌厉急切。

转折出现了，司马昱这次竟然没有俯首听命，亲笔写了一份情意委婉的诏书给桓温：“如果晋国大运还可以延续，请公接受上一次的诏书，如果大运已去，我请求避开贤能上进的道路。”

桓温看到之后感觉挺尴尬的，只好退让一步，奏请撤销司马晞父子三人的所有爵位，贬作平民，连同官属，全体放逐到新安郡。

这次司马昱无话可说，于是新蔡王司马晃也被贬作平民，并放逐到衡阳郡。

皇族人员尚且如此下场，其他的族人当然无一幸免，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔等人一起遭斩首并屠灭全族，庾蕴在狱中服毒自杀。庾蕴哥哥庾友的儿媳妇是桓温弟弟桓豁的女儿，所以桓温特别赦免了庾友全家。

殷庾两族被屠之后，龙亢桓氏的势力已无人能敌，朝中的望族只剩下太原王氏、琅邪王氏和陈郡谢氏，但他们的代表王坦之、王彪之和谢安也都无力回天，谢安甚至见到桓温就远远地下跪行礼。