刘牢之的加入，让孙恩饱受打击，刚开始攻克会稽等八个郡时，得意地对部属说：“天下再没有大事了，我们很快就能穿上朝廷的官服，前往建康！”部属们都异常兴奋，纷纷附和，变着花样奉承孙恩。

但当刘牢之的军队抵达钱塘江北岸，孙恩大为惊恐，勉强告诉部属：“我们保住钱塘江以南的地区，至少还可以当越王勾践。”部属们内心慌乱，只得默默点头称是。

399年12月26日，北府军浩浩荡荡地渡过钱塘江，孙恩自知大势已去，强打精神对部属说：“我不认为逃跑有什么可羞耻的。”部属们心说我去你大爷的吧，老子早知道你这么没用，何必抛妻弃子赶来投奔，现在想想真是愚蠢之极！

孙恩本是白手起家，倒也不觉有什么可惜，率领男女二十多万人，迅速向东撤退，沿途把很多金银财宝和美女抛弃到路边，以此制造路障，阻挡政府军的攻势。

士兵们果然禁不住美色和钱财的诱惑，纷纷展开疯狂的抢夺，孙恩借此机会，得以从容不迫地重回海岛。

孙恩到底是研究人性的，这种事做起来真的是游刃有余。

政府军经过孙恩这一闹，全都动了歪心思，赶跑了变民集团，自己变得比他们更加凶残可怕，打砸抢奸，遍地可见，良家百姓无不大感失望，这些人日夜盼望官军前来解救，结果刚出虎口又入狼穴，侥幸存活下来的百姓纷纷向四方逃奔，郡县之内一片荒凉，几乎看不到人烟，直到一个多月后，才有人试探着返回。

虽然过程异常悲惨，但孙恩之乱的第一回合总算告一段落。

司马元显深知孙恩用不了多久定会卷土重来，于是任命徐州督导官谢琰为会稽郡长，兼扬州五郡军区司令长官，率徐州州政府的官员，沿东海驻防戒备。

当时司马元显主管朝廷机要，人们称司马道子家是东府，司马元显家是西府，东府门前冷落清静，连地上啄食的麻雀都不受惊扰，可是西府门前却车马成群，拥挤不堪。

司马元显挨过了孙恩之乱后，更加得意忘形，下令朝中三公部长级以下的所有官员见了他都要叩头参拜，以示尊敬，而且不顾国库空虚的惨状，拼命贪赃枉法，家中财富远远超过朝廷，极尽奢侈腐败。

国内人心思变，朝中寡廉鲜耻，无疑让掌握兵权的地方官员发觉某种机会的到来，纷纷蠢蠢欲动起来。

荆州督导官殷仲堪对江州督导官桓玄的跋扈野心，深感忧虑，终于决定打破三角稳定关系，与雍州督导官杨佺期结成姻亲，约定互相救援，共抗桓玄。

桓玄警觉到自己的危险，于是上书朝廷，要求扩大自己的军区范围，以增强自身实力，并拉拢党羽。

司马元显有意从中挑拨离间，制造上游地方官员之间的内乱，以解除对建康的威胁，于是加授桓玄荆州四郡军区司令长官，又任命桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广，出任南蛮保安司令官一职。

杨广极不情愿地把此事报告给弟弟，杨佺期顿时愤恨不已，准备动用武力拒绝桓伟赴任，殷仲堪却担心落人口实，坚决劝阻了军事行动，为了表示弥补，派杨广担任宜都建平二郡的郡长。

殷仲堪的性格固然保守，桓玄却是雷厉风行的人物，不等殷杨二人发难，率先出动军队攻克了江夏郡，并俘获了郡长、杨佺期的堂弟杨孜敬。

杨佺期终于忍无可忍，动员军队建立大本营，声称援救洛阳，实际打算与殷仲堪联合攻击桓玄。

之前殷仲堪与杨佺期有约定，说要共进退，但此时殷仲堪却又忽然犹豫起来，担心除掉桓玄之后，杨佺期会不受控制，反倒不如现在的局面喜人，互相牵制着谁也不敢太出格。

杨佺期顿觉无语，但也终于没能发动大军东下，桓玄躲过一劫。

可是三人互相牵制的局面早就松动了，桓玄已悄悄准备行动。

本年荆州大雨成灾，殷仲堪拿出所有仓库的存粮，赈济辖区的灾民，桓玄就趁着荆州粮秣不足的绝佳机会，动员军队西上，向殷仲堪发动大规模攻击，但表面上也是宣称要援救洛阳，并写信给殷仲堪说：“杨佺期身受国家厚恩，却放弃皇家坟墓，我们应该共同讨伐，我现在顺沔水而上，如果我们见解相同，请捕杀杨广，如果不然，我就率军进入长江。”

当时巴陵还有存粮，桓玄先派人先行夺取，半路上碰到了梁州督导官郭铨，他正前往州政府赴任，桓玄于是假称朝廷密令郭铨担任前锋，并把江夏俘虏的杨孜敬的部队，交给郭铨，让他督促各路兵马同时并进，然后秘密通知哥哥桓伟作为内应。

桓伟面对这种突发状况却不知如何是好，竟把信拿给殷仲堪，殷仲堪惊恐之下囚禁了桓伟作为人质，并让桓伟写信给桓玄，劝他停止军事行动，措辞十分悲苦。

桓玄接到信件，部属们都劝他三思而行，不要害了桓伟的性命，桓玄却并不担心，胸有成竹地说：“殷仲堪没有决断能力，经常患得患失，为自己留后路，也为子女留余地，绝不敢有激烈的行动，我家老哥一定安全。”

殷仲堪眼见人质计划行不通，赶紧派部将率水陆战士七千人，进驻西江口抵御，桓玄则让郭铨和苻宏领军攻击，荆州兵团大败而回，桓玄顺势驻军巴陵，征用当地的粮食，供应军队，并不断击退殷仲堪的援军，江陵局势大乱。

江陵城中的粮秣也很缺乏，只能把芝麻捣烂煮成浆糊，勉强供应士卒充饥，桓玄乘胜进军，抵达零口，距离江陵只有二十里，殷仲堪无奈向杨佺期告急，请求南下救助。

杨佺期也知道荆州闹饥荒，回信说：“江陵连粮食都没有，拿什么对抗敌人？你最好来襄阳，和我共同守卫。”

这倒是不错的计划，但殷仲堪仍希望保住荆州和自身实力，不打算弃城流亡，于是向杨佺期保证粮秣充足，至少足够对付桓玄。

杨佺期信以为真，于是率步骑兵混合兵八千人南下，铠甲武器十分精良，照映太阳，光芒四射，可是当抵达江陵后，殷仲堪却只能用米饭为援军接风，酒肉都没有，杨佺期才知被对方骗了，顿时暴跳如雷，可是大军已经来此，不能轻易撤退，赌气不见殷仲堪，也不与荆州的军队配合，而和杨广直接向桓玄发动攻击。

因为双方有过约定，这一波攻击算是还了殷仲堪的人情了，成败与否并不重要。

桓玄畏惧雍州兵团的锐气，暂时退到马头，到了第二天，等到敌人疲惫了才全军出动，大获全胜，杨佺期败回襄阳，殷仲堪则弃城而逃。

可惜杨佺期终究是失算了，这一战竟成了他的绝响，桓玄的部将冯该很快把杨佺期兄弟二人擒获，并当场斩首，人头送往建康示众，杨佺期的弟弟杨思平，堂弟杨尚保、杨孜敬等人，则逃到了异族部落中躲过一劫。

殷仲堪听到老友的死讯，顿时万念俱灰，率数百人打算投奔后秦，走到冠军城，被冯该擒获，回军途中，冯该逼令殷仲堪自杀，同时斩了殷仲堪的所有亲信。

长江上游各军区全部落入桓玄之手，一场更大规模的内乱就此酿成。