405年10月11日，21岁的慕容超继任皇帝，改年号为太上，尊段皇后为皇太后，任命北地王慕容钟为全国各军区总司令长官，主管朝廷机要，慕容法为征南大将军、徐、兖、扬、南兖四州军区司令长官，加授慕容镇开府仪同三司，擢升政府最高行政长官封孚为全国武装部队总司令，鞠仲为最高监察长，封嵩为政府左副行政长官。

南燕由此开启了全新篇章。

慕容超即位之后，把过去的亲信公孙五楼当成心腹，慕容德留下的重要官员北地王慕容钟、段宏等人，担心受到排挤，主动请求离开朝廷，到外地任职，慕容超于是任命慕容钟为青州州长，段宏为徐州督导官，另任命公孙五楼为武卫将军，兼骑兵指挥官，并参与朝廷决策。

从此之后，慕容超性情大变，一改先前的温润模样，猜忌暴虐一天比一天严重，大权交给宠信的奸佞小人掌握，他自己则沉迷在打猎游乐的安逸生活之中。

老臣封孚本着一腔报国的热忱直言劝谏：“我听说不应该把亲信放逐到外地，不应该把旅客接待到内室，慕容钟是皇族重臣，国家的倚靠，段宏在外戚中颇负盛名，人民对他也十分尊重，都应该协助文武百官，辅佐陛下，不应该到远方镇守，如今慕容钟在外，公孙五楼在内，我深感不安。”

慕容超丝毫不加理会，仍旧我行我素，极尽亡国之君的气派，而且没有半分自知之明，居然厚颜无耻地在金殿上问群臣：“我可以与前世哪位君王相比？”

封孚当场脱口而出：“夏桀商纣。”

慕容超大怒若狂，但因为封孚的声望隆重，一时不敢杀他，不过封孚本已上了年纪，加上对朝政失去信心，没多久便在家中去世。

在他病重期间，朝中已发生了惊天剧变。

公孙五楼为了独揽大权，竭力排除异己，向慕容超诬告北地王、青州督导官慕容钟大逆不道，请求将其处死。

而在此之前，慕容德去世时，兖州督导官慕容法因为军务在身，没办法到京师奔丧，慕容超特地派人带着诏书前往指责。

于是慕容法、慕容钟和段宏等人，全都阴谋起兵叛变。

慕容超得到消息，立刻下诏征召慕容钟，慕容钟唯恐被害，声称有病不能行动，慕容超便用车裂酷刑杀了广固城中慕容钟的同党、高级咨询官慕容统，以及政府左副行政长官封嵩，封嵩的兄弟封融趁乱逃向北魏，终于保得一命。

杀掉叛变份子的同党，自然不能完全泄愤，慕容超接着派慕容镇攻击青州，慕容昱攻击徐州，政府右副行政长官、济阳王慕容凝，联合韩范，攻击兖州。

一场大乱就此展开。

406年10月，慕容昱终于攻陷莒城，徐州督导官段宏逃往北魏，在魏燕边境滞留的封融则率领民间势力袭击石塞城，斩了南燕镇西大将军余郁。

此时国内人心惶惶，济阳王慕容凝本就对慕容超没什么好感，准备诛杀韩范，回军袭击广固，不料韩范提前得到消息，集中兵力反击慕容凝，慕容凝被迫投奔梁父，韩范乘胜进击，合并了慕容凝的残余部众，很快攻克城池，慕容凝向后秦逃去。

慕容法很快也败下阵来，逃往北魏。慕容镇攻克青州后，青州督导官慕容钟屠灭了慕容镇留在青州的妻子儿女，然后挖掘地道逃出，与高都公慕容始，一起投奔后秦。

经此一系列的争斗，慕容家族更加分崩离析，南燕实力遭到严重消弱。

然而慕容超对这些并不在意，反而想借机会恢复古时的肉刑，并打算增加烹刑和车裂，遭到文武百官的一致反对之后，终于才极不情愿停止。

虽然国力遭到削弱，对于慕容超而言，一次除掉那么多仇家，总是大快人心，在他洋洋自得的时候，忽然想起了同患难的妻子和母亲，几经纠结，准备派人到后秦走一遭。

担负此次任务的是总监察官封恺。

封恺抵达长安之后，非常诚恳地说明了来意。

姚兴固然宽厚，但因为曾被慕容超戏弄，心存怨恨，便对封恺说：“从前苻氏败亡，皇家御用声乐及所有歌舞伎，都被带到燕国，燕国今天既然愿当臣属，应送来乐师及歌舞伎，或送来晋国的一千户百姓，所作请求才能批准。”

慕容超得到汇报，顿时火冒三丈，可是亲人在对方手上，出兵是绝无可能的，而且凭南燕的实力，也无法与后秦抗衡。

政府左副行政长官段晖进言道：“陛下继承国家大业，不应因个人亲情的缘故，降低尊贵的称号，而且皇家音乐是历代祖先留下来的遗声，不可轻易送给别人，不如派军到晋国掳掠他们的人口，交付给秦国，以表明诚意。”

政府行政官张华不以为然道：“侵略邻居，掳掠人民，这岂不是向晋国开战？恐怕从此将兵连祸结，一发不可收拾！不是国家之福！陛下慈母在别人掌握之中，怎么可以看重虚名，不肯委曲求全？立法院总立法长韩范，曾随姚兴同时当过苻家太子的随从官，如果派他前往，一定能得到满意的答复。”

慕容超同意，于是再派韩范出使后秦，并呈上奏章，愿称藩属。

已投奔后秦的慕容凝得知此事，赶紧向姚兴提议：“慕容超一旦得到母亲和妻子，便绝不可能再当藩属，应该让他送乐队和歌舞伎。”

姚兴深以为然，于是对韩范说：“老朋友亲自前来，我当然会送燕王的家属，但现在天气十分炎热，等到秋凉时节再起程吧。”

韩范顿时无言以对，只得回国如实相告，姚兴不久便派编制外的散骑侍从官韦宗，前往南燕聘问，以表明“诚意”。

慕容超虽然对于姚兴话并不满意，但毕竟处于被动的位置，只得忍着，和官员们讨论接待韦宗的礼节时，政府行政官张华说：“陛下在此之前，既已呈递奏章，现在自应面向北方，恭迎招待。”

有人也提出不同的见解，但慕容超终于选择屈服，面向北方接受诏书。

407年10月，慕容超派张华和宫廷顾问官宗正元，呈献皇家乐队和歌舞伎120人给后秦，姚兴也兑现诺言，归还了慕容超的母亲段氏和妻子呼延氏，并致赠了厚重的礼物，送她们上路，慕容超亲率文武百官到马耳关迎接，终于了却一桩公案。

然而向后秦称藩，对于南燕军民而言，终究是个沉重的打击，南燕本已四肢残疾，如今脊梁骨也塌陷了，距离倒下更近一步。