在倭寇逃遁归国后，除了明御倭副总兵：刘綎，收留了5百倭军编入本部火铳队之外，其余留在李氏朝鲜王国的倭军要么被杀、要么投降明军加入队伍。

而东征的大明军队本应无战事之后撤回国，但是李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴积威，再度报复？

于是上奏朝廷表示要苦留大明军队善后，朝廷经过商议决定留明都察院右副都御史兼朝鲜经略：万世德，与明义州卫镇抚使：李亟勋，率三千士兵继续驻守李氏朝鲜王国，其余明军全部调回大明帝国。

12月20日，在大明帝国南方，明四川巡抚兼都察院左佥都御史：谭希思，正在重庆府綦江县、泸州合江县，一带设防拦截杨氏叛军，分别在合江县与綦江县各置游击将军一员，合江县募兵一千二百人扼守冈门，綦江县募兵二千人，扼守安稳。

怎奈前任明播州宣慰使：杨应龙，直接下令让明下赤水里长官：袁鳌，绕开守卫明军，兵临合江县城下，抓捕出卖杨氏投降明军的前任明下赤水里长官：袁子升，处于凌迟之刑。

此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反对，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鳌之位，改由袁子升长子：袁年，继任下赤水里长官。

刚刚即位的明下赤水里长官：袁年，对于自己的杀父仇人近在咫尺却不能报仇，因为有杨宣慰使的包庇，故此明下赤水里长官密切联系着上下赤水里相近的仁怀里王氏土司，打算监视播州宣慰使司的一举一动。

接着又命令士兵前去攻打，之前弹劾自己的明草塘安抚使：宋世臣，父亲：宋銮，以及明黄平安抚使：罗承恩，等人，现藏在偏桥卫城内。

于是播州叛军就袭击了偏桥卫，还向明偏桥卫指挥使：陈天宠，索要城中之人，得到宋銮、罗承恩及其下子女，惨遭杀害。

在令诸苗士兵当着父亲之面奸淫女儿，或者当着夫君之面淫妻，或**坐在木丛中射箭取乐。又或者烧蛇入阴转腹，人蛇俱死！还掘坟墓焚尸。

12月28日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）提前，一起合力备战。

5月11日，朝廷调集了；四川都指挥使司、贵州都指挥使司、云南都指挥使司、湖广都指挥使司、广西都指挥使司、陕西都指挥使司、浙江都指挥使司、陕西行都指挥使司、河南都指挥使司、山东都指挥使司、万全都指挥使司、山西行都指挥使司，等地的明军精锐总计17万余人直压播州宣慰使司四境内。待按其部署调足24万大军后，即开始了进剿准备，近邻重庆府綦江县还调集了三千兵，由明重庆卫右参将：房嘉宠，作为先锋捕杀了播州宣慰使司叛军三十人。

6月14日，叛贼首领：杨应龙，得知大战迫在眉睫，便积极谋划准备，又在播州军师：孙时泰，的建议下提但“应乘朝廷大军尚未集结之际，宜先破重庆府綦江县，直捣成都府，劫蜀亲王为质。”

于是叛贼首领就趁着官军暂未集结，而内地防守空虚之际，率重兵围攻了重庆府綦江县。

当地明军与之展开惨烈的守城战。

6月17日，明重庆卫游击将军：张良贤，在旧东溪堡与播州宣慰使司叛军遭遇，在这场遭遇战中，明军占据了上风。

6月20日，明重庆卫右参将、明重庆卫游击将军与播州宣慰使司叛军战于城下，各有伤亡，明重庆卫游击将军还被叛军包围了七层。

不过他幸运地杀出了重围，但命运却在，代替贵州巡抚一职，在以明湖广川贵总督：李化龙，代替四川巡抚一职。

并调明四川都指挥同知：刘綎、明大同总镇总兵：麻贵、明湖广总镇总兵：陈璘、明蓟州总镇总兵：董一元，南征众将统一划归到明湖广川贵总督兼四川巡抚：李化龙，的指挥下。

还命令明湖广川贵总督驻守四川承宣布政使司重庆府负责调度。

11月初9日，叛贼首领又屯兵官坝堡，声称窥蜀，然后悄悄回师东进，焚烧东坡烂桥，使得黄平安抚使司、贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，两处所在告急。

接着播州宣慰使司叛军，又进兵贵州都指挥使司偏桥卫，前去掠夺兴隆卫、镇远卫，打通黔楚线，后兵分五路攻破贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司。

很快明湖广川贵总督兼四川巡抚，就商议要安置重兵万人，据守要害，以打通湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司通道。

但是明贵州总镇总兵：童元镇，却拥兵在铜仁府不敢上前，被革职戴罪立功，改由明四川总镇副总兵：李应祥，代替，还命明都察院右佥都御史：江铎，巡抚偏桥卫、镇远卫、镇远府，监视明偏桥卫指挥使：陈天宠，以防止他勾结播州宣慰使司叛军。