同年（建安元年），刘备也跑来投靠曹操了。因为曾经依附于他的吕布和他又打起来了，刘备战败，只好来投奔曹操。当时曹操的谋士程昱就劝曹操杀掉刘备，曹操却说：“方今收英雄时也，杀一人而失天下之心，不可！”不但没杀刘备还“厚遇之，以为豫州牧”。《三国演义》还杜撰出青梅煮酒论英雄的故事，其中“说破英雄惊煞人”的场面描写得更是精彩、传神。不过《三国志先主传》确实提到曹操对刘备说：“今天下英雄，惟使君与操耳”，而刘备也“方食，失匕著”，却没提是不是在青梅煮酒之时。《三国演义》进行到这里时，曹操有一段关于龙的精彩论述，项飞把它全文抄录下来，与诸君共勉：“龙能大能小，能升能隐；大则兴云吐雾，小则隐芥藏形；升则飞腾于宇宙之间，隐则潜伏于波涛之内。方今春深，龙乘时变化，犹人得志而纵横四海。龙之为物，可比世之英雄。”这段论述既可以看作是古人对无所不能的龙的崇拜，也可以看作是曹操内心的独白。曹操认定自己是英雄，他嘴上说的是龙，心里想的是自己。龙能大能小，能升能隐，曹操能屈能伸，而且“胸怀大志，腹有良谋，有包藏宇宙之机，吞吐天地之志”，现在到了飞腾于宇宙之间的时候了。
那么，曹操为什么不除掉刘备这个潜在的对手而使对方得以苟延残喘，以至后来能够坐大、坐强，成为心腹大患呢？项飞认为刘备的“韬晦之计”（该计仅见于演义，史书上无记载）可能是一方面，但是如果曹操打定主意杀掉他，刘备是否“韬晦”结果都是一样。最主要的是，曹操根本没认为刘备是潜在的对手，也就是说曹操根本没看得起刘备。当时的刘备要人没人，要地盘没地盘，虽有仁义之名，可在那个弱肉强食的动荡社会，这根本就不是资本。刘备最有号召力的是他的皇族身份，可他又是皇帝的远亲的远亲。说到行军打仗，刘备比曹操可差得远了（刘备自己也知道这一点）。这样一个人曹操会把他放在眼里吗？当然，这是曹操的一大失误——后果很严重。
建安二年（公元197年），曹操领兵伐张绣。刚到淯河边上的宛城，张绣就率众投降。《三国志魏武帝纪》只说张绣“降，既而悔之，复反”，没说复反的原因，让人莫名其妙。可是细一翻书，发现了原因。在《张绣传》中说，曹操“纳济妻，绣恨之”。济是指张济，他是张绣的叔叔，他死之前把队伍交给了张绣，张秀才能成为老大。济妻，就是张济的妻子，也就是张绣的婶娘。曹操这事办得不地道，怪不得《武帝纪》里没写，原来是为尊者讳。你说张绣能不“恨之”吗？曹操知道张绣对自己不满后就有了杀张绣之心，不料计划泄露，张绣就先下手了，夜袭曹操大营。当时曹操扎营在淯河边上，一点准备都没有。这一仗打得很惨，曹操右臂中箭，长子曹昂和侄子曹安民阵亡，《张绣传》说曹操“二子没”，《三国演义》说曹操长子和一个侄子阵亡。曹操的名马绝影也被射死，还有曹操的心腹大将被他称为古之恶来的典韦也阵亡了。曹操跑到舞阴重整人马，回过头杀败张绣。张绣投奔刘表去了。《典韦传》记载，曹操“闻韦死，为流涕”，“亲自临哭之”。然后“遣归葬襄邑”，还封典韦之子典满为郎中车架，“每过常祠以中牢”。虽说典韦死得有些不值，但曹操的做法确实打动了不少武将的心，活着的人看到曹操如此厚待典韦，谁能不甘心情愿地为他卖命？然后，曹操总结经验教训。他说张绣复反是因为没能“取其质”，就是说没有及时的押个人质。虽然曹操没说出张绣复反的直接原因，但他心里比谁都清楚，纵观曹操后半生，再没犯过类似错误。虽说英雄难过美人关，但曹操吃一堑，长一智，绝不会在女色上犯错误了。最后曹操说了句豪气干云的话：“吾知所以败。诸卿观之，自今以后不复败矣！”在大败之后能说出这样话的，只有曹操！由此可见曹操的胸襟和气魄，这样的人想不当霸主都难！这番话不但安抚了众心，更鼓舞了士气。这可不是简单的吹牛——有谁能在如此惨败之后吹牛？这更是一个目标，而且曹操几乎做到了。
曹操领兵回到许都。按照汉制，他在朝见天子时应该“交戟”，大概就是交回兵权。曹操可不愿意这样，于是干脆“自此不复朝见”。当然见还是要见的，只是不再朝见，所以也就不用交回兵权。关于曹操的不朝见还有一个说法，在《后汉书伏皇后纪》中记叙了这样一件事。有一次曹操上朝，也不知为什么和献帝发生了争执。献帝大概早就看曹操不顺眼，可是有无可奈何，这次终于忍不住说出了心里话，他说：“君若能相辅，则厚；不尔，则垂恩相舍。”本来，作为一个没有实权的皇帝，献帝这话也就是发发牢骚而已，没什么大不了，可是当时的情况有些特殊。原来按汉朝的规矩，领兵的三公在朝见皇上的时候，应该有“虎贲持刃挟之”。虎贲是皇帝的卫队，就是说三公一旦获得兵权，在朝见的时候就要被皇帝的卫队严密控制。这样做的目的主要是威吓和震慑。三公本来就位高权重，现在又有了兵权，一旦作乱，还真难控制，所以就通过这种方式来提醒他们：皇权，只有皇权才是至高无上的，千万别有什么非份之想，不然随时会要你的脑袋。虽然献帝身边的虎贲都是曹操安排的，但是保不准会有谁受了指使或是头脑发热，想要忠君报国，真把曹操砍翻了，如果那样还真不好办。曹操立刻“求出”，出了大殿后“顾左右，汗流浃背”，于是“不敢复朝”。
不管真正的原因是什么，反正曹操是不上朝了。公文直接送到曹操的府中，本来这些公文也是曹操处理，用不着请示汉献帝。如果需要献帝盖章，派个人去办就行了。总而言之，曹操就是不上朝了。
这时的袁术不知怎么想的，竟然想称帝。他派人联合吕布，却被吕布连人带信交给了朝廷，打了小报告，也就是举报。袁术大怒，派兵打吕布，却被杀得大败。建安二年九月，曹操亲征袁术。袁术听说曹操亲自来了，立刻“弃军走”，一直过了淮河。曹操得胜回到许都，这时南阳、章陵等几个县又反了，支持张绣。曹洪领兵征讨却连吃败仗，那边的刘表张绣还不断骚扰，曹操只好自往征之。途经淯河，亲自临河祭奠宛城之战阵亡的将士，“歔欷流涕，众皆感动”。仗打得还算顺利，曹操收回了失地就回兵了。
建安三年得前半年，曹操和刘表张绣又打了几仗，还没分胜负就撤回许都了。为什么呢？因为曹操得到个消息，袁绍的谋士田丰给袁绍献策，让袁绍趁机出兵许都，抢回汉献帝。这可是曹操的死穴，以袁绍实力之强，中招即死，所以曹操一得到消息立刻回兵。可是田丰的主意虽好，袁绍却没采纳。不过袁绍虽然没来，吕布却来了。原来吕布不知怎么搞得，又与袁术合作了。受袁术指使派大将高顺攻刘备。这时的刘备是曹操的小弟，曹操当然不能坐视不理，于是派夏侯惇救援。结果，两人被高顺杀得大败。想想当时与高顺齐名的张辽后来建功立业，威风八面，就知道高顺不是等闲之辈。小弟吃了亏，当大哥的不能不管，于是曹操九月出兵东征。十月攻取彭城，随即下令屠城。
曹军攻坚战的一个特点就是屠城，其目的有两个：一是杀鸡给猴看，使其他敌人不敢抵抗；二是聚敛财物，以充军实。曹军有这样一条规定：围而后降，不赦。就是说在包围圈形成之前投降，算是投诚，可以宽大优待。在包围圈形成之后投降，哼哼，对不起，照杀！因为你是慑于我方强大的攻势，而且无路可逃，这才投降的，不是发自内心的归顺，所以不赦。冷兵器时代的攻城战非常困难，攻方要以血肉之躯，冒着雨点般的矢石，冲上高高的城头或是撞开坚固的城门，必然要付出惨重代价，这样就使攻防产生了强烈的仇恨心理，一旦城破，这种仇恨心理很容易转化为报复，屠城很难避免；兵法上说“十则围之”，因此一般来说攻方在人数上占有绝对优势，守方虽然有深沟高垒，但是往往人手不足，所以他们通常会调动城中居民参与防守，可能诱以重金，可能说以言辞，可能逼以刀剑，总之就是军民齐动员。可是这样一来军民不分，就给了攻方屠城的借口。曹操屠城主要是威慑后来者，给其他守敌造成强烈的心理震撼，使之放弃抵抗，减少以后攻城的伤亡。可是这样一来在客观上也容易使守敌军民一心，同仇敌忾，团结抵抗，所以后来就有来自一线的指战员向曹操建议废除“围而后降，不赦”这一条款。比如曹洪，他就曾建议曹操在围城之后晓谕城中军民，城破之后不会屠城，以减少伤亡和避免可能遇到的抵抗。
屠城的另一个目的就是敛财。虽然杀人越货说来不太像话，不是正规军干的事，但确实是解决军费的一个好办法。在那个军阀混战的年代，屠城的事时有发生，大家也不觉得怎样。另外屠城还有个“妙用”，就是可以提高士气，激发士兵的斗志。士兵们在攻城时憋了一肚子的气，现在可以杀人泄愤了，当主帅的也不愿意阻止他们。而且他们最大的兴趣在于屠城时可以发笔横财，真正的杀人越货。士兵抢百姓，将领抢宫室，主帅拿提成。所以常有统帅在攻城前对士兵许诺，“城破之后，屠城三日”，以此来调动部队的积极性，充分发挥将士们的主观能动性。
说到解决军费，曹操还有个办法就是盗墓。其实和屠城一样，盗墓也不是曹操的发明，先人们早已实践过，曹操只是照搬前人的经验而已。很多人在刚起兵时，实力弱小，连生存都是问题，更别说去屠城了。可是为了革命力量的发展壮大，他们又急需钱，所以就把目标锁定在相对容易的盗墓上。曹操的老爸虽然有钱，还有人赞助，可是这些不足以养活一支军队，所以才出此下策。袁绍讨伐曹操时，命他手下的笔杆子陈琳写了一篇檄文，其中就说到曹操派军队盗墓这件事。他说，“操率将校吏士亲临发掘”，而且“所过隳突，无骸不露”。当然，陈琳是在帮袁绍说话，可能有的地方出于宣传的需要有夸大的成分，但是曹操派人盗墓是确有其事。据说他手下有一支专门盗墓的队伍，还设有专门负责盗墓的官职，比如发丘中郎将和摸金校尉。这支队伍战功显著，挖了很多汉朝的皇陵，就连汉武帝的茂陵也不放过。任你生前多伟大的人物，死后一样任人摆布，尸骨离散，归根结底都是钱财惹的祸。曹操可能也是因为看了被盗后墓主人的惨状才下令自己的丧事从简（当然，曹操平时也很节俭），并设多处疑冢。后世每逢战乱，必有盗墓贼四起，其中有官办的，比如宋末就有专门盗墓的“淘沙官”，当然也有民办的，但即使这样，时至今日人们还是不知道曹操墓的确切位置。
屠城之后，曹操进军到下邳，吕布亲自带骑兵迎战。双方一场恶战，最后曹操获胜，并且“获其骁将”成廉，吕布则退回下邳城中，随即被围。被围的吕布恐惧之余就有了投降的想法，却被他的将领陈宫“阻其计”。于是吕布只好一面坚守，一面向袁术求援。而曹操方面因为连续作战，士卒疲惫，也想撤兵。这时他的谋士程昱和郭嘉提出建议，决沂水、泗水灌城。曹操立刻采纳，派人掘河，下邳城中水深数尺。吕布又坚守了月余，最后他的部将宋宪、魏续不干了，相约反叛，先活捉了陈宫，然后开城投降，吕布也随即被擒。曹操入城之后立刻提审吕布、陈宫，“皆杀之”（详见《吕布》），然后招降吕布领兵在外的的部将臧霸、孙观等，不但“厚纳待”，而且委以重任。至此，吕布这块心病算是去了。
第二年，也就是建安四年（公元199年）冬十一月，和曹操打了好几年的张绣率众来降。曹操大喜，封张绣列侯，这件事后文会有详叙。这时的袁绍已经吞并了公孙瓒部，占有冀、青、幽、并四州，十余万众，势力日益强大，多次传出消息他要攻击曹操。曹操虽然风头正劲，但是与袁绍相比还差得远，所以曹操的手下多数人都认为不可与其争锋。曹操则说：“吾知绍之为人。志大而智小，色厉而胆薄，忌克而少威，兵多而分划不明，将骄而政令不一，土地虽广，粮食虽丰，适足以为吾奉也。”在这之前，曹操每次出征都担心袁绍会袭击他的许都，谋士们也多次提醒过他，但曹操总是能准确预言袁绍究竟会不会偷袭，这些判断是在充分了解袁绍的为人的基础上作出的。曹操之所以最后能战胜袁绍不是因为运气好，而是他知己知彼。短短几句话，既总结了袁绍为人、治军的弱点，又鼓舞了士气。于是曹操进兵官渡（现在河南中牟的东北），以遏制袁绍。
再说那位已经称帝的袁术，先被吕布杀败，又被曹操所破，到现在也没缓过劲来，而且处境越来越艰难。他一想，干脆把帝号让给袁绍吧。两人虽然一直不和，甚至兵戎相见，但毕竟是同父异母的兄弟，归帝号于袁绍还可以换个养老的地方。于是带人投奔袁绍，袁绍的儿子袁谭从青州出发来迎接他。袁术要到青州必须要经过下邳，此时的下邳已经落入曹操的手中，曹操当然不会放过袁术。可是曹操不知道怎么回事，竟然派刘备、朱灵阻击袁术。他们还没进入狙击位置，袁术就已经病发身亡。曹操的谋士程昱和郭嘉听说刘备带兵走了，立刻来见曹操，他们认为“刘备不可纵”。曹操也后悔了，马上派人追，可是已经来不及了。刘备到了下邳，打发朱灵回许都了，然后立刻杀了曹操的大将、徐州刺史车胄，“举兵屯沛”，说啥也不回去了。