就在莫离和周焉大战电脑人之时，锡安增补的两艘舰船也跟过来支援了，奈奥比的舰船里，就有着秦玉以及李茉莉两人，在她们的帮助下，墨菲斯和崔尼蒂成功搞定另外一个电脑人，而这时莫离终于也把剩下的三个电脑人全部搞定，之后众人汇聚到了一起。
接下来按照钥匙人的说法，代码之源隐藏在一座大楼之内，由于大楼里关键的门户有着警报，只要一开门，就会引起警报，就再也进不了代码之源了，所以要在之前搞定这个门户，而大楼整个系统受到电力影响。
所以要分兵三路，一路去市中心的电力中心把电力停了，另一路则是紧急供电中心，把临时紧急供电也停掉，最后尼奥和墨菲斯则去直接奔向代码之源，而原电影也是由于外面章鱼的攻击，导致去紧急供电中心的人员死亡，所以崔尼蒂才不得不上场，最后面临危险。
正是由于崔尼蒂面临危险，尼奥才要在锡安和崔尼蒂两者之间做出选择，秦玉等人现在就想改变，这段剧情，所以在进入母体之后，莫离和周焉两人分别去两处地方，莫离跟着一队人去紧急供电所，周焉则跟着另外一队人去市中心电力所，秦玉和李茉莉两人不进入母体，专心留在外面对付将要过来的章鱼怪。
当然由于秦玉和李茉莉两人刚入队伍，奈奥比也不是很信任两人，既然她们提出不进入母体，在外部接应，也同意了。莫离和周焉在上一次战斗里表现出超强的能力，虽然还没有达到尼奥那种能够空手挡子弹的地步，躲躲子弹却是不成问题，所以有他们两人分别去另外两队，墨菲斯也很放心。
于是到了时间，两队人就先出发了，尼奥和墨菲斯两人则留着等待停电。于是莫离和周焉的两队人很顺利的就杀入了目的地，随后就准备开始停电，这时奈奥比的舰船也发现了来袭的机械章鱼。
原本由于舰船年久失修，所以报信的人员就在半路上刷到了，导致一场事故，操纵机器的几个人全部死亡，所以没有防备住机械章鱼，同时由于机械章鱼的攻击，导致在外部的人员死亡，所以出现了崔尼蒂救场。
此时秦玉和李茉莉两人早有准备，看到飞过来的机械章鱼虽然数量很多，但是两人都是毫不慌乱，由于旁边就有着几个锡安的人，所以太过耀眼的法术和召唤生物还是不能施放，于是两人就挑拣了比较不容易被发现的法术进行攻击。
秦玉施放了一个虹光喷射，虹光喷射作为七级奥术，能够形成多种负面效果，虽然这些机械章鱼都是不是生物，但是这个法术所造成的影响也不是只是针对生物的，接着受到负面影响的机械章鱼行动能力大大降低，李茉莉紧接着就是一道火焰风暴。
火焰风暴作为七级圣法术的范围性伤害法术，所拥有的威力极其巨大，虽然李茉莉此时的冰风暴由于本身能力提升，威力也大增，但是由于锡安外部的世界寒冷无比，所以机械军团对于防寒的能力很高，反而惧怕火焰伤害。
所以李茉莉就选择了一道火焰风暴的大面积攻击法术，同时由于机械章鱼爆炸本身就有带有火焰，也算是掩人耳目，舰船里的人员都注意着母体内部的情况，最多就是稍微分心看一眼外面的战况，不太容易识破，所以相对比较安全。
秦玉和李茉莉两人分工合作，由于早有准备，又都是已经能够施放八级奥术和七级圣法术的强大存在，早就不是那两名刚刚进入暗物质界，需要李亦秀和叶凌随时保护才能发挥辅助威力的人了，所以袭来的机械章鱼，根本就突破不了两人的防线。
有着秦玉和李茉莉两人的阻拦，在紧急供电中心的众人就按照原计划，在关闭电力中心的电源之后，同时关闭紧急供电中心的电影，使得整个市区五分钟之内不会有着任何的电力供应，尼奥和墨菲斯就直接冲入了大楼之中。
完全任务之后，奈奥比就要带着众人撤离，不过莫离和周焉两人由于不放心，还是留下来，以免发生意外，若是因此导致崔尼蒂再次进入母体，那他们的努力就白费了，奈奥比说服不了两人，也没有办法，带着自己队员离开了。
奈奥比等人从母体之内出来时，秦玉和李茉莉已经完全击杀了来袭的机械章鱼，并且还回来只说来了几只探路的，所以都搞定了，其他人由于关心母体之内的情况，没有多想，就轻轻放过了。
只是没过多久，接线员就惊叫起来，原来有十几个电脑人朝着周焉所在的紧急供电所方向而去，此事就和原电影出现了偏差，电脑人来的太快了，显然可以在尼奥进入代码之源前恢复供电。
不过此时莫离也已经到了周焉那里，两人一起，也并不惧怕十几个电脑人的攻击，不过惧怕调虎离山的策略，所以只有莫离拿着双枪迎了出去，周焉一个人在控制中心保护着电脑操作系统。
莫离手持双枪到了外面，直接就是火力压制，十几个电脑人根本无法越过莫离的双枪连射范围，偶尔有几个不信邪的要冲出来，下场就是给莫离打成了蜂窝，而在控制中心镇守的周焉虽然没有任何事情做，但是仍旧毫不放松，防止有任何一个电脑人从别的地方突入。
两人一直坚守到尼奥成功进入代码之源后，直接向外冲出，这回两人不是想要彻底击败电脑人，所以虽然对方人数很多，但是仍旧能够应付的了，其实若是两人拼命，十几个电脑人，还未必就输，只是不能保持一点没有伤罢了。
等到两人成功脱离，奈奥比等人则是惊奇不已，对于他们两人就能对付十几个电脑人的事，觉得非常不可思议，不过此时众人也没有多余的心思惊讶，稍微感叹了一下，确认全员都撤离了母体之后，就等着尼奥进入代码之源后的情况了。
此时尼奥由于没有了崔尼蒂的顾虑，与原剧情自然大相庭径，并且源代码程序员也说了又再次出现了强大的不明变量，所以导致尼奥只有一个选择，虽然锡安多半还是保不住，但是结果也有可能改变，随后尼奥你出来了。
尼奥出来之后，在舰船上就把这事情和众人说了，由于在代码之源里得知的部分真相，墨菲斯受到巨大打击，于是莫离问道：“尼奥，你是准备在毁灭的锡安里卖弄带走七男六女准备重建基地么？”
尼奥对于这个问题也是痛苦不堪，只是摇了摇头，崔尼蒂则在一旁柔声安慰他，莫离对此皱了皱眉头，私下就和林克说道：“我们先去找寻奈奥比吧，不管怎么样，几艘舰船汇合之后，战斗力也强大不少，毕竟这里还是机械帝国的控制中心，机械章鱼太多了，而且多几个人商量也是好事。”
林克听了莫离的话，不由点点头，直接就把尼布加尼撒号开启，顺着航道驶向了奈奥比那边，而奈奥比那边，由于成功退出，也在和尼布加尼撒号联系，并且确认位置之后，双方汇合，在双方汇合之后，尼奥把代码之源的事再说了一遍。
听到真相之后，所有人都沉默了下来，只有秦玉等几人因为早就知道，反应还算正常，接下来众人商量了一阵，决定还是返回锡安，不管如何，都要与锡安共存亡，而尼奥则在考虑了很久之后，要驾驶奈奥比的舰船一个人向着机械城而去。
对于尼奥的选择，众人已经分析过很多次了，同时把他们破坏剧情，会引起的结果，也分析出了几种可能，像尼奥这般想要再次去机械城，单挑机械大帝的做法，也在他们的意料之内。
所以尼奥提出要求，奈奥比最终同意了之后，莫离和周焉也一起上了尼奥的舰船，同样的，崔尼蒂也跟着一起上了舰船，四人就驾驶着奈奥比的舰船，一起驶向了机械城，准备挑战机械大帝去了。
随着尼奥等人的离开，墨菲斯在这段时间终于振作了精神，不过这也很正常，若是他这么容易就给打垮，也不可能在六年里持续不断的寻找救世主，一直寻找到尼奥了，墨菲斯振作了精神之后，众人就准备起航。
就在这时，林克说道：“有个不太好的消息，有一大帮的机械章鱼围了过来。这就算了，更加糟糕的是，回到锡安的通路，已经全部给机械章鱼围住了，根本没有办法冲过去，别说只有我们一艘战舰，就算所有舰船都在这里，也冲不过去。”
墨菲斯和奈奥比两名舰长听到林克的话，就往显示器看去，双双便皱起了眉头，这种问题非常棘手，其实如果秦玉和李茉莉肯暴露自己的法术能力的话，未必就不能冲破机械章鱼的防护圈。
但是当他们改变了黑客帝国电影的剧情之后，不但没有接到任何的主神提示，剧情上也没有太大的改变，使得他们不知道，这倒底是原本应该如此，只是电影剧情错了，还是什么其他状况，根本不敢再随便暴露自己的法术能力，也就没有提这件事情。
反正按照剧情，墨菲斯和奈奥比等人，自然有办法突破机械章鱼的防护圈，在锡安战役的关键时刻冲了过去，暂时抵挡住了机械军团的一波攻击，为尼奥击败机械皇帝做了极大时间的缓冲，不然最后就算尼奥得胜，整个锡安也毁灭了，所以秦玉和李茉莉准备静观其变。