设立军法处是万历帝沈觉非久已有之的想法。对一个政权的威胁除了外部敌对势力就是内部的军人了。基于这一点，万历帝并不反对宋以来采取的用文官驾驭武臣的作法，毕竟这可以在相当程度上保障帝国内部的安宁，也保障人民的安居乐业。当然，那也有代价，就是降低了帝**队的战斗力，使帝国的对外战争多数处于不利地位。
但是，现在沈觉非不想在支付这比代价了。大明帝国的复兴必须建立在一系列的武功上面，为此，就必须对从前的政策予以修正，具体的说，就是赋予武将更大的权力。
权力是个危险的东西，必须要加以约束。
要在新旧两方面建立平衡，既要提高战斗力，又要保持对武将的控制力，万历帝沈觉非想了许多办法。比如，继续实行军政分开制度，军队的财政和人事控制在中央；比如，保持兵部和五军都督府的建制，分散军权；比如，在废除太监监军的同时，又明确了御史监军的知情权；比如，进一步区分总督﹑巡抚﹑总兵的权力和职责，明确其统属；比如，将要开办的军校和羽林卫的军官训练计划；还比如：现在筹备的军法处。
给将领权力的同时，也必须加以限制。这不仅仅是为了保障自己的权位，也是为帝国的基业着想。沈觉非任用戚继光和俞大遒，让他们训练新军，给了他们绝大的权力，是需要极大勇气的冒险。不错，戚继光和俞大遒都是民族的英雄，但沈觉非也深悉权力的腐蚀能力，谁能保障他们始终忠贞如一呢？如有不测，后果难料啊。因此，近一两年，万历帝沈觉非已经开始慢慢的收拢权力，将兵权划到兵部和五军都督府。
特别是上一次辽东“长定堡之捷”时间后，沈觉非更是感到了建立军法处的紧迫性。没有法律控制的权力注定是危险的，军队虽然有他的特殊性，但也不能例外。帝国的疆隅极为广阔，而且以后还要极大的扩张，皇帝一个人显然治理不过来，有限的文官政府也难以胜任，唯一可行的就是依靠法律。用法律来规范军队和将领，用法律来制约全国各地的各种力量，比如潜在的分裂势力。
万历帝沈觉非对古代军法并不熟悉，只在影视媒体上听说过什么五十四斩八十七斩之类的混话。只好再次运用老办法。提出问题，请朝廷大臣和军中诸将解决。
沈觉非设想的军法应该包括以下几个方面：
第一，军丁的入伍条件，将官的入伍条件。军人应该使强悍的，因此其年龄和体能必须达到一定标准；将官也必须具有一定的指挥和统帅能力。
第二，军丁训练标准和条例。所谓训然后战也。新兵由五军都督府训练成熟后，再分派到各军镇去。
第三，军纪，及其违纪处罚。三大纪律八项注意虽然不能照搬，但大明军伍也应该有自己的风貌！
第四，军人功勋的计算方法。明代以斩首获得的首级计算，但问题是在激烈的战斗中，哪里有时间让你去割首级。而且以后将广泛的使用火器，首级记功也不实际。
第五，战时军纪，及其违纪处罚。
第六，将领的职责，及其违纪处罚。
第七，退役规定，抚恤条例，以及其它。
第八，其它军队相关人员的职责。
沈觉非也不知道全不全面，开出这个大纲，先分发给戚继光俞大遒﹑九边镇帅﹑五军都督府等将官，让他们各自拟订出一个草稿来。上述人等多是带兵的将领，熟悉实际情况，他们的意见沈觉非自然第一重视。
在得到上述人等的初稿后，万历帝沈觉非让兵部尚书方逢时和刑部御史台首长统筹处理，综合诸人意见，制定了《大明军律》蓝本。
第三步就是交给科道言官讨论，在沈觉非看来，这一过程多半是走走形式，因为科道言官们懂军事的实在少，又好大言，少实干之才。让他们讨论，乃是为了异日执行时，免得他们议论纷纷。
最后交到万历手中的《大明军律》基本上能达到沈觉非的要求，考虑到明代的实际情况，沈觉非也不再要求了。只修改了一条：将普通士兵从军的年限从原来的15—50岁，改成了18—40岁；还有就是将两年的新兵训练期延长到了三年，紧急时期除外。增加了一条，就是破坏军婚罪。
上述过程都是在**月完成了。就在颁布大明新的封爵制度的同一天，也颁布了新的《大明军律》，同时下诏设立军法处。在埋头努力许久之后，沈觉非终于完成了这两项用来控制军队的制度建设，大大的高兴了一回。
与颁布新的爵位制度相比，《大明军律》和军法处受到的关注就少了许多。但是沈觉非花在其中的心思只有他自己明白，也只有他明白它将来的巨大作用。
军法处直属于兵部。兵部原有尚书一人，左、右侍郎各一人，武选、职方、车驾、武库四清吏司。现在设立军法处，如果将军法处与武选职方同级，则地位太低，不能彰显军法的威严。于是万历帝下诏于兵部特设一军法侍郎，专司军法，领导军法处。军中上下人等触犯《大明军律》者都由军法处处理，和平时期允许刑部督察院大理寺旁听，战时可以便宜处理！
在沈觉非看来，现在大明政府的职能部门已经有必要修改了，比如这兵部的车驾司，掌卤簿、仪仗、禁卫、驿传、厩牧之事，放在兵部就有些不论不类。有比如皇室和政府不分，重复设置部门官员，京师和南京两套班子等等问题，沈觉非看在眼中，心中也有心改变。但格于形势，不得不暂缓行事。这几年和张居正推动改革，已经得罪不少人，如若再在官职上大动手脚，必然引起官吏的反弹。比如，张居正对驿站的改革，限制了官员的特权，就让很多人非常不满，没少上折子反对，要求恢复原来的制度。当然都让万历帝沈觉非给压了下去。
因此，沈觉非还是决定采取缓慢的改良，一步一步的前进。他时时以王安石来警示自己，欲速则不达。即便是做出一些妥协，做一时的退让，但重要的是，最后看功业成与不成尔！