当北京城的第一缕阳光来临时，万历坐着张府的四马大车回宫了。内务大臣从天子疲倦却欣喜的表情猜想到这一次的目的达到了，在扶天子上车的一瞬间，陈于陛低低说道：“恭喜陛下了。”

万历躺在大车中，与张居正一夜的谈判实在把他累坏了，好在最终达成了目的。

张居正当政快九年了，九年来，大权独揽，强力推行改革。九年之后，目标基本达到，清量田亩顺利完成，考成法坚持推行，税法改革和驿站改革也大体成功了，国家财政好转，军队整顿和黄河水利也初步取得成效。可以说，张居正以一个臣子的身份能做的都已经做的，能达到的高度都已经达到了，当初中兴大明的愿望也已经实现了。改革再推行下去，要动的就是张居正自己了——这几年最大的既得利益集团。

一个臣子当权太久，必然出现许多问题，特别是在皇帝渐渐成熟的时候。对权力的争夺必然会引发政治的动荡，给国家带来灾难。现在朝廷中已经出现拥护张居正的张党，拥护申时行的申党，清流和万历的亲信派，党争隐隐出现。本来万历打算等张居正逝世后，才接收权力，但现在的形势让他毅然决定早一步行动，免得临时慌乱。用

全面改组帝国政府的方式，打破各个“党”的势力。现在做，而不是等到张居正病逝再做，区别是很大的。

一个人无论多么刚强多么雄忍，面对新生的儿孙时总会温柔一些，所以万历才挑选了这个时候拜访张居正，接着卖一个人情给张居正，最后才商谈正事。饶是如此，一夜交锋下来，万历还是感觉到心力憔悴，张居正果然不是好对付的。不过成果也很大，达成了万历的目的，这让万历感觉累也是值得的。

一缕悠扬的笛声传来，在这个清晨，穿过微寒的晨雾传入万历的耳中。“停车。”

“陛下。”

“不要说话。”

这一点轻微的笛声渐渐的清晰起来，虽不懂得音律，但万历还是感到心旷神怡，他如然体会到了古语“绕梁三日”的含义。

“是谁在吹笛呢，这大清早的？”

唐郎道：“小臣去看看。”

一会儿唐郎回来了，笑道：“巧了，是昨日遇见的逍遥侯秦枭，在丽春院通宵宴饮，现在还没歇息。这笛就是他吹的。”前几年万历取消了宵禁，这京师的***业格外的繁荣了。

万历一笑，果然逍遥，道：“走吧。”

回到西内，黑甜一觉，醒来的时候，陈于陛已经写好了处理南京案子的圣旨：徐阶殷正茂二人免除处罚，其余人皆按律法处理，不得宽待。罢免官吏三百余员，下狱二百九十人，剥夺爵位十三人。周王一系迁往辽东，已出嫁女和老病者除外；到辽东每人给田地二百亩；限期一年完成。并且让户部重新制定救济粮仓的管理章程。

万历看了看，没有什么问题，让尚宝郎取来印玺盖上，由内阁刑部发往南京。

六月初十日，是万历登基的纪念日。这一日万历在皇极殿举行朝会，接受宗室﹑勋臣﹑百官﹑番邦的祝贺，然后就在一片喜庆之中，由内阁首辅张居正颁布了诏书：改革大明官制！

在百官反应过来之前，万历又接连下了十余道圣旨，公布改革的内容，驳斥和罢免了一些以更改祖制为名的反对者。在张居正的配合下，雷雳风行，在一个月之内公布了全部的方案，强力压制反对的声音。当然要完成全部的改革没有两三年是不可能的，万历想在短时间内完成主体，是不想拖得太久，免得夜长生梦。

总的来说，这一次的改革有一些鲜明的特点：第一是明确内阁的权力，第二是将政府和皇室分开，第三是削弱地方权力，第四，继续分离行政权和监察权，第五是明确军权，第六集中和分散六部权力。

改制之后，内阁成为大明帝国的最高行政机构，新的相府。辅佐天子，调和阴阳；平章政事，票拟批答。内阁首辅一人，正一品；次辅二人副一品；阁员六名，并正二品。内阁阁员头衔依次为中极殿大学士，建极殿大学士，文华殿大学士，武英殿大学士，文渊阁大学士，东阁大学士。内阁阁员的选拔由朝廷三品以上大臣廷推，首辅人选由天子决定，同时万历还规定，户部兵部礼部三部尚书一例进入内阁充当阁臣。内阁成员的任期为六年，若有重大失误和过失则去职，任期将满，由吏部和督察院考察其政绩，中下等去职，优等可续任。朝廷三品以上大臣可以弹劾首辅以及阁臣，天子也可随时更换阁臣。

这实际上是实行群相制，大大的违背了太祖不设丞相的训令，招来了清流言官的猛烈谏阻，其中炮火最猛烈的就是新近在南京大出风头的海瑞。万历在西内单独接见海瑞后，海瑞的态度才有所软化，不再那么激烈。

内阁相位确立后，六部的位置相对降低了。不过，万历将太常寺﹑四夷馆﹑光禄寺﹑太仆寺﹑鸿胪寺等职能重叠的部门简省后，六部成为大明唯一的中央行政执行部门。

吏部，六部之首，可与内阁抗衡。尚书一人，正二品；左侍郎一人，从二品，为常务侍郎，辅助尚书料理部务。右侍郎四人，正三品，分区考核府县以下官员。其余设置职责与从前一样。

户部，是万历改革最大的一个部了。尚书一人，常务左侍郎一人。新设审计侍郎一人，掌审计，预算，结算。财务侍郎一人，掌财政收支；税务侍郎一人，掌税务；农林侍郎一人，掌农田水利；贸易侍郎一人，掌与东西洋诸国商贸之事。其原有的十三清吏司，民﹑金﹑仓﹑漕四科等机构继续沿用。

兵部，对兵部的处理让万历感到为难，关键就是如何处理军权，是集中还是分散？最后决定沿用兵部设置，尚书一人，常务左侍郎一人。军法侍郎一人，正二品，掌军法；参谋侍郎一人，掌收集内外情报，分析战略形势，制定作战计划，为君王大将提供军事建议。水师侍郎一人，管理水师，现在由俞大遒兼任。教导侍郎一人，负责文化宣传。后勤侍郎一人，掌供给军械物质。装备侍郎一人，规划全军武器装备，试验新式武器，交工部制造。驿传侍郎一人，管理驿站，传送军情。其武选、职方、车驾、武库四清吏司沿用。

刑部和礼部变动不大。礼部，新设学部侍郎，掌教育；理潘侍郎，掌与外国交往，接待朝贡使节，辖四夷馆和行人司。

工部赠加火器侍郎，车马侍郎，河务侍郎。潘季驯由于治理黄河有功，为河务侍郎。

六部成为政府行政中枢，但一来上有内阁统辖，二来新设立常务侍郎和诸多专门右侍郎，六部尚书的权力已经有所下降。

除六部外，中央机关行政机关还保留有翰林院，詹事府，国子监。翰林院为国家贮才之所，里面设有史学﹑经学﹑历学﹑算学﹑刑名﹑同文等馆，新中的进士需要在里面学习一定年限后，才能正式补官。这一次万历特别强调了同文馆的地位，要求翻译东瀛﹑朝鲜﹑蒙古﹑回回﹑安南﹑缅甸﹑暹逻﹑佛郎机等国的书籍，并作为翰林院毕业考试的内容之一。詹事府为太子府属官，保留不变，并且将各王府的官员也纳入詹事府，方便管理。国子监，为中央学府，不变。

在监察方面：万历恢复了谏院，设立谏议大夫，正三品；散骑常侍，拾遗，补阙，正言等官。是专门针对皇帝的，纠正天子的过失，监督天子的言行举动。同时，六部各科给事中，都给事中都归入谏院，由建议大夫领班。

督察院方面，设置如旧。但是赋予了督察院审核各部门财务和行政手续的权力。分道御史巡检地方，弹劾不法。监察御史，监察百官。殿中侍御史，纠察百官失仪。

大理寺作为独立司法部门存在，有权对大明律法做出解释，并形成案例成为以后判案的根据。

通政寺，负责接受全国上面人等的奏折和上书，也有接受平民申冤状纸的权力，有权要求各部门在一定期限内就状子中事件做出说明。

这四大部门的首脑任命由廷推后，天子决定。其行政不受内阁控制，直接对天子负责。他们与内廷的锦衣卫﹑廉政司，与地方的巡抚﹑提刑按察使，共同组成大明的监察系统，维护大明的纲纪。

内阁的首辅，监察系统的都御史，五军都督辅的都督，并称为三公。六部尚书，大理寺卿，谏议大夫，通政大夫，并称为九卿。各部侍郎以上，九卿，翰林院詹事府国子监三首长有廷推的权力，也有上本弹劾内阁首辅的权力。

与外廷相应的是，皇家事务官员的设立：宗人府，掌宗室皇亲；内务府，管理太监宫女，并宫中之事；太常卿，管理皇家祭祀；光禄寺，掌接待宾客，宴会酒食；太仆，掌皇帝出行之车马仪仗；卫尉，掌宫廷卫士，守卫紫禁城；太史令，掌天相﹑史学﹑实录﹑僧道等事；上林苑监，管理皇家园林；少府，管理皇室财政。

这九个部门被称为内九卿，或小九卿，皆由皇帝任命。有权参与朝廷大事的商讨，有权廷推大臣。但是没有权力弹劾阁臣﹑六部尚书﹑督察院长官。

中国历来是政府与皇家不分，万历早有心革之，今日方才如愿。

太师、太傅、太保依旧为三公，正一品。少师、少傅、少保为三孤，从一品。太子太师、太子太傅、太子太保，并从一品。太子少师、太子少傅、太子少保，并正二品。自此以后，这些官职变成虚衔，为勋戚文武大臣加官、赠官。例如在改革大体完成时，万历就加张居正为太傅，申时行为少师，张学颜等为太子太师。

在军政方面，明朝本来由五军都督府掌握军事力量，但是后来职权渐为兵部所夺取，成为只有统兵权的部门。这一次万历改革，兵部仍然是全国的最高军事决策机关，而五军都督府变成了大的军区，统辖各地的卫所。依然保持着五军都督府有通兵权，兵部有调兵权的格局，相互牵制。

这时候，万历对全国的兵马做了区分。第一等是京师的羽林卫和禁卫军，以及南京的驻守部队，人数大约20万，是万历现在可以依靠的力量。分别在京师和南京设立南北大营，设立一位都督统之，北军都督为戚继光，南军都督由魏国公兼任。

第二等是九边的边军。九边九镇的军队本来是从各卫所抽调用，轮番戍守。后来卫所制度被破坏，卫所之军不可用，万历改用招募。现在九边的边军都是招募来的，战斗力在卫所军之上。现在军马大约35万。

水师兵员也是招募。江南水师和皇家水师共用五万人。

这两等军队都直接隶属于皇帝，其长官由天子任命，不受五军都督府的节制，但仍在兵部监察之下。

第三等是卫所军士，卫所军士由五军都督府统领。鉴于卫所的**，从万历二年起，朝廷就在不停的淘汰卫所军士，现在留下来的卫所一般是担任农垦兵，把守内地重要隘口，以及为边军补充兵员。总的说来，卫所军是作为预备役使用的。人数大约一百万。

第四等是地方卫队，各省各府县都有一小部分武装力量，用于维护地方安全，抓捕盗贼。万历这一次将这些宪兵变成了类似警察和捕快的宪兵，并且增加了一个职责，就是在农闲时训练民兵。这一类宪兵全国共有30余万。

通算下来，帝国的武装力量有200万人之多，但是能打仗的只有第一第二等的60万人。

在军事力量的指挥上面，万历废除了文官统军的习惯，但保留了文臣监军的权力，当然监军的权力已经大大缩小。军队平时由五军都督府和各省都司﹑各镇总兵统领﹑训练。一般战事，总兵都司可请得兵部同意后，进行军事行动。遇到紧急战势，各镇总兵和各省都司有权调动兵马进行战斗。遇到大的战事，朝廷选拔老成宿将或者通兵事的边臣为总督，加以战区的名号，统领各镇各都司参战。总督不常设立，现在大明有蓟辽，山西，陕西，西南四大总督，都是有战事。战事结束，局势稳定，即便撤销总督，民事归巡抚，军政归都司。

总督不干涉地方民政。但在新开的疆土或者新平定的地区，总督可以兼管民政，待局势平定之后，方实行军民分治。在次一级的地区，可以设立诏讨使，宣抚使等官员兼管军民事，职责权限一如总督。

对地方官制的改变主要是明确权责，削弱地方权力。万历保留了南京的那一套行政班子。重新化分了省区，新设立辽宁﹑甘肃﹑安徽三个布政使司，分湖广布政使司为湖南湖北两个布政使司。另外设立一个建州诏讨使司，军民兼管，其长官为正四品。

将省这一级的行政区划正式确立下来，在地方形成县—州府—省的三级行政梯度。省设立巡抚，从二品；布政使，从三品；按察使，从三品；都司，正三品；学台，正四品。五巨头共同管理一省政务。巡抚总理民事，并且有监察权；布政使相当于中央的户部，掌财务民生土地之事；按察使理刑，并平反冤狱；都司，掌一省军政；学台，都学，也有监察权。五巨头之下，设立吏礼兵户工刑六科，协助处理政事。

府一级，知府，正四品，同知，推官，校尉，教授。县，县令，正六品，县丞，主簿，县尉，教谕。与省一级的五巨头一一对应。

大抵地方行政系统与原来想比变更不大。但是职责和统属却有了相当的改变，变成了横向合作，纵向统属的模式，相互监督，地方的权力进一步被分散。比如县一级中，县令有审理案件的权力，但是结案时必须有县丞和教谕的副署，方才能定案；县令﹑县尉﹑教谕的财政收支又收到主簿的监察；而县令对其它四人又有一定的考核权。

同时地方监察力度也在加强，除了各个系统本身的监督外，还有巡抚﹑按察使﹑学台三重监督，以及今后将要设立的省廉政局。此外，致仕的乡绅﹑有功名的士子和有爵位的人都有权上书中央，监督地方行政。重重监察之下，帝国的贪墨之风应该有所好转。

而且，在这个时期，万历命令吏部对全国各省府县的官员进行了大规模的调动，往往是两个省互调，两个府互调，打乱原有的官场关系网，以便于反贪工作的展开。

在变革官制的同时，《考成法》继续实行，并且考成的范围扩大到了整个官僚体系，上至首辅下至县令，无人例外。在这一时期，还对官员的退休﹑休假﹑守制丁忧等事做了规定。

这一次规模巨大的官制改革从万历九年六月开始，到当年底才大体完成，稳定下来。而最后完成已经是万历十二年。那时候，帝国的首辅张居正已经病逝一年多了。