追溯伏羲传说的源头，有两条路径，除了上述从古代传世文献中找寻其踪影外，还有一条路径，即神话学、民俗学的方法。
近人对于伏羲最权威的考论是前辈学者闻一多所著《伏羲考》[1]，闻一多此文前半部分从传世文献中搜集了大量龙蛇记载，加上当时已发现的汉代画像砖石，证明伏羲为龙图腾；后半部采集了近50则西南少数民族关于伏羲女娲在洪水过后兄妹婚配再造人类的故事和民俗资料，并加以语音训诂，证明伏羲是南方苗蛮各族的祖先神。此文在以后半个多世纪中被广泛征引，已为不易之论。但近来亦有疑议者，林声认为伏羲的传说不是由古苗蛮民族的遗裔传入的，南方少数民族中洪水后兄妹相婚的传说起于东汉应劭《风俗通义》所记载的盘古；伏羲与女娲也本不相干，两者合谱归宗成为“一家人”是在唐开元之后[2]。常金仓认为闻一多是从抗战时“中华各族团结一致，共御外敌”的政治目的出发立论，以政治代学术，以西方图腾说和人类学理论附会民间传说，伏羲女娲创世立据不足[3]。二人均对伏羲是南方民族的创世神和祖先神的身份提出疑问。
《论衡·谈天》：“说易者曰：‘元气未分，浑沌为一。”《说文》中释“一”时说：“惟初太极，道立于一。造分天地，化成万物。”《列子·天瑞》：“夫有形者生于无形，则天地安从生？故曰：有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未见气也；太初者，气之始也；太始者，形之始也；太素者，质之始也。气形质具而未相离，故曰浑沦。浑沦者，言万物相浑沦而未相离也。视之不见，听之不闻，循之不得，故曰易也。”以未见气时为太易，气初为太初，形之始为太始，质之始为太素，气形质浑然一体而未分离的状态称之为混沌。这个混沌之物即元气，元气未分的状态即太极。
《太一生水》之所谓的“太一”，《老子》之所谓的“道”，《周易》所谓的“太极”，均为宇宙初始时混沌无形的元气。《淮南子·天文》：“宇宙生元气。”《淮南子·诠言》：“洞同天地，浑沌为朴。未造而成万物，谓之太一。”汉高诱注：“太一，元神总万物者。”这个总万物的“元神”，应该就是伏羲。
考索于文字训诂可知，伏羲即为“元气”，其字本义是“司气”。《说文解字》释“伏”为：“伏，司也，从人从犬。臣铉等曰：司今作伺。”段注：“司者，臣事于外者也。司今之伺字。凡有所司者必专守之，伏伺即服事也，引申之为俯伏。”“羲”，《说文解字》释为：“羲，气也。从兮，义声”。“羲”的义项可从“兮”字求索，《说文解字》释：“兮，语所稽也。从八，象气越亏也。”又释“亏”为：“亏，於也，象气之舒亏，从丂从一。一者其气平之也。”“兮”字的本义是气息缓慢延长、越来越弱（故常作为语气词，用于语末表达语气）。因而“羲”的字义本源就是“气”，“羲”字读音也像吹气之声，所以段玉裁从音训上注“羲”为“谓气之吹嘘也。”至于伏羲又写为“伏戏”、“伏犠”等，皆为“羲”字的演化。
“太一”“太极”形为“混沌”，宇宙起源于混沌。同样，伏羲也源于“混沌”，其原型也是太始之初的混沌之气。
在上文所述《楚帛书甲篇》所记载的创世神话中，伏羲即是生于混沌之中。而且《淮南子·精神》所描述的宇宙创生过程与《楚帛书甲篇》颇为相似：“古未有天地之时，惟像无形，窈窈冥冥，芒?#91;漠闵，鸿蒙鸿洞，莫知其门。有二神混生，经天营地，孔乎莫知其所终极，滔乎莫知其所止息。于是乃别为阴阳，离为八极，刚柔相成，万物乃形。”世界开始于一团混沌之气，后阴阳剖分，化生万物。对照《楚帛书甲篇》，这里的“二神”当指伏羲、女娲。伏羲、女娲为阴阳二神。从哲学角度上说，是阴阳两仪；从神话角度上说，是伏羲、女娲二神。在汉墓壁画、画像砖石中，伏羲手捧太阳或日规，代表阳；女娲手捧月亮或月矩，代表阴。伏羲、女娲结婚生育四子，才育有万物，这是阴阳化育万物的开始。
在原始神话和民间传说中，创世之前的这个混沌体被形象地表述为葫芦。从混沌到世界的创生过程，被形象化地叙述为葫芦从中央剖开。亦即所谓天地剖判，阴阳分离。《诗经·緜》便有“緜緜瓜瓞，民之初生”的记载，这是古文献所见把人之由来，追溯到葫芦瓜的最早一例。而后在民间神话中，葫芦剖判的母题衍生出大量洪水方舟型的故事，葫芦作为容器成为人类再生的象征，并进而将葫芦人格化为是盘古、伏羲。
盘古神话最早的文字记载是三国吴人徐整的《三五历记》，此书已佚，《太平御览》卷二引有其中一则文字：“天地浑沌如鸡子，盘古生其中。万八千岁，天地开辟，阳清为天，阴浊为地。盘古在其中，一日九变，神于天，圣于地。天日高一丈，地日厚一丈，盘古日长一丈。如此万八千岁，天数极高，地数极深，盘古极长。后乃有三皇。”传说盘古开天辟地，是一位创世大神。而对于盘古与伏羲的关系，前辈学者多有定论：盘古就是伏羲，二者皆由葫芦（混沌）而出。1941年常任侠在《沙坪坝出土之石棺画像研究》一文中说：“伏羲一名，古无定书，或作伏戏、庖牺、宓羲、虑牺，同声俱可相假。伏羲与盘瓠为双声。伏羲、庖牺、盘古、瓠，声训可通，殆属一词。”他并结合《述异记》有“吴楚间说，盘古氏夫妻，阴阳之始也”之说而论断：盘古氏夫妻当即是兄妹自相婚配而繁衍人类之伏羲氏夫妻。伏羲女娲在汉画像石中是人首蛇身交尾，与盘古龙首蛇身雷同，进一步证明盘古即伏羲氏。[6]闻―多在《伏羲考》第五部分“伏羲与葫芦”中，以大量古籍和民俗材料论证指出，盘瓠、伏羲乃一声之转，“明系出于同源”，伏羲与盘古都是葫芦所生，或者说伏羲、盘古均为葫芦的拟人化。伏羲由此而成为人类的始祖。
从音训上说，“混沌”与“葫芦”是对音关系，“混沌”犹言“糊涂”，“糊涂”在俗言俚语中转为“葫芦”。《红楼梦》第四回回目《葫芦僧判断葫芦案》，其意即为“糊涂僧”判断“糊涂案”。而闻一多考论“葫芦”即是“盘古“伏羲”同声之转，故“盘古”又是“伏羲”。这样，“混沌——葫芦——盘古——伏羲”转化演变的路径则十分清楚。
由上可知，伏羲的原型本是宇宙本原和起始的意象和观念。随着文明的演进，人们对历史思考和探究越来越深入，这种思考和探究具体说就是对文明事实的一种根源性的说明。对世界起源的探究开始只是一种构想，它首先以神话的形式存在。神话思维是人类思维发展的一个必经的初期阶段，它随着人类思维的发展而消失在哲学和历史之中。先是追询宇宙是如何起源的，接着想象一个创世之神，再把这个创世之神想象为自己的祖先。伏羲形象的产生即是这样一个将神话传说哲学化、观念化，又将这一传说和观念历史化的过程。
在讨论了伏羲在传世文献的记载、神话传说中的遗存及其在上古帝王世系中地位确立过程后，我们看到，伏羲传说经历了一个从神话到历史的演化过程。伏羲是人们意识中的产物，是先民对宇宙起源的追索和构想的产物，最初的形态存在于原始的创世神话之中，而历史上未必确有其人。随着人们思维形式的发展和历史意识的丰富，原始神话经历了一个观念化、哲学化和历史化的过程。关于伏羲的传说和想象也进入了原始哲学和历史之中，于是人们将创世神话中的伏羲抽象为宇宙的本原和起始的概念，将作为创世神祗的伏羲想象为人类的祖先和帝王，伏羲因此而进入历史领域，成为了历史上的最早的帝王。至于伏羲最后成为“三皇之首”“百王之先”，确立在古史帝王世系中至高无上的地位，是由于刘歆一方面根据人们历史意识的发展，另一方面根据其政治需要，以其新五德终始说将伏羲附援于太昊，重新排定古史帝王世系的结果。认清了伏羲这个从无到有，从神到人，从神话、观念到历史的演化过程的实质和真相之后，我们就会看到，关于伏羲氏的名号、时代、地望、族系等争讼不已问题，其实都不一定是问题。
对于上古传说时代伏羲、炎帝、黄帝、尧、舜、太昊、少昊、蚩尤等帝王，古史记载存在着许多混乱。上世纪二十年代“古史辨”学派提出许多疑问和考辨，随着现代考古发现，我们对于上古史的一些问题有了新的认识，近年来，古代文明的探源和对古帝世系的研究又成为热点，但由于研究理论和方法的缺陷，许多问题仍聚讼不止。例如伏羲的地望（或文化），则有西部仰韶文化说、西部马家窑文化说、东部大汶口文化说、中原说、中原裴李岗文化说、长江流域说。炎帝（神农氏）的地望有黄河上游说、中原说、黄河下游说，有长城以北红山文化说，有长江中游湖南、湖北说；黄帝的地望有陕北说、渭水流域说、中原说、华北说、长城以北红山文化说，也有黄河下游说。甚至有人认为“黄帝和伏羲实际上是同一个人”，“黄帝作为历史上实有的人物，就是起于东夷的舜”，“神农炎帝就是《尚书》中所记中国最早的君主——尧”[7]。“炎帝就是蚩尤”[8]。因而有人针对上古帝王传说研究中的混乱情况说：“关于传说时代的研究、关于‘三皇五帝’的研究，也许人人都有自己的道理和论证，然而所有的研究成果加在一起只是一个0或者是一个负数”[9]。造成这种混乱状况的原因是多方面的，一个根本的原因是，许多研究论证只是推测或是将古代文献记载与考古发现简单比附，缺乏科学、历史的方法。
从我们对伏羲的讨论可知，传说中的上古帝王及其世系，有些在历史文献中地位确立的过程较晚，是人们观念中的产物，或者是为了某种政治需要附会的结果。我曾在《论中华民族共同先祖的确认》一文中谈到，周代以前的文献中没有提到黄帝。《尚书》从尧写起，整个一部《尚书》没有出现“黄帝”字样，甲骨文中也未见“黄帝”。黄帝的名号源于“五方”观念。从甲骨文看，殷人已有了五方的观念，卜辞中就有东南西北四土受年的记载。“四土”加上“中商”就是“五方”。五方观念大约在西周初年开始演化为“五方色”的观念，以“五色”显示“五方”。《逸周书·作洛》载：“周公……乃建大社于国中，其壝东青土，南赤土，西白土，北骊土，中央衅以黄土。”周人起于黄土高原的陕地，以黄色为贵。沿袭殷人五方观念，周人也将天下划分为五方，并以五方色称五方之帝。王权所在地洛阳为中土，中土为黄，则国称“中国”，帝称“黄帝”。《淮南子·天文》说：“中央土也，其帝黄帝”。黄帝在周代的出现，与当时的政治理念有关，是周族加强对四方各族统治的需要，也就是说，黄帝只不过是一种政治理念的形态化[10]。人们对于历史的认识的本身也是历史性的。历史事实是一回事，对历史的记忆是一回事，对于历史的表述又是一回事。史前时期，文明初开，历史记载全凭口耳相传，由于历史意识本身的历史性，先民们探究和传诵历史时，难免会因为历史意识的局限和出于人为的目的而附会历史，因而可能有虚构和想象的成份。对此，顾颉刚先生提出中国古史是“层累地造成的”的观点，也就是说，古人对上古帝王及其世系的创造过程，是做加法，逐渐敷衍产生的。那么我们在对古史帝系做研究时，则应采用做减法的方法，既不可把神话当成历史，也不可仅凭史籍的记载而断然结论，对历史文献，也应历史地去看，参照考辨，去伪存真，溯其流，探其源，廓清历史真相。