感谢大家一致以来的支持，为了那些看了这么久本小说的读者，特别开写此特别总集篇，对于本小说的大致剧情进行统合与预告――
新2015年，第三使徒水天使侵袭第三新东京市，由于使徒拥有着自我进化的能力，实力形态改变，本来拥有同使徒同等实力的EVA系列变得不堪一击；碇真嗣驾驶的初号机被轻而易举的击败，使徒甚至突破所有防御，进入了最终教条区，来到了钉于十字架上的莉莉斯身前。
在人类即将毁灭的最后瞬间，在绫波丽的引导下，碇真嗣回忆起了同最高等级天使炽天使的约定；体内的炽天使的力量觉醒，‘一阶封印’解除，真嗣变成炽发炽眼的‘炽天使一阶形态’，初号机‘狂暴走’，背后伸展出六翼，以绝对压倒性优势击败了第三使徒水天使。
真嗣驾驶初号机击败第三使徒的战斗画面，被‘呼唤黑暗的不幸’的潘多拉给看到了，潘多拉可以确定，在真嗣的体内拥有着完全的炽天使的力量，在某种程度上可以称真嗣就是炽天使；由此，一个企图毁灭世界的计划在潘多拉的心中产生。
在潘多拉的手中有个她从梦中带出的魔盒，魔盒内封印着最高等级也为最初恶魔的堕天使路西法；然而能打开魔盒的人只能是上阶天使的炽天使、智天使或座天使；能打开魔盒的人已找到，那就是真嗣；然而魔盒外还有一层固有结界，被称为‘风月无双’的结界；该结界是‘神の奇迹’，只能用‘创世纪’破坏。
创世纪，是一件兵器，是炽天使的专属兵器；不过，炽天使死后，该兵器就失踪了；魔盒内的路西法告诉潘多拉，圣杯战争时，圣杯召唤的七位从者中，其中一位的终极宝具就是‘创世纪’。
为了得到‘创世纪’，就必须开启‘圣杯战争’；第五次圣杯战争时，被亚瑟王阿尔托莉雅破坏的是伪圣杯，真圣杯将会在伪圣杯被破坏后的一年后自动的开启‘第六次圣杯战争’；为了提前得到‘创世纪’，潘多拉催眠了拥有直死魔眼的两仪式，让她前去袭击伊莉雅；在‘直死魔眼’的无限破坏下，伊莉雅被逼人了绝境；在最后的关头，伊莉雅无意识的唤出了‘赫拉克勒斯’，面对希腊神话中最强最伟大的英雄，即使拥有着‘直死魔眼’，两仪式依旧被击败。
赫拉克勒斯的唤出，标志着第六次圣杯战争的开启，但在时间上比原先的计划提前了半年；赫拉克勒斯抱着受伤的伊莉雅返回了卫宫宅邸，让士郎和远坂凛为她治疗；同时，看到赫拉克勒斯后，远坂凛受启发，也开始了召唤，她唤出了希腊神话中的三大女神之一的月亮女神‘狄安娜’；不会召唤的士郎在远坂凛的指导下也开始了召唤，原本以为会唤出SABER阿尔托莉雅，结果唤出的是身着一身巫女服的桔梗。
唤出的桔梗，完全不理睬唤她出来的MASTER士郎，仅停留了不到五分钟就离开了卫宫宅邸；然而令士郎、远坂凛和伊莉雅都非常在意的是，唤出的桔梗的职阶是剑士，但无论怎么看，她都像弓兵的，她们有些不能理解。
离开的桔梗来到日暮神社，来到了她曾经封印犬夜叉的地方；在那御神木下，桔梗第一次和她的转世‘戈薇’见面了。
在同一个晚上，在第一中就读的传说中最强的伪娘――宫小路瑞?，在其女生宿舍无意识的唤出了第四代火影波风水门。
在圣杯看来，忍者和魔法师是类似的，忍者所使用的忍术、幻术和魔法师所使用的魔法、法术是非常接近的；圣杯将忍者视为魔法师而准予召唤，四代火影的职阶是魔法师。
潘多拉从路西法那里得到了非常强大的力量，她解除了一百零八冥斗士的封印，又复活了海皇波塞冬的海斗士，和北欧奥丁的神斗士；在同一个晚上，潘多拉率冥界三巨头、和复活的黄金圣斗士以及海斗士强袭圣域。
沙加被迫迎战冥界三巨头，并使出了‘天舞宝轮’；穆、阿鲁迪巴和艾欧里亚迎战史昂、撒加、卡妙、修罗等复活的黄金圣斗士；在沙罗双树园内，米罗和加隆以两人之力对抗七位海斗士，他们两人的处境是最危险地。
在双方实力相差太大的情况下，黄金圣斗士陷入了苦战；在危机的时刻，神秘而强大的魔法炮击出现，击向圣域，时空管理局的魔法少女参战，S+级的高町奈叶、菲特以及SS级的八神疾风等人，施展出了不输于黄金圣斗士的强大实力。
高町奈叶的魔法炮击，在星煌模式(全距离、大范围攻击，Strikers）下的魔导炮击，释放出来的威力凌驾于沙加的‘天降伏魔’，其威力冥界三巨头无一人能抗得住。
形式虽然有所扭转，但雅典娜依旧被杀，灵魂释放脱离了**；释放的灵魂，或许在奇迹的引导下，掉入了数万公里外的日本，掉入了阿笠博士家，进入了灰原哀的身体。
灰原哀至此有了双重人格，在一般情况下的都是灰原哀的灵魂控制着那具躯体；但在某些特殊的情况下，雅典娜的灵魂会浮出来控制灰原的身体；当然，灰原都登场了，柯南的登场也是必然的。
也在那同一个晚上，真嗣出院住入了美里的家，从未来返回的明日香也搬入了美里的家。
在休息了一天后，真嗣、明日香和渚熏通过考试进入了绫波丽就读的第一中，入学考试把真嗣给考晕了。
第二天到校上课，真嗣就被相良宗介给整到了；相良宗介在自己的鞋箱前发现了一根可疑的头发，怀疑有人打开过自己的鞋箱，为了安全起见，相良宗介居然在学校的鞋柜旁进行‘炸药爆破’，真嗣不幸被那爆破给波及了。
在校门口，还看见了兔女郎，是SOS团的招人活动，好奇的真嗣被凉宫春日给拐入了SOS团，学院最莫名其妙的社团，真嗣灾难开始了。
经过千辛万苦后，真嗣好不容易退出了SOS团，在神秘人物的引导下，真嗣拉拢明日香、绫波丽以及渚熏等人，创建了学院最邪恶的社团“漫研社――邪恶御姐与萝莉”，他们画的是18禁的H漫，而且是百合系的。
真嗣就读的第一中，是N多动漫人物共存的学院，学生会长桂雏菊，打不死的超级管家绫崎飒，超富有的三千院?，姐姐大人的宫小路瑞穗（召唤出火影的圣杯战争参与者，最强的伪娘，一个男的居然成为了学院的姐姐大人，他已经是神话级的人物了），千鸟要，早乙女乱马、日暮戈薇等……还有史上最强的后宫男，魔法先生涅吉?史普林菲尔德。
学院祭、武斗祭一个也不少，学院的YY故事、XE故事才是本作的主要内容的，但由于作者的不才，连我自己都很郁闷，不关紧要的内容居然写了那么多。
阿斯兰?萨拉是联合国特殊高达AS小队的精英机师，而基拉则是真嗣就读学校的前辈；在SEELE机关了解到了某些机密事件后，对NERV本身的不信任加强了；为了防止意外的发生，SEELE机关以加强NERV本部防御体系为名，将高达AS小队调至第三新东京市驻防。
在前期，高达AS小队也参与对使徒的作战，辅助EVA；在对第七使徒的作战时，一架高达被使徒击落，掉落的在了基拉等人避难的防空洞内，掉落的高达离基拉只有几米远，基拉和其他避难人一起将高达内的驾驶员给救了出来，而基拉则坐入了高达驾驶舱内，虽然是第一次进入高达的驾驶舱，但基拉本能地感觉到自己能够驾驶它。
而且，基拉真的让那架高达动了起来，飞上天空，并全力地对第七使徒发动了攻击，虽然没有胜利；但他非凡的才能依旧得到了联合国高达作战总指挥部的高度重视。
他被破格进入了联合国最精锐的高达部队――特殊高达AS小队；该小队的队长则是阿斯兰哦，伊扎克、卡嘉莉、拉克丝等人也会登场的；她们一席人也会频繁地同真嗣、绫波丽、明日香、葛城等人接触的。
总的来说是，碇源渡是NERV的总司令，葛城是NERV的作战课课长，而阿斯兰统帅的高达AS小队则是SEELE机关强行加于NERV的高机动防御部队，实则是为了监视NERV。
由于阿斯兰、基拉两人的非凡驾驶才能，联合国高达作战总司令部特别为两人建造了只属于这两人的专属高达，阿斯兰的JusticeGundam（正义高达），基拉的Freeddam（自由高达）；传说中的两架最强的高达由此诞生。
在最后，SEELE和NERV的矛盾彻底无可挽回，基拉、阿斯兰两人驾驶高达同绫波丽、明日香驾驶的EVA进行了殊死战斗。
圣杯战争的内容也很多的；而且，潘多拉的计划实现后，路西法被放出，真嗣他们同黑SABER的战斗也很多，以及覆盖全球的魔兽战争也会同时展开。
――由于本作是综合同人，涉及非常之广，故事剧情非常众多，在具体写时还会加入更多更广的设定，希望大家能够耐心地继续看下去，相信以后的故事会更精彩的。
――特注，本作不会TJ的；当然，本作的点击达到了几乎没人看的地步时，我也只好无可奈何的TJ掉了，谢谢大家耐心地看完此篇。