2000年9月13日，时空管理局常驻地球最高负责人雅阁木中将向在南极大陆待命的葛城小队下令，对‘莉莉丝’和‘亚当’进行强行的融合实验；随之，巨大的光之羽翼如预料般的出现；光之羽翼展开，巨大的六翼遮盖了整个南极大陆，其光辉辐射全球所有的角落。{Www。Shouda8.Com 首发 手.打/吧}

莉莉丝、亚当，作为人类的始祖，站于人类顶点的他们拥有着天使一般的力量，她们的融合伸展出来的羽翼的光辉在一瞬间剪灭了侵蚀地球百分之99以上的恶魔与魔兽。

不过胜利的奇迹也付出了意料之外的代价，突然出现的‘迷之光之巨人’破坏了融合实验，巨大的爆炸将整个葛城小队给予全灭，除葛城美里一人勉强幸存了下来。

第二次冲击由此发生，南极大陆发生异变，给全球带来了巨大的浩劫，海面水位上升、地轴扭曲，还有更多的灾难伴随着发生；世界人口急剧地减少了一半。

虽然付出了惨重的代价，‘路西法灭世界’的第一波终究还是被抗了下来；人类得到了喘息与缓冲的时间，虽然残留下来的恶魔与魔兽依旧在世界各地进行着残忍的杀戮，但并非非常的严重。

大量的青少年也在魔法学院与骑士学院接受正规的魔导训练，人类同恶魔与魔兽的战争如同拉锯战般持续着；2001年，碇真嗣诞生，并且，绫波丽、明日香等EVA的驾驶员亦在这一年出生。

对于‘死海文书’提到的‘神的灭世界’，为了应付那更大的危机，时空管理局不得不再次同‘十二贵族集团’进行交涉；然而交涉并不顺利，‘十二贵族集团’认为没有必要建立专门对付使徒的特殊机构NERV，以及开发EVA系列。

他们认为对付那些和魔兽几乎没有差别的使徒，依靠现有的高达系列就足够了，而且现有的机动战士高达在同魔兽的战斗中，成绩还不错；而且，时空管理局的魔导师在同魔兽的战斗中，成绩也很辉煌。

虽然有那些原因，十二贵族集团真正反对EVA计划的原因是那过于庞大的开发经费，仅仅EVA损坏后的维修经费就足以使一个中等程度的发展中国家完全的破产。

而时空管理局却坚持EVA计划，他们认为‘十二贵族集团’将使徒与那些魔兽给予同等的对待本身就是一个天大的错误，魔兽再厉害也仅仅只是凶恶的猛兽而已，而使徒却是‘沦落的赎罪天使’，完完全全不在同一个等级。

使徒，虽然是‘沦落的赎罪天使’，但依旧是‘天使’；只要是天使，就具备着完全无视任何魔法攻击的特殊体质；一旦使徒来袭，即使再多再厉害的魔导师都伤不了使徒分毫；而使徒张开的AT―Field又可以抵挡任何常规武器的进攻，现有的高达系列很难是使徒的对手。

要击败使徒就必须使用使徒本身，那就是EVA系列;时空管理局坚持开发EVA系列，半年后，‘十二贵族集团’最终让步，拿出巨资支持EVA计划。

2003年，位于日本箱根的人工进化研究所建立；利用人工进化研究所地下的广大的球形巨大空洞，NERV本部建造完成；与此同时，E计划始动，零号机也开始建造了。

2004年，EVA启动实验进行；在幼小的真嗣面前，真嗣的母亲碇唯在实验中消失，拯救计划失败；同时，自唯的事件后没多久，碇源堂转移实行《人类补完计划》。

2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识；没多久，加持和美里开始同居。在地下空洞的上方，第3新东京市开始建设。

2007年，美里和加持分手。

2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。

2009年，葛城美里加入研究所。

2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。

2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走；自此以后一直到2015年，真嗣都未曾和源堂见过一面。

2014年，第二个绫波丽转学进入第3新东京市第一中学；同年，时空管理局调离了雅阁木中将，调任成功率领机动六科击败斯卡利艾迪博士的八神疾风为时空管理局驻地球最高长官，全权统帅时空管理局在地球的所有魔导师，其位阶升为提督，军阶为上将。

同时，八神疾风的好友高町奈叶与菲特也被破格提升为副提督，帮助疾风处理地球的事务；从1999年到2014年的十五年里，时空管理局在地球兴建与改建了2000所学校，培养了大量的魔导师与魔导骑士，改变了开始时的仅靠时空管理局的魔导师同魔兽与恶魔战斗的局面。

不过呢，虽然魔导师的数量增加了，但恶魔与魔兽的数量也没有减少，隐秘存在的路西法的十几个恶魔工厂依旧在二十四小时的高速地生产着恶魔。

2015年，是第二次冲击后的第15年，也是使徒即将来袭的一年，八神疾风于一月将时空管理局驻地球本部迁移到了第三新东京市。