从此之后舜就开始完全失去了职掌政务的权利，而以人族之主的身份，而开始专门负责礼仪以及舞蹈等方面的事物，在人族之中似乎已经没有什么人把舜当作那人族之主了。
现在的舜不过就象一个象征一般，不过是禹的传声筒而已，这让自己曾经将自己的岳父帝尧囚禁在宫殿之中二十八年，然后又用帝尧的遗体要挟自己的大舅子丹朱，让丹朱明面上获得了一个所谓的帝号，算满足了自己岳父帝尧的遗愿，不过在三年之后就让丹朱主动将帝位禅让给舜自己的。
而在此时那舜也已经预感到了自己将来的结局，因为舜明白自己与禹之间有杀父之仇，禹的父亲鲧就是死在自己的计谋之下，而禹是绝对不会放过自己的，现在的舜深深的为自己的将来担忧。
到了舜二十五年，远方息慎氏派使臣来朝见舜，并进贡了一批由当地自主生产的弓箭作为礼物晋献给舜，在这件事情上禹忽然发觉，自己虽然用一切力量削弱那舜在人族部落当中的影响力，但是在许多的外部部落当中，那些部落的诸侯还是认为那舜才是人族之主。
这时禹明白了为什么那舜在掌权架空帝尧之后，足足在摄政的位置之上呆了二十八年，直到帝尧死后，还要让丹朱称帝三年之后，自己才登上人族之主的位置，禹知道自己还要向那舜多学习才是。
到了舜二十八年，那时舜已经被禹暗中控制多年了，而舜的长子姚义钧在沉寂多年之后，终于开始感觉到禹的专权是对自己家族的一种威胁，于姚义钧开始是暗中发展自己的势力，他联络一些宗族大臣，暗中对抗禹，同时也效法禹那样以各种工程的运做，来借此招募那人族之中的壮劳力。
姚义钧以便借由这种种工程之名悄悄组建自己的军队，并且寻访贤才，招募英雄豪杰，训练敢死之士，发展自己的势力，企图把禹赶下台。
这件事情很快就被禹知道了以后，那禹是什么人啊！对于那姚义钧心中是怎么想的当然清楚，这都是自己玩剩下的东西，当年禹就是在治水的时候，才聚集了大量的力量。
当年禹在治水的过程中遇到了阻力。一些居住在黄河和长江下游沿岸的部落，为了本族团的局部利益，不允许禹的治水大军在他们的土地上开挖河道，严重的影响了工程的进度。禹多次出面与他们交涉，但都无济于事。这些部落里的男男女女，自发地组成队伍，手里拿着棍棒和刀枪，呐喊着追赶治水大军，治水工程受到了严重的干扰。
禹认真地分析了天时地利和当时的自然条件和社会环境，拟定了一个大胆的计划。于是他经过深思熟虑，决定向舜申请，要求建立一支维护治水的专业武装部队，对阻挠治水的部族进行打击和征伐这一建议很快得到了舜的支持。于是禹便挑选一批勇武的壮士组成武装部队，使专人对这支军队进行作战训练。
禹正好借此机会逐渐发展自己的势力。于是，他把十一个异母兄弟，全都安插到军队里，当上了小头领。经过了一段时间的训练，这支军队有了很强的作战能力。
当时的治水大军已经分成了南北两条战线，南线负责治理长江极其分支水域，北线负责治理黄河极其分支水域。禹便把新建的治安军也分成了南北两个支队，分别配合治水大军维护治水工程的顺利进行。
不久，禹的治安军便开始以武力征伐那些阻挠开挖河道的部族，对那些顽固分子给予坚决的打击。那些阻挠治水的部族都是临时组织起来的族民，根本没有战斗力，双方交战，一触即溃。他们被迫屈服，只好牺牲局部利益，顾全治水的大局。但是也并非所有的部族都那么容易征服。
为了对抗禹的治安军，黄河下游的曹戎和魏戎联合起来，进行了激烈的抵抗，使北线的治安军接连失败，一筹莫展。时禹正在南线的长江流域指挥清理水道，闻报大怒，于是亲往北线率领治安军与戎人作战，经过了一番激烈的征战，终于征服了曹戎和魏戎。
两国不但同意在他们的领地上开挖河道，还出动了许多族民帮助挖沟开渠，清理河道。他们对禹无比尊敬，都尊称他为大禹。这样禹先后以武力征服了曹、魏、屈骜等小国，不但使治水工程得以顺利进行，还逐步扩大了自己的政治势力和军事力量使得自己拥有了与舜对抗的力量。
而就是这一次次征战的胜利，也使禹进一步认识到拥有一支强大军队的重要性。这才让禹开始有了要代替舜的心思，于是禹开始暗中网罗人才，积极发展自己的势力，为将来争夺霸业做准备。
而且按照常理，治水工作结束后，临时组建的治安军就应该立即解散。但是禹为了进一步发展自己的势力，把这支军队全都带到了他的封地，表面上虽然解散了军队，而实际上仍完整的保留着。他利用这支军队配合族民在高密垦荒种田，发展生产。同时还定期进行军事训练，使军队时刻保持着旺盛的战斗力。
也就是依靠这一支军队，才使得禹最后政变成功的，禹当然明白事件的重要性，所以十分重视。因为禹认为，舜此时年老，已经不足为虑，而他的儿子姚义钧年富力强，如果不对他及早采取行动，任由他发展下去，势必会成为自己的强劲对手，对自己未来夺取天下极为不利。
于是，禹他不动声色，暗中使人搜集姚义钧的不法罪证，准备在适当的时机除掉这个对他构成威胁的对手。禹经过认真地调查和取证，终于给姚义钧罗织了十几条罪状。
这十几条罪状或真或假，但是最为重要的是其中的三条，一是结党营私，私建军队，制造分裂；二是仗势欺人，强抢民女，逼死人命；三是巧取豪夺，霸占民财，使百姓怨声载道。据此十多大罪状，禹请求舜对姚义钧治罪，以消除民怨，避免造成社会混乱。
舜不想对儿子治罪，但是禹给姚义钧列出的罪状，每一桩都人证物证俱全，那可是铁证如山啊，他想护短也不成。在禹的逼迫下，舜不得不把儿子姚义钧贬封到商邑，并限十日内离开帝都，无天子诏书不准私回帝都。姚义钧无力抗争，只好洒泪与父母告别，带着自己的家人赶往商邑。
那时候的商邑可不像现在这么繁华，这么人烟稠密，当时那里还是一处百里无人烟的荒凉地方，到处有狼虫虎豹出没，环境十分恶劣，因此当时的人根本没有谁愿意到那里去生活。
实际上，这种贬封和让人去送死没有什么分别，但是没有办法，如果不同意舜自己就没有办法向民众交代没，这样反而更可能让禹找到其他的借口，反而牵连更多的人，没有办法舜只好含着眼泪眼睁睁看着儿子带着自己的家人离开都城，却又无可奈何。
这姚义钧又称叔钧，是帝尧的女儿女英所生，因封于商，故又称商钧。舜三十年，舜的妻子娥皇去世。娥皇又称后育，亦作后盲，也是帝尧的女儿，她和妹妹女英同时嫁给了舜。娥皇的遗体葬在了渭水岸边。
禹巧妙地运用武力和智慧软硬兼施夺了舜的神权。那时天子的权力包含两个部分，即神权和人权，相当于现在的党权和政权。现在是党领导一切，那时候是神权领导一切。如果天子失去了神权，那他的权力也就降低了，充其量也只能算是一个副手了。因此，禹夺了神权，就是全面控制了朝政，完全把舜架空了。
掌握了实权的禹名义上还尊舜为天子，而实际上朝中的一切事物都由他来决断，他想做的事情，别人想拦也拦不住，他反对的事情，别人想做也做不成。
禹开始对国家的行政设施和法律法规进行改造。他首先对国家的行政区域进行了改革，废除了舜的十二州，将全国重新划分为九州。
这件事摆明了是在向舜示威，因为这九州制当初就是禹的父亲鲧提出来的，禹的父亲鲧根据当年从黄帝时期所传下来的地图，以及身为黄帝后裔而有些须那关于太古人皇九头氏划分九州的传说，然后根据自己所走过的地域精心绘制了九州图，而后鲧入朝拜见帝尧时，恭恭敬敬地向他献上了自己亲手绘制的九州图。
也就是在晋献了这九州图后，这鲧才进入了帝尧的眼睛，而由此帝尧才下决心要将鲧扶植起来，对抗舜，然而，那个时候舜为了显示在自己的才能和真知灼见，认为现在划定九州还不合适，现在洪水为祸，因该在天下平稳之后才进行，由于当时帝尧已经被舜架空了，这划分天下九州的事情没有那舜的命令还真行进不下去，这划分九州的工作只好作罢。
但是那舜还很会做人，反倒安慰鲧说，承诺在鲧治水成功之后，就让鲧来组织那划分天下九州的工作，那鲧大为感激，才将舜视为知己，而鲧也正是因为舜的这一句承诺，而为了早日能够主持划分天下九州的工作，才冒险潜入黄帝陵，盗取那息壤，希望早日平定水患，来划分天下九州。
而在舜即位之后，并没有遵循自己与鲧的承诺，原因就是鲧以死，而鲧的儿子禹还没有这一能力，继承自己父亲的工作，在舜即位之后，舜完全霸占了鲧的想法，还根据自己的意见随意修改，舜下令把九州改成了十二州。鲧划定的九州是：荆州、梁州、雍州、豫州、徐州、扬州、青州、兖州、冀州。
舜认为，冀州和青州过大，从冀州中分出幽州和并州，从青州中分出营州，合为十二州。就这样舜他硬是把鲧的九州给分割成了十二州，把划分天下的功劳算在自己的身上。
禹对舜的做法十分不满，认为舜侵吞了自己父亲的心血，还肆意的糟蹋，但当时禹他还羽翼未丰，也没敢反驳。如今他大权在握，已经没有必要再看别人的眼色行事，“九州制”是禹父亲鲧多年的心血，更是鲧临死之前的遗愿，那禹恢复自己父亲的建制那是天经地义理所当然。
恢复九州制后，禹在安排亲信出任各州州牧的同时，又下令向各州牧摊派赋税，建立中国历史上最早的税收制度。那些汗牛充栋的古史书上曾一度大肆宣扬圣贤之君都是任人唯贤，其实完全是胡扯。试问古史上哪一位所谓贤君不是任人唯亲呢？
黄帝打败炎帝和蚩尤夺了天下，最先封赏赐姓的都是他的儿子，唐尧得了天下重用的都是他的三亲六故，舜为帝也想传位给自己的儿子，可惜他被禹架空说了不算了，没能如愿以偿。
一朝天子一朝臣，新朝不用旧朝人，此说虽然过于绝对化，但是一国之君为了维护自己的统制，不肯任用那些反对他的人，这是不争的事实。
舜虽然对禹的这项改革不满，但是今非昔比，大权旁落，他已经无力与之抗争，也只好听之任之了。而在这个时候朝中的主要官员大部分都已经彻底倒向了禹。
因为大家都看得明明白白，原本还对舜抱有一丝希望的人，原本还想着那舜可以重新夺回大权，但是他们现在看出来了，这软弱无能的舜已经靠不住了，那禹已经用自己的强权消磨了舜的雄心，这舜已经没有希望了。
正所谓人往高出走，水往低处流，大树底下好乘凉，还是跟着大禹可靠。因此群臣都主动服从禹，形成了一边倒的状况，没有激烈的矛盾冲突，国内的局面相对来讲还是比较稳定。
但是边远地区个别部落小国却以为舜政权软弱可欺，乘机侵扰舜政权的边境。其中最为厉害的就是南方的有苗氏。有苗氏的大酋长南山虬勇武多谋，自恃部族强大，不但拒绝纳贡，还多次向舜政权的边境发起攻击，疯狂掠夺边境居民的财产。舜以前曾多次派军队征讨，一直未能征服。
近来更加猖狂，他们以禹专权为借口，多次入侵舜政权的统治区域，掠夺边境地区的居民，吓得许多边境的居民背井离乡逃往内地。舜三十五年，南方的有苗氏作乱，以前曾多次派军队征讨，一直未能平服。虞舜三十五年，已经六十八岁的禹决定亲征有苗。
此时禹的长子启也已经四十多岁，身材魁梧，勇武过人，禹一直命他治理阳翟，在那里训练和管理军队。他听说年事已高的父亲要亲自领兵南征，觉得于心不忍，便急急赶往都城，要求代替父亲领兵去征讨三苗。
禹没有同意。他认为，三苗族人不光英勇善战，而且熟悉地理环境，善于用兵。让儿子领兵出征，胜算的把握极小，弄不好还会把自己的性命和整个部队丢在那里。
他禹对启说：“我在当年治水的时候，对三苗人居住的区域比较熟悉，而且还了解一些三苗人的生活习惯，只有我亲自去征讨他们，才有胜算的把握。你就继续留在阳翟，加强军事训练，一旦都城出现情况，要立刻率领你的部队包围都城。记住，此事责任重大，你千万要小心，不可饮酒误事。”
说道酒，其实禹还有一个教训，当年仪狄用陈年的粮食和**的野果制造出酒之后，将这酒晋献给了实际掌权的禹，禹觉得酒是人间美味，就愈喝愈多、虽然晕头晕脑的，喝的不亦乐乎、简直就像在腾云驾雾般一样舒服。
在酒醉之下禹仪狄随意就答应了自己最心爱的女儿与仪狄的婚事，而由于酒醉的原因那禹还耽误了第二天召见四方诸侯的大事，差点若出大乱，在清醒之后禹深感酒的危害，于是决定今后自己不再喝酒，还告诉手下这酒要少沾，但是酒还是在人族之中盛行起来，那启就是一个酒徒。
禹之所以要启小心都城的事，是因为舜当时还是挂名的天子，仍然是一国之君，恐怕会趁机有什么动作，所以禹要启小心都城的事，不光如此那禹还做了安排。
在南征期间，朝政名义上仍交给舜管理。但实际上朝中上上下下四梁八柱的主要官员几乎都是禹的人，有那么几个虞舜的嫡系官员，也都徒有虚名，没什么实权。
再说，舜当时已经是八十多岁，即便有心乘机恢复自己的旧制，无论体力上还是精神上都难以应付，心有余而力不足，只能是想想而已。
禹早就把这步棋看得清清楚楚明明白白，不过为了万无一失，他临行前还是把主管各部门的大臣叫到一起，对各项工作做了细致的安排。
禹亲挑选了三千精兵，数十员战将，让他的两个精明强干武功高强的侄子，负责押运粮草，以确保后勤粮草的供应。禹把国内的工作都做了妥善安排后，便选择了起兵的良辰吉日。南征大军在禹的率领下，浩浩荡荡地出发了。
禹严明军纪，行军途中不准侵害百姓利益，违令者，杀无赦！的部队沿途受到各地百姓的欢迎，所到之处，老百姓都积极为他们提供房屋住宿。走了二十余日，这天终于来到了和三苗氏部落接壤的地方。
禹带着几名部下，找了一处平坦开阔之地，命令炊事班埋锅造饭，其余士兵一部分留下来平整地基，一部分分成几组，分别在距离营地四面五里至十里之间巡逻警戒，以防敌人偷袭。剩下的大部分士兵都上山砍伐树木和寻找石头，将树木和石头搬运回来建造军营。
那时候漫山遍野到处都是树木和石头，建造营房的材料极为方便，不到两天的时间，一处木石结构的军营就建造完毕。安营扎寨后，禹并不急于出兵，而是每日操练军队，让士兵练习爬山和在树丛中串行，以适应当地的作战环境。
治水英雄大禹亲自领兵而来，使三苗族民大惊，他们慌慌张张地向首领报告，商议对策。大酋长南山虬冷笑道：
“怕什么，兵来将挡，水来土掩，我们三苗人也不是好欺负的！”
大酋长南山虬的弟弟南山虺显然对禹有些恐惧，只听南山虺说道：
“只是我听说，那大禹神通广大，道法无边，能呼风唤雨，腾云驾雾，而且还有三件宝物，那河图能探明道路，那开山斧能开山劈石，定海神珍能随意变化奥妙无穷，我们如何能对付得了哇？”
南山虬一听，微微笑道：
“这个嘛，我早就有了准备，我已经查明那大禹的法宝已经没有了，大禹治水之后，那河图、开山斧就自行飞走了，定海神珍被大禹留在了东海，定四海波涛，大禹也没有将它取回，而且我已经派人去请国师云髠道长，他是当年盘王的弟子，有许多精通道法的师兄弟，也精通盘王的各种咒术，到时候让云髠道长请他们出山，还怕斗不过他一个大禹。”
于是南山虬也开始了紧张的整训军队，调集附近村屯身体强壮的村民五百余人，在距离夏禹大营西南约十里以外的一处山坡上建造大营。就这样，双方剑拔弩张，各自备战，等待着即将来临的一场厮杀。
十天后，在一个晴朗的天气，双方在两军阵前展开了第一场大战。禹采用正面公开出击，两侧暗中设伏的战术，首先向苗军发起了攻击。南山虬的军队不及提防，被禹的三支队伍夹击，大败，死伤一百余人。
南山虬大怒，立刻催促云髠道长率五百名勇士前来助战，然而这时，不知道从什么时候开始，那禹的的大军之中，居然出现了本因早该绝迹的巫师，在而巫师所用的巫术虽然没有当年巫族的十分之一的威力，但是对付这些盘王的后裔弟子，那是绰绰有余。