阳光明媚的日子，真新镇的一条小溪边，一位大约年纪九、十岁的少年正提着钓杆，一手托着下巴，无精打采的样子。“唉……”少年长叹一口气，回忆起三年前的事来…那是一个月黑风高的夜晚，喧闹的大街此刻格外的宁静！恐怖的2012世界末日之说，似乎就在今日，全地球的人摒住呼吸，静静等待暴风雨的来临…时间一分一秒过去，太阳冉冉升起，就在人们松口气那一刹那，大地晃动起来…之后，等自己醒来，就发现自己穿越到一个陌生的世界，陌生的家庭。妈妈叫花子，而自己，叫小智！“唉…”小智又叹口气，即来之则安之，就算想回到自己世界去，恐怕自己家人，不，也许更多同胞都已经在那场灾难中牺牲了，现在只能在这好好的生活了。走神的小智被手中鱼杆的微微一动，拉回现实！上钩了，小智连忙提杆，一只红色磷片头戴皇冠的鲤鱼破水而出…是鲤鱼王！小智叹了口气，将落在地面的鲤鱼王抱起，正准备将它放回水里，却发现这只鲤鱼王受伤了，鱼鳍部分不知被哪个家伙咬伤了。“不好，得赶紧送去博士治疗。”小智抱着鲤鱼王也不管地上的鱼杆，直奔向大木博士的研究所。大木博士是这个世界著名的人，从事研究神奇宝贝工作，他的川柳句也是相当著名的。“博士，博士，大木博士。”小智冲进大木博士家院子，大声叫喊着。“啊？小智啊，怎么了，有事吗？”从院内走出一个白大褂的爷爷问。“博士，它，它受伤了，您快给看看吧。”小智将鲤鱼王递给大木博士，大木博士接过去，仔细看了看，说“伤的不是很重，我马上为它敷药，小智你先等等！”说完便匆匆回到屋里。小智刚准备进屋突然听到一个熟悉的声音传来“小智？”“小茂？”小智回头望去，正是大木博士的孙子，小茂，也是以前小智的竞争对手，至于现在…谁清楚呢…“少爷！要叫我小茂少爷，说了多少次你才明白啊！”小茂撇了眼挠头的小智，又说道：“你和那只鲤鱼王真的很像，一样弱的可怜，就你这样还想挑战我？哈哈哈。”小智用手揉了揉鼻子，小声说着：“我才没想挑战你呢。”“你在嘀咕什么…？”小茂发问，随后又坦然道：“强者，被诋毁也是情有可原的。哈哈！”小茂得意的走回屋去！唉…又长叹口气，小智也没兴趣再看鲤鱼王了，拉陇个脑袋往自己家走去。而大木博士屋外，小茂不知何时出来盯着小智背影，皱着眉头，不知想些什么…“妈，我回来了！”小智回到家，边换成鞋边说道。“小智啊？赶快洗手准备吃饭吧…”小智的妈妈花子露出美丽的笑容，自己就这么一个儿子，不知道为什么这年来变的无精打采，根本没有以前的活力四射的感觉，担心啊。花子顿时心中有了打算。吃饭时，花子突然问：“小智，你明年就到十岁咯，妈妈准备让你一个人出去旅行，你看怎么样？可以带上你最喜欢的神奇宝贝哦。”“哦…可是，我不想去耶。”小智低着头回答，穿越来这个世界对这个世界没有一丝了解，何况，他的心境可大不相同。“耶？你不是最想带着你的神奇宝贝成为最强的神奇宝贝大师吗？”花子越来越担心了，自从一年前儿子生场病，醒来后变的特别沉闷，什么话都不肯说！不行，必须他变回以前的样子，旅行也是必然要去的。“不行，必须要去！要听妈妈的话。”花子拿出当妈妈的权利来，无奈，小智只好点头答应，毕竟现在她是自己的唯一亲人。唉…只能默默叹口气！
那只被小智送去大木博士的鲤鱼王，被大木博士放在院子后花园的池塘里，因为弱小，经常被院子里其他神奇宝贝欺负，大木博士每天都很忙，自然没有时间来管这些琐碎的小事，倒是小智，经过博士允许，经常来后院照看这只鲤鱼王，保护它不受别人的欺负，冬去春来，转眼间，小智也已经十岁了，该承诺当时答应妈妈的事了。懒懒的睡在床上，小智一动不动，看看闹钟，没关系，反正给初学者的神奇宝贝有三只，等别人挑剩了，自己再去，反正哪只都一样。“小智！小智，快点起床，今天可是去大木博士那的日子啊。”花子发现儿子到现小智还没起床，着急的过来。“好好好…”小智被吵醒后，无奈的叹了口气，便朝大木博士家出发而去…“小茂小茂最棒，小茂小茂我爱你。”远远的就能听到小茂啦啦队的呼喊声，人气真是高啊，小智暗暗想到，多撇了几眼，毕竟对美女，穿越过来的他，还是有点兴趣的。“小茂…”小智看到门口站着的小茂，打招呼道。“叫我少爷！”小茂看见小智来了，松了口气，然后用一副很欠扁的态度说：“真有你的，小智，今天这么重要的日子，你竟然迟到了？啧啧，我看你想成为神奇宝贝大师，难哟。”“我一定会成为神奇宝贝大师的，我要打败你。”不知怎的，小智这话脱口而出，究竟是原来小智的潜意识，还是穿越小智的潜意识呢…小智突然拍着小茂肩膀嬉笑着问：“小茂，你该不会在这特意等我吧？”小茂难得脸一红，假装生气得样子说道：“胡说。我正准备走呢！”说完调头就走，带着啦啦队，卷起一阵烟尘消失在眼帘。呵呵，毕竟还是孩子。小智心中暗笑着，“哦，对了，要找博士了…”小智匆匆进屋，“博士，博士，我来了…给我的搭档呢？”“哦！小智呀…”大木博士用眼瞄了瞄桌上的三个宝贝球。“博士！你就告诉我剩下哪个吧？”不按常理出牌的小智，根本不按大木博士思路走。“啊，啊，这个…因为今年的初学者有四个，所以…初学者用的神奇宝贝…已经没有了？”大木博士说完，看看小智，谁叫你懒来着。“不过…”看着小智失望的样子，大木博士有些不忍心，毕竟这孩子经常来自己这里帮忙照顾神奇宝贝们的…“不过，倒还有一只啦，就是…这家伙有点问题。”“没关系，没关系，什么都好，我要！你快给我看看吧！”小智兴奋道，只要不让妈妈失望，鲤鱼王都行。大木博士拿出藏着的宝贝球，递给小智。“去吧，宝贝球…”小智丢出宝贝球，一束红光闪出，一只黄色的可爱的小精灵出现眼前。“它呢，叫皮卡丘，电气系，电气鼠神奇宝贝…”大木博士正介绍着，小智却早已将皮卡丘搂在怀中，“好可爱哟…”“呀、不可以…”大木博士话还没说完，从皮卡丘的脸夹放出电击将两人包围起来…“好麻！”小智翻了翻白眼，“为什么我也电？”大木博士也翻眼了，两个人一起倒地。皮卡丘在一边冷默的看着，仿佛不是它电的一般。从麻痹中恢复，小智叹口气，将宝贝球对准皮卡丘，至于关系，以后再增进吧，先收回来。宝贝球射出一道红光，却被皮卡丘躲过…“额？再来…”小智再一次收回，又被躲过，接二连三，皮卡丘终于发怒了，又是一束电击打来～“…博士，真的有大问题唉。”倒地。而大木博士“为什么又电我？”轰，倒地不起。既然皮卡丘不愿回宝贝球，小智也不再勉强。拿上博士给的图鉴和宝贝球…“小智，这图鉴可以登陆你见过的神奇宝贝，如果抓住会有更详细的资料…唉，我老了，不能再去不同地方旅行，只能拜托你们了…”大木博士颇有感叹，听说以前他旅行的时候很是厉害呢！“对了，我有件事要拜托你，小智，还记得一年前你救的鲤鱼王吗？”“对哦…”小智点点头，差点望了。“拜托你去那里将它也带去吧…”恩…小事一桩。小智去接后院鲤鱼王，鲤鱼王也知道，没有小智，自己不会这么安稳的生活在这，何况他还救了自己。心里对小智很是喜欢，见到小智，高兴的从池塘中一个水溅跃跳出来…小智自然知道这个家伙，用准备好的水缸将它放进去，说到：“呵呵，乖，我马上送你回家喔！”鲤鱼王又从水中跃出，水花溅到小智身上，惹的小智哈哈大笑！旁边的皮卡丘冷眼相看，不知道想些什么。告别了妈妈、大木博士，小智带着皮卡丘和鲤鱼王出发了。
告别真新镇，小智带着皮卡丘、鲤鱼王来到溪边…不，应该说被追到，准确说被一只烈雀追着，延着小溪朝上游跑。都怪这无事生非的皮卡丘，惹怒了一只啄食的烈雀，结果，就是小智被追赶着，谁让小智根本无法控制皮卡丘战斗呢。“啊啊啊…救命啊。”小智一边跑，一边叫喊着，皮卡丘跑的快，转眼就将小智仍在后面，而烈雀追上小智，用尖嘴啄击着小智，疼的小智大叫…没良心的皮卡丘在前面捂着嘴偷笑，根本没打算帮忙。烈雀见小智反抗，立马进攻的更犀利，用尖嘴疯狂攻击…就在烈雀府冲的一刹那，小智怀抱的鱼缸里一个影子跳出，不偏不倚的撞在烈雀头上，是鲤鱼王的撞击绝招？也许吧，烈雀吃痛，挂着眼水匆匆飞走。“得救了…谢谢你，鲤鱼王！”小智将地上的鲤鱼王抱起，真诚的道谢，虽然是最弱的神奇宝贝，但总比某个不听话的强吧！鲤鱼王得意的跳了两下，小智将它放回鱼缸准备继续赶路，却听见身后喳喳的一群鸟叫声，一大群的烈雀和大嘴雀飞过来！原来那只烈雀找帮手去了…小智暴汗。可现在也只能逃命了，总不至于让鲤鱼王再和它们战斗吧？皮卡丘见人多势众早丢下小智，独自逃走，这也好，只早保护好鲤鱼王就行了！小智心里想道，但脚下动作一点不慢，三十六计，走为上。大嘴雀的飞行速度可比烈雀快，大群的大嘴雀去追敢罪魁货首的皮卡丘…很快，小智就被烈雀们逼到溪流的上游瀑布那，竟然还有个丫头在这垂钓。小智目光搜寻的皮卡丘，却发现不远处，皮卡丘正被大嘴雀包围起来，皮卡丘胡乱放着电击，可根本击落不了这么多的大嘴雀啊。小智发现垂钓女孩的自行车，匆匆过去，将鲤鱼王丢给女孩：“拜托，帮我照看一下。”“咦？喂，你是谁，那是我的自行车…”女孩大声叫着。小智夺了脚踏车，飞快的冲向包围皮卡丘的大嘴雀群，虽然它不是很听话，但毕竟是自己带出来的呀。小智一把将皮卡丘拉上，疯狂踩着脚踏车，将烈雀大嘴雀群引离开鲤鱼王那边。天开始阴沉下来，天空雷电交错，暴雨倾盆而下，但大嘴雀群们并未离开，反而加快速度，长嘴已经够着小智背后，一个接一个的啄着…“啊…皮卡丘…你放心，我一定会保护你的…”小智死撑着，突然脚踏车被石头袢倒了，小智和皮卡丘跌落下来。大嘴雀们得意的叫着，将小智团团围住，小智用自己身体掩盖着皮卡丘，挡住大嘴雀的攻击，“别怕，我一定会保护你的…皮卡丘！”皮卡丘眼中闪烁着泪光，如果不是自己任性，如果不是自己淘气…那么就不会…“皮…卡…丘…”夹杂着愤怒、悔恨，皮卡丘使出电击，借着天空的力量…电击射向空中，引来数道落雷，狠狠劈在皮卡丘的周围……成功了，皮卡丘看着落荒而逃的大嘴雀们，又看着晕死过去的小智，终于累倒了下去…此时，天晴朗了，天空中划过一倒金灿灿的影子，小智朦胧中，又晕了过去…