小智和小霞离开了尼比市，为了到达下一个城市华蓝市，小智选择了最捷径的道路，那就是穿越月见山。而现在他们离月见山不远的地方吃着午餐，似乎很美味的样子……
“喂！喂！”小智焦头烂额的忙碌着，每到要吃饭时，身为女生的小霞竟然像个没事人样，除了等小智做好食物来吃之外根本不帮一点忙，对此，小智当然不满了啊：“拜托，小霞，你不要总是和皮卡丘他们玩嘛，也过来帮帮我嘛。”不过话说也奇怪，小霞和皮卡丘暴鲤龙亲近能让人接受，可是，原来不是很害怕虫系神奇宝贝的小霞，为什么现在和巴大蝴都这么亲热呢，弄的自己都有点搞不清这三个家伙是自己的还是小霞的了。
“能为我这种世界级的美少女做午餐，小智你应该感到荣幸才对！”小霞抱着巴大蝴一副理所当然的对小智说道，皮卡丘竟然还在一旁附和着，我这么用心做的美味神奇宝贝食物都给它吃糟了。小智抓狂了，大声吼道：“赶快给我去拿盘子！！。”“好啦好啦，小毛孩子，还发脾气！”“皮卡皮卡！”皮卡丘无奈的点点头，貌似他们两个家伙好像也是毛孩子吧？……
不一会儿，小智熬的味噌汤就完成了，小智嗅了嗅味道，突然感觉后面有人，回头一看：“额，你们不要这样吧？马上……马上就可以开动了。”小智无奈的看着小霞、皮卡丘、暴鲤龙、巴大蝴他们四个一副流口水的模样，真对他们没办法。“我说小霞。”小智一边吃着碗里的味噌汤，一边问小霞。小霞用勺子舀了一点味噌汤，递到巴大蝴的嘴巴里，然后对着小智发问：“有什么事啊？”“你不是很怕虫系神奇宝贝的吗？你见到虫系神奇宝贝应该是这样的才对啊。”小智学着在常磐森林小霞见到大针蜂时尖叫的模样。啪！一个盘子不偏不倚的砸在小智的脸上，小霞说：“哼，巴大蝴这么可爱，是例外啦，对了，小智，上次在恩佩大师面前你是不是说了什么，为什么他会知道我害怕虫呢？”“这个，这个，啊哈哈哈，我忘了。”小智缩了缩头，谁知道恩佩大叔有没有出卖我。“哼！”小霞不满的哼了声：“反正，我就是喜欢巴大蝴！要你管！”“……”小智也不敢再说什么了，要是惹怒了小霞，又得提脚踏车的事情了，还是少惹为妙。
“唉！”小智看着小霞叹了口气，她正在给暴鲤龙擦鳞片，不知道是为了不收拾餐具，还是她真的喜欢着暴鲤龙。看着暴鲤龙也很舒服的样子，小智只能感叹自己的不幸了，真的成为煮饭专业户了，无奈！收拾完后，小智将暴鲤龙巴大蝴收回宝贝球里，不能再让小霞这么宠下去了，你看看，暴鲤龙一点点杀气全都被小霞变没了。
“啊……救命啊！”突然在离月见山不远处的地方传来惊叫声，小智和小霞匆忙匆忙的赶了过去，发现一群超音蝠围攻着一个年轻人。“呀呀……是超音蝠？”小智拿出图鉴：“超音蝠，蝙蝠神奇宝贝，毒、飞行系，生活的阴暗处，怕阳光照射，所以白天一般都吊在洞穴或旧屋檐下睡觉。”小智心想：不是怕阳光的吗？怎么现在大白天的就开始活动了呢？“还在发什么呆啊，小智！快救救那个人。”小霞催促着小智，被一群超音蝠围攻感觉肯定很不好受吧。小智收回图鉴：“我知道啦，真?嗦。皮卡丘，对超音蝠他们使出电击！”皮卡丘纵身上前，发出电击将超音蝠和被超音蝠围着的那人一通乱电。“去吧，宝贝球！”这么好的机会收服神奇宝贝，小智怎么可能放过，宝贝球将一只超音蝠捕获，剩下的全逃回洞穴中去。
“好麻哦……”被电漆黑的年轻人冲上来，死死抱住小智：“太伟大了，太让我感动了，谢谢哦，谢谢你救了我，恩同再造……”“搞什么，快放开我。”这家伙想把我勒死啊？小智大声叫嚷着，被两人挤在中间的皮卡丘受不了了，直接发出电击将两个人通通撂倒。“谢谢你展现了我理想中人类与神奇宝贝之间的温馨友情。”复活过来的年轻人对小智说道，小智不明所以，疑惑问：“友情？”“是啊，就算没有神奇宝贝球啊，这人类与神奇宝贝还是能够互相了解的！”说着，他还激动的跳了起来：“遇见你们啊，我不禁被推上了感到与兴奋的最**，太阳啊，感谢你……感谢你……”“这个人好奇怪哦。”“肯定有什么毛病。”小智对小霞分析不够具体而加以补充，又对那个奇怪家伙问：“请问，超音蝠为什么要攻击你呢？它们不是夜间行动的吗？”“我是尼比市科学博物馆爱……与勇气……的研究员！”他摆的姿势的确不错啦，不过，小智想问的不是这个，而且就算他这么介绍，不还是不知道这家伙的名字吗？最多不是无业游民罢了。
“我叫李科，你们跟我来。”那个叫研究员的走进洞穴对小智他们继续说道：“你们看，这个洞穴是不是很亮呢？就像白天一样。”的确，小智也有些明白了，就是不知道是谁将洞穴弄成这样的，灯火通明。“一些奇怪的人把洞窟弄成这个样子，结果害的神奇宝贝们的生活就失去了平衡。”李科继续说着，难怪超音蝠白天就飞出洞窟，这洞窟跟外面根本没什么区别嘛。“像是派拉斯，一再的忍不住种植着香菇，穿山鼠则是干燥的快脱水，惨兮兮哦~我为了保护月见山不受破坏才这样到处巡逻的。”“哦，可是这里为什么受到破坏呢？”小霞疑问道，这也是小智想知道的。李科回身说道：“因为月亮石变的太出名了！”“哦~”小智懂了，因为月见山的月亮石出名，自然就有些人想弄到手，发笔财了咯。就在这时，一只粉红色神奇宝贝手中不知道拿着什么石头从众人附近跳过，“这是皮皮？”李科说道，“好可爱哦~”“皮皮？”小智快速的掏出图鉴：“皮皮，妖精神奇宝贝，普通系，背后有着小小的翅膀，但不具有飞行能力，据说皮皮的翅膀可以收集月光后在空中飘浮。拥有非常敏锐的听觉，可以听到1公里外针掉落的声音。”
“这可是收服的好机会。”小智拿出宝贝球准备战斗，却被李科死死抱住：“等一下！请你让它安静的生活下去吧，你能理解的哦？”“这个……”眼看皮皮逃走了，还能怎么办，只好叹口气，算了咯。“皮~”“轰~”就在刚才皮皮逃去的方向，发出皮皮的叫声。出事了？小智等人立刻赶过去，洞窟里竟然还有一群奇怪的人。“什么人！”那伙人似乎也发现了小智等人，冲他的同伴看了看。“你们是……火箭队的吗？”小智惊讶道，这些人不是武藏小次郎喵喵三人组，但是他们穿的衣服上也印正和那三人组同样的R字标志，所以小智才会这样疑问。“呵呵，你们竟然知道我们火箭队？”那个人冷笑着说着，他们4人奉老大的命令前来找寻传说中神秘的化石，听闻这些化石与皮皮有某些关联，正当他们无头绪时，一只皮皮主动送上门了。“快放开皮皮！”李科急忙冲向前说道，如果不是他的腿在发颤，小智真的得佩服这个家伙了。其中一个火箭队对后面的老头说道：“柠，先带着博士和皮皮寻找化石，这里让我和楠会应付！”“是”那个叫柠的挟着皮皮和那个老头朝洞窟深处逃去。“休想逃跑！去吧，超音蝠。”小智大声喝道，将超音蝠放出来。那个最先发话的栏住想追去的小智：“小鬼你的对手是我！上吧，大嘴蝠，用翅膀攻击！”那个叫楠会的也拿出自己的神奇宝贝――拉达。小霞也拿出宝石海星前来帮忙。
“小鬼，记住了，我是火箭队八干部之一胜思！”那个火箭队看着已经倒地的超音蝠，对小智说道，以为这伙人会很厉害，没想到这么菜：“楠会，我们走，大嘴蝠用黑雾！”趁着黑雾，那个所谓的火箭队干部胜思和火箭队成员楠会快速的离开。
雾散后，“可恶！”小智将超音蝠收回，心里总有种不好的感觉，这些人肯定要干什么坏事，绝对不能让他们得逞，转过身对李科道：“我们要去追那些你，你去么？”“恩，我去，我一定要救出皮皮！”李科点点头，他为自己拖后腿感到十分抱歉，但这也不是他想要的。“那我们走！”小智和皮卡丘第一个冲进去，小霞和李科紧跟在后。洞穴里没有多少岔路，加上原本就灯火通明，小智根本不担心会迷路，他只是担心火箭队那些人会不会伤害皮皮。
不知道追了多久，洞窟中传来一个大笑的声音，“哈哈哈，终于找到了，终于找到了。这不是月亮石，这是真的化石，我们的计划就快要实现了，哈哈……”小智听到这个声音惊讶的道：”是火箭队他们！他们找到了什么？快……”说完，一马当先的冲过去，洞窟里竟然还有另一个露天洞穴，果然，火箭队的四个人围在一起，皮皮被丢弃在一边。“住手吧，火箭队！不管你们要干什么，我都不会让你们如愿以偿的！”小智的吼声引起了胜思等人的注意，“又是你？”胜思皱着眉说：“真是不学乖的小鬼，刚才教训的还不够吗？还敢来？”小智没理会他，对身边的小霞说道：“小霞，皮皮就拜托你了。”“恩，放心，你也要当心哦！”小霞担心的说道，毕竟小智成为训练家不过才一个月，他的对手可是邪恶组织火箭队的干部呀。“就决定是你了，暴鲤龙！皮卡丘，你也上！”小智也知道对手的实力在自己之上，自己的胜算很小，他一点也不敢轻敌，慎重的拿出两只对付他。胜思并没打算自己亲自动手，而是对身边的两个人命令道：“这里交给你们两个了，我和博士带着这三块化石先行一步离开。”“是！”从空中飞来一架黑色的直升飞机，似乎是火箭队接应的人。
“想逃吗？暴鲤龙用破坏死光！皮卡丘用电击！”小智不知道他们拿了是什么玩意，估计应该很值钱吧，如果抢过来，说不定能……嘿嘿！火箭队两个队员派出的是两只硕壮的拉达，被暴鲤龙一招秒掉一个，另一个也被皮卡丘的电击命中，虽然不足致命，但效果也算是不错了。趁着有两个队员拖延时间，胜思和古怪的博士已经攀上了直升机丢下的梯子。任务似乎成功了。胜思送了口气，在八干部中，他排行最后一名，如果这次任务得到老大的认同，应该很快能超过他们吧，沉醉在升级喜悦中的胜思没发现小智已经冲了过来，“超音蝠，用吸血！”小智丢出宝贝球，超音蝠一口咬在胜思的手臂上，胜思吃痛，手臂送了开来，他手中的三块化石有一块掉落了下来。“可恶，混蛋！”胜思怒骂道，那两个没用的东西竟然这么快被打败了。“算了，别管了，我们先撤。”古怪的博士发话了，胜思也不再骂了，盯着小智，心中怒火再次升起：小鬼，下次见到你，非要好好教训你不可！等着吧！
火箭队的直升机离开了，所幸皮皮没有受到伤，还有……这个。小智将胜思不小心掉落下来的化石拾起来，交给李科：“这个是什么啊？为什么火箭队想要得到这个？”李科接过化石，扶了扶眼睛，惊讶叫道：“这个？这个是传说中已经灭绝的神奇宝贝的化石神秘琥珀呀？为什么会在里？难道千年之前，这座山的原形是海洋吗？太神奇了，这可是一大发现啊！太好了！”“灭绝了的神奇宝贝？那会是什么啊？”小智问道，李科摇摇头：“我也说不清楚，这样吧，小智你将这块化石带着，将它交给红莲岛的一个名叫李铭的博士，他是我的父亲，到时候你就会知道了。”“哦……那你呢？”“我想，那些火箭队取的化石肯定有什么阴谋，我必须将这事通知警方，之后呢，我就会呆在月见山，保护着皮皮同时进行对月见山化石的研究，也许还能发现更多更多的化石，更多更多不为人知的秘密呢!神奇宝贝，简直太伟大了……”小智无奈的看着陷入陶醉中的李科，不过灭绝的神奇宝贝究竟是什么呢，这个小智很感兴趣，于是收下神秘琥珀，也许这一切，到达红莲岛就可以解开了吧！
火箭队的直升机去哪了呢？不错，是红莲岛，他们夺了化石复活器将在月见山找到的化石复活了……“笨蛋！”常磐市经常关门的道馆里面，一个穿着西服的中年人大声训斥着，旁边的猫老大懒洋洋的靠在沙发上，中年人下面跪着三个火箭队成员，正是胜思等人。“笨蛋，不是这两个废物东西！”中年人指着被复活的化石盔和菊石兽说道：“你身为火箭队干部竟然被一个毛头小子抢走了重要的琥珀化石，你说你还有什么用！”“对……对不起，老大。”胜思跪在下面冷汗不停的流着。原来中年人就是火箭队的头目板木老大！！“那还不快去夺回来！废物。”板木怒道。“可是……老大，现在警方和联盟会的那些人都盯上我们了，属下怕……”“什么！”板木冷静了下来：“这些联盟会的就是吃饱了撑的，但是现在我们还不足以和他们抗衡，先停停吧，估计很快联盟委员会的达马岚其就会找到我了吧。恩，去，将武藏小次郎喵喵三个家伙给我叫来，这件事就交给他们折腾去吧！”“是！”……“喂，老大？您找我们？”武藏小心翼翼的在底下问板木老大，板木已经很长时间没找过他们了，是不是见自己没什么作为要裁员啊？“有任务交给你们！”板木闭着眼，轻轻抚摸着猫老大，这让底下的喵喵好生羡慕。板木看见这三个蠢货心里就气，尽给自己惹麻烦，进入火箭队时间挺长的，但一直都没什么作为，要不是怕其他队员寒心，早就让他们滚蛋了。“任务？”武藏和小次郎有点惊讶，这是不是说老大开始重视我们了呢？两个人感动的眼泪哗哗的流出来，板木让胜思将化石盔和菊石兽分别交给武藏和小次郎，简介的说：“任务很简单！将那个叫小智的家伙手中的化石抢回来就可以了，到时候我会将干部职位升到十个的！”“那就是……？我们也可以当火箭队干部了？太谢谢您了老大，我们保证完成任务！”武藏小次郎喵喵信誓旦旦的说道。板木冷笑一声，一挥手，便不再理睬他们三人。
武藏小次郎喵喵离开基地，商议道：“老大这么重视我们，我们一定不能辜负老大的期望啊！”“那个叫小智的家伙就是我们上次见到过的吧？太好了，正好将他的神奇宝贝一网打尽，献给老大！”“那样，我们升职当干部不再是梦想了！太好了！”“胜思干部好像说过小鬼头他们已经到华蓝市了吧？事不宜迟，我们马上去发，喵！”“走！升级当干部！感觉好帮哟~~”\');