刘云在突破之后，开始把变形金刚一族的能量控制方式应用到他的舰队中来。
首先，他要完善正在研制中的“轩辕机甲”，以前由于没掌握变形金刚的能量控制方式，以及变形的秘诀，因此机甲的动作相对迟缓，而且没法变形。而现在，刘云已经站在元始金刚这样的高度去俯瞰变形金刚，自然是一览众山小，对轩辕机甲的改进是轻而易举。
现在，刘云只需心念一动，将一股类似火种源的能量灌输到轩辕机甲之中，然后再对结构进行一番调整——这样，一台全新的轩辕机甲形成了！新的轩辕机甲不仅拥有变形金刚般的灵活性和速度，而且由于材料缘故，强度和密度都极高，举手投足都有千钧之力（不要担心重力，因为反重力技术已经解决了这个问题），除此之外，轩辕机甲还拥有两种变形！第一可以变形成一辆坦克，第二可以变形成一架战机。由于火种能量与机甲结构融合之后，这部分质量不受普通惯性的约束，显得很轻，所以灵活性不是问题。和变形金刚相比，轩辕机甲的一大优势是能量非常充足！变形金刚只能用火种能量块，而轩辕机甲则可以直接使用密度超高的通用能量晶体，能源几乎无尽！
于是，刘云决定将这种轩辕机甲定为日后星际陆战队的行星战单兵，在行星之上爆发小规模战争，轩辕机甲将会大显身手。
不过，梅青和朱小妍对轩辕机甲的“男式”外形感到不满，认为没有女式机甲是对她们的一种蔑视，于是，她们修改了外形，设计出一种“新的”机甲——玄女机甲。其实，刘云看来这只是换汤不换药，而且战斗力还略微下降，不过若是女兵喜欢那就由她们吧。
刘云也把新的能量控制技术应用到舰队上，那就是可以组装成庞大“卫星要塞”的船坞母舰。现在，新的船坞母舰已经可以像变形金刚那样在很短时间内组装成威力强大的卫星要塞，而且也能在短时间内拆分为个体，这样的话，战斗方式将变得无比灵活！
于是，刘云再利用他的心神，在短时间内生产了三千多艘新型船坞母舰，可以组装成三颗卫星要塞。当然，如果利用息壤核心生产，速度远没有那么快，生产周期还需四个多月，但现在刘云已经掌握相当于“准圣”的强大能量，这样做自然没有问题，而且还可以练习一下功法，稍微增进修为，真是一举两得。
六天之后，堕落金刚的“阿库斯战舰”，终于载着数万霸天虎士兵来到赛博坦星系！
“啊！赛博坦！十万年了，我终于重新回到赛博坦！”堕落金刚站在舰桥上，一脸感慨地看着远处的赛博坦行星，行星表面仍然满目疮痍，这是大战后的痕迹。
忽然，堕落金刚看出赛博坦有些异样：“怎么回事，赛博坦的表面发出一层淡淡的红光？难道赛博坦恢复能量了？哈哈，真是天助我也，赛博坦本身有了能源，再加上我的阿库斯战舰，我一定能重建赛博坦！”
威震天忽然颇为煞风景地提醒道：“主人，地球那伙人拥有一支庞大的星际舰队，他们会不会追到赛博坦来？”
“星际舰队？”堕落金刚不屑地哼了一声，“落后的地球人能有什么星际舰队？他们那种初级战舰，最多只能在恒星系外晃悠，我才不信他们能越过一万多光年来到赛博坦。”
不过，堕落金刚错了，大大的错了。就在阿库斯战舰刚刚在赛博坦行星上登陆时，恒星系的外围忽然出现一连串的虫洞——一支庞大的舰队陡然从虫洞中出来，将赛博坦包围了！
原来，刘云探查到堕落金刚即将到来，便把舰队藏到附近的恒星，等霸天虎们大意地降落到赛博坦之后再突然出现，打了他们一个措手不及！本来，如果要占据一个恒星系，那么应该马上建造虫洞抑制器，防止敌方战舰突然出现在恒星系内，这样就可以御敌国门之外，但堕落金刚他们根本想不到刘云会追过来，而且赶在他们之前到达赛博坦，哪有时间设立什么虫洞抑制器？
“嘟！嘟！——”此时，阿库斯战舰内警报声大起，堕落金刚猛地回头，怒喝道：“怎么回事？难道有敌人？！”
红蜘蛛跌跌撞撞地跑进来，道：“报告主人，我们被包围了！两万多艘战舰包围了整个赛博坦行星，还有六个巨大的机器停在赛博坦远轨道上，炮口正瞄准我们！”
此时，阿库斯战舰上接收到一个通讯信号：“狂派变形金刚听好了！我们是地球舰队与博派陆战队联军，你们已经被包围了，立即投降！否则我们会把你的战舰撕成碎片！”
“可恶！堕落金刚的字典里没有‘投降’二字！启动护盾，给我全速突围！”堕落金刚咬牙切齿地下了命令，他认为，阿库斯战舰的护盾和装甲非常坚固，远远超过一级战舰，只要全力突围，敌人是挡不住的。
“隆！隆！……”巨大的阿库斯战舰迅速升空，全速启动发动机，向外太空飞去。但是，这时刘云已经下令开火了！
“中子炮——开火！”
“轰！轰！轰！……”六个巨大的卫星要塞开火了，这可不是激光炮，而是无视护盾的中子炮！
“轰隆！——”强力的中子瞬间穿透阿库斯战舰的护盾，直接轰击在装甲之上，甚至穿透装甲，直接伤害战舰的内部结构！这时候，阿库斯战舰还没加速起来，自然容易被击中，但堕落金刚没想到敌人竟然有中子炮！
“哐当！哐当！……”此时，阿库斯战舰已有多处损坏了，到处都有机械损毁的声音，霸天虎新兵们惨呼起来，弄得军心惶惶。眼看阿库斯战舰就撑不住了！
此时，堕落金刚忽然痛下决心，扳动一个秘密阀门！“暗黑能量，释放！——”此时，战舰的能源核心顿时释放出一股庞大而邪恶的暗黑能量，瞬间把整艘船吞噬，战舰里面许多霸天虎新兵承受不了狂暴的暗黑能量而死去，只有其中的顽强坚定者才能存活。而这股黑暗能量释放之后，迅速稳定了战舰的伤势，此时，堕落金刚当机立断，猛然加速，眼看着战舰就要冲出包围圈！
与此同时，刘云正在其中一颗卫星要塞上面，看戏一般看着那艘强大的阿库斯战舰跌跌撞撞地逃出来。本来刘云打算第一轮中子炮击就瘫痪掉战舰，然后再群起攻之摧毁掉的，但没想到这艘阿库斯战舰的坚固程度仍然超乎想象，而里面的指挥官——堕落金刚也有他的底牌，暗黑能量，如果不采取措施，敌人很可能逃掉！
就在这时，刘云嘴角忽然露出一丝自信的笑容，淡然道：“如果在一个星期前，我可能拦不住你，但我已经学会元始金刚的手段——空间壁障，禁锢！——”
“当！——”刘云瞬间出手了，顿时，一个直径多达三百公里的亮银色球体瞬间形成，直接将阿库斯战舰笼罩在内！这就是空间壁障，不是什么力场形成的势垒，不是随随便便就能穿过去的，除非被困者的能量足以破开空间！
“轰！——”一声巨响，阿库斯战舰一头撞在空间壁障之上，整个头部都撞得变形了！不过，刘云凝聚的空间壁障也有些许晃动，刘云皱了皱眉，叹道：“看来修为还不够深啊，以后得多加练习。”
此时，阿库斯战舰里的堕落金刚、威震天等人已经被震得七荤八素，低级的霸天虎已经晕倒一大片，这时正是俘虏整艘战舰的好时机！刘云立即下令道：“一百艘战列舰围上去，把阿库斯战舰活活困住，陆战队准备开始接舷战，我要俘虏这艘战舰！”于是，刘云把空间壁障的区域迅速缩小，缩到堪堪包围住战舰，这时的空间壁障要坚固多了，再也不用担心堕落金刚他们逃跑。
“哐！哐！——”一艘艘战列舰将堕落金刚的阿库斯战舰围了个水泄不通，然后“任意门”开启，将汽车人陆战队传送到参与接舷战的战列舰上，这时候各战列舰出动切割机，直接在阿库斯战舰上打洞，然后，数以千计的汽车人陆战队涌进阿库斯战舰！
这数千的汽车人是回到赛博坦之后擎天柱召集的，变形金刚撤离赛博坦之时，可远远不止来到地球这么点人口，还有更多的变形金刚流落宇宙，现在他们被擎天柱召集起来，获得充足的能量补给，重新形成一支军队！
“汽车人，出发！——”擎天柱喊出他的“口头禅”，带领汽车人军队发动进攻！此时的擎天柱，已经装上一组飞行配件，外形就像《变形金刚2》末尾擎天柱与天火的组合，而且战斗力大增！当然天火也在队伍之中发动冲锋，并没有死。
“霸天虎们，你们为了自己的野心，悍然发动战争，毁灭了我们的家园，甚至毁掉我们的恒星，你们要为你们的罪行付出代价！”擎天柱大喝一声，“轰”地一炮轰碎扑过来的一个霸天虎士兵，抽出战斧，杀进敌阵之中。这时，阿库斯战舰上的霸天虎军队已经节节败退。
战斗正激烈进行着，忽然，堕落金刚和威震天从被震晕的状态中恢复过来，眼看着自己的军队被汽车人杀得节节败退，顿时气得发疯。威震天陡然发现擎天柱的身影，怒道：“擎天柱，你们趁人之危，我和你没完！杀！——”于是，暴怒的威震天冲过去和擎天柱战成一团。而堕落金刚也抽出自己的武器“权杖”，不断挥舞着，收割着汽车人的生命。这根权杖可不仅仅是一根棍子，而是蕴含邪恶暗黑能量的恐怖武器，堕落金刚只需狠狠地把权杖捅进汽车人的身体里，毁灭性的暗黑能量就会瞬间吞噬汽车人的生命。
“住手！——”擎天柱见不得堕落金刚如此杀害自己的战友，于是撇下威震天，转过去迎战堕落金刚，但威震天也杀了过来，一边喝道：“你的对手是我！”于是，擎天柱同时面对两个BOSS级的对手，一时间落入下风。
此时，正在卫星要塞上的刘云看到战局，忽然提议道：“我们是不是该上场了？也正好试试轩辕机甲的威力。”
“好啊！我等这个时候太久了！”白万松迫不及待，急忙进入一台轩辕机甲，开启任意门杀向战场。
“哼！别忘了还有我们的玄女机甲！”梅青和朱小妍两位不愿意了，干嘛只提男式机甲，而不提她们的玄女机甲。于是，这两位女士也不甘落后，驾驶着自己的机甲也杀了过去。
刘云笑了笑，也走进一台轩辕机甲的控制室，加入战局。不过他有些遗憾地道：“可惜了，只有我们四个地球人，这战斗基本上还是变形金刚的内战。”说罢，刘云一挥手，顿时，一个小型虫洞直接出现他面前，而这个虫洞直接通往BOSS的主战场——擎天柱和堕落金刚、威震天战斗的地方！虽然阿库斯战舰的空间里是有虫洞抑制器的，但那只能抑制一般机器产生的虫洞，而刘云直接凝聚出的虫洞并不受此限制。所以，白万松他们必须从战场外围杀进去，而刘云却能直接杀入核心！
与此同时，擎天柱已经左支右绌。“轰！”威震天一炮轰向擎天柱，擎天柱竭力躲闪，但背部的机翼（新装的）仍然被打掉了一半，此时，堕落金刚的权杖已经刺了过来！
擎天柱紧急之间抽出战斧抵挡，但是，威震天也抽出邪恶的利剑，向擎天柱的背部刺了过去！
“死吧！擎天柱，你终于死在我的手上，哼哈哈哈！”威震天忍不住狂笑起来。
“轰隆！——”就在此时，一声巨响传来，只见一个高大的“变形金刚”轰然破开墙壁，直接闯了进来！
“以二敌一算什么好汉！”刘云大喝一声，挥动轩辕机甲手中的激光炮，“啾！”地向威震天胸口轰去！刘云并没有使用他心神的能量，那样就体现不出纯粹轩辕机甲的战斗力了，他就是要实际测试这台机甲的威力。
“啊！——”威震天痛苦地惨叫起来，他的胸口焦黑一片，刚才那一炮激光，确实严重伤到了他！“暗黑能量，修复！”威震天痛苦地调动暗黑能量，要修复自己的伤势。但刘云可不给他这个机会，趁势冲撞了过去！
“轰！”轩辕机甲利用自身的高密度、高重量，猛然撞飞威震天，直接拖着威震天向墙壁撞去！“轰隆！——”钢铁碎片纷飞，威震天被这么一撞再次弄得七荤八素。
与此同时，擎天柱的压力顿时减轻了，得以专心和堕落金刚战斗。他也不是庸手，现在已经调整过来，甚至已经潜力爆发，战斗力陡增！
“你背叛了你的兄弟！”擎天柱狠狠地一拳打在堕落金刚脸上，一边控诉着他的罪行。“你背叛了创始神，他把你创造出来，你却第一个投向黑暗，把黑暗带到赛博坦！”
“撕下你虚伪的面具！”忽然，擎天柱的战斧变形成利剑，“嗤！”地划破堕落金刚的脸面和面具，然后，“咔嚓”一声，这面具竟然硬生生被擎天柱撕下来！要知道，这面具已经和堕落金刚的面孔融为一体，硬生生撕下来那是多么大的痛苦！
“为你的兄弟偿命！”擎天柱大喝一声，“轰”地一拳从堕落金刚的背部穿了过去，竟然直接穿透胸膛，抓住堕落金刚的灵魂火种！“咔嚓！”一声，堕落金刚的灵魂火种被捏成碎片！“成王——败寇！”随着擎天柱的拳头猛地一握，从此，堕落金刚消失了。
而刘云这边，战斗也即将结束。刚才那段时间刘云并没有在打，他已经打晕威震天，现在要费力地把威震天弄醒来。忽然，刘云打开驾驶舱，整个人露了出来。此时，威震天也正好醒来，看到刘云的面孔，惊呼道：“我见过你，卑鄙的小人，你竟然拿我的身体做研究，我要杀了你！”忽然，威震天意识到一件事——眼前这个地球人竟然打开驾驶舱，走出机甲！“他难道不知道自己的身体无比脆弱，失去了机器也敢和我对战？哼，这是你自己找死！”
忽然，威震天猛然发难，想要一掌拍死刘云，但是，下一瞬间，他就惊骇地发现，自己竟然动弹不得！此时，刘云跃上威震天的身体，笑道：“威震天先生，我想你估计错一件事情，我的机甲确实很强，但我个人的实力更是远远超过机甲，甚至要直逼你们的始祖——元始金刚！不好意思，跟你说了那么多废话，现在你可以去死了。”说罢，刘云手中忽然凝聚出一根犀利的能量长矛，猛然向威震天胸口刺去！“噗！——”威震天的灵魂火种被击碎了，从此，威震天也消失了。
此时，霸天虎残军失去两位领导人，顿时纷纷投降。于是，持续无数万年的博、狂两派战争，终于结束了！而刘云也获得了他想要的东西——阿库斯战舰，他要仔细研究这艘战舰，然后把这里的先进技术应用到自己的舰队中去。