广东之乱被迅速平定，清廷再次面临奖赏第五镇及龙谦的难局。慈禧在接到军机处奏报后明确指示要给予奖赏，但在军机处看来第五镇平乱也忒容易了些，大兵一路推过去，就是简单的行军，只是在灵山打了不大不小的一仗，消灭了作乱的赵声叛军，巨寇黄兴潜逃不知所终，战事便结束了。这未免也太轻巧了些，而且结局算不上十分圆满。而龙谦借赵声之叛编遣广东两个费尽力气组建的新军标，更是典型的嚣张跋扈行为。
由于铁良等人的宣传，军机处的满大臣中除了吃人嘴短的奕劻外，都对龙谦有了很深的戒心。世续受了铁良的影响，在军机会议上大肆诋毁第五镇的战功，抓住龙谦办理郭人漳及解散广东新军诸事的中的跋扈之举，认为广州将军孚琦昏聩软弱，周馥放纵龙谦，有结党营私之嫌。第五镇不仅不予奖赏，应下旨切责，并将龙谦广东提督及第五镇统制官撤销，调其回中枢另行安置。
汉大臣中，已经进入军机处的张之洞是主张重赏第五镇的。张之洞不仅办实业是好手，练兵也不外行，在彰德秋操中锋芒毕露的湖北新军第八镇即是他一手所建。他对那桐、世续等反对重赏第五镇的军机们说，可不要小看走路，能走的兵八成能打，但不能走的兵肯定不能打。第五镇酷暑行军，进军神速，部署周详，即便是跑了一个黄兴。也不能掩其功劳。若是乱党易平，又何必调第五镇南下？不给奖赏，恐至将士寒心。至于编遣广东新军，换做自己，也会这样做，出了赵声那样的大乱子，难道还不应当防范于未然吗？
丢掉军权主管外交事务的新晋军机袁世凯赞同张之洞奖赏第五镇的意见，他认为龙谦在广东有功无过，当然应予奖赏。但鉴于其在山东的成绩，证明龙谦此人在民政上甚为擅长。建议授予龙谦广东巡抚之职。委其治理广东民政之全权。当然，第五镇统制官和广东提督当然是不能再兼任了，可择贤能接替龙谦的军职。他接着推荐了人选，闻说龙谦手下协统周毅资格老且得军心。可委其署理第五镇统制。至于广东提督嘛。那里本来就有一个水师提督李准，可由李准代理。
袁世凯称赞龙谦并建议为其升官，当然没怀什么好意。纯属为自己着想。
但袁世凯的意见得到了那桐的赞赏，认为是老成谋国之言。
跟天高皇帝远的龙谦相比，老袁的日子不太好过。他有些担心身体每况愈下的慈禧晏驾之后朝局的走向，如果同样是病歪歪的光绪收回君上大权，他很可能完蛋了，甚至连性命都保不住。因为他不止一次听说了光绪因戊戌之变深恨自己。这种痛恨导致了保皇党和清流们对他的痛恨，更影响了迅速崛起羽翼正在丰满的年轻一带权贵们，比如进入军机处学习行走的光绪胞弟醇亲王载沣。所以，这段时间袁世凯的主要精力是做他的本职工作，加强了与外国使节们的来往，特别是英国人，更是他刻意结交的对象。他坚定地认为，在帝国的皇位传承一事上，列强有着不容忽视的发言权。这一点在庚子年已经被证明过了。而在诸多的列强中，大英帝国的声音是最雄壮的。英国人的一贯做法就是寻找代言人，比起锋芒毕露咄咄逼人的载沣铁良溥伟等人，自己无疑是更为合适的人选。至于军事工作，既然你们猜疑龙谦，那我就配合好了。其实，袁世凯借机干掉龙谦很大程度出于私心，他从一系列的事件中分析，认为第五镇的战力绝对不次于他一手练就的北洋精兵，如果在兵力相同的情况下，他的部队并无战而胜之的把握。特别是他在获知第五镇一举平定粤西之乱后给契兄徐世昌的一封私信中便坦言第五镇实乃宇内精锐第一，即便是有北洋第一之称的第三镇怕是也难以相比。朝廷那些糊涂蛋现在才意识到龙谦的威胁已经晚了，第五镇羽翼已丰，将来与我北洋争雄者，必是龙谦无疑。
现在有了夺其军权的机会，老袁自然不会放过。
袁世凯还知道，因为王怀庆在山东干的很糟糕，彻底辜负了铁良的希望，因此更加加重了铁良一系少壮派满洲权贵对于龙谦势力的担忧。此时借封赏第五镇战功将龙谦来一个明升暗降，是符合铁良等人的意愿的。由此激化龙谦与中枢的关系对自己有百利无一害，正好可以让朝廷将注意力转移到山东及远在广东的第五镇身上，说不得还得让自己来掌管陆军部呢。
至于提议周毅接替龙谦，则是袁世凯的一个秘密。当初彰德秋操见过此人后安排段香岩笼络于他，此人贪财，接受了第一笔不大不小的好处。有了开头就好办了。后来曹锟密报周毅的内兄就在自己手下，因其内兄与龙谦有杀父之仇，多年来一直耿耿。袁世凯大喜，于是密令段芝贵全权运作此事。除了北洋极少数几人，无人知道他和龙谦手下大将有着暗地里的来往。
如果周毅能接掌第五镇，或许能将这支精锐带入北洋系也说不定。那是多大的收益？一百万？便是一千万也值得。当然袁世凯拿不出一千万白银。但如果第五镇倒向北洋，袁世凯的地位将彻底改变确实不须怀疑的事实。
但张之洞和奕劻都不同意袁世凯的意见。张之洞的理由很简单，广东不设巡抚已是成例，现在授龙谦巡抚之职必然叠床架屋，令其生疑。何况此人一直带兵，不习民政，恐有不妥。奕劻则干脆说出了为不使第五镇生乱，龙谦第五镇统制一职绝不可免掉。
担心免掉龙谦军职会使第五镇出乱子是两位重臣共同的理由，张之洞说的委婉。奕劻则很直接。张之洞是出于公心，奕劻则出于私利。因为正在上升的满洲权贵们几乎一致认为奕劻昏庸贪腐，不遗余力地抓住一起机会攻击奕劻。奕劻认为，有龙谦领军在外，自己的位子反而安全的多。
议到这里，话题就很沉重了。免掉龙谦会不会出现叛乱？谁也不好说。现成的例子摆在这里，袁世凯就是。如今老袁虽然被逐出了新军，但其影响犹在。接管了新军指挥权的铁良、良弼都感觉到新军将佐中还是以老袁的眼色行事。而直接管军的满洲老将军凤山干脆说，除了第一镇外，其余诸镇根本就指挥不动。除非将段祺瑞、冯国璋、吴凤岭、王占元、赵国贤、段芝贵、李纯、曹锟、陈光远等一帮大将全部赶走。否则北洋四镇还是老袁说了算。
段、冯、吴、赵、王等都是北洋军骨干，怎么能一下子全部免掉？那不是开玩笑吗？现实就残酷地摆在面前，军机处不得不正视这个现实了。所以，袁世凯的意见被搁置。不再计议就此免掉龙谦军权。但也不给龙谦升官了。既然太后要赏，那就给点银子好了。
于是，军机处拿出了呈报慈禧的意见：授龙谦三等伯。赏银2000两；奖赏第五镇官兵有功官佐白银两万两。
上奏慈禧，慈禧基本表示同意，但说上次给龙谦个人万两银子，这次却降至两千两，不妥，还是按湘赣成例办吧。慈禧虽然身体不好了，但脑子还是很清楚，要军机处下旨切责广州将军孚琦。当然是因为其工作不力，若是广东军力足以平定乱党，何必调第五镇南下？同时，慈禧对面奏的奕劻及张之洞说，第五镇是不是要调出来？调到哪里为好，要军机处妥为筹议。
奕劻感到老太后已经对龙谦生疑了。上次她还关注对龙谦个人的封赏，这次却比较冷淡。从一等子到三等伯其实没什么意思，这不是开国之初了，没有人将不值钱的爵位当回事了，尤其是手握实权的疆臣们。看看吧，老佛爷竟然提出要考虑将第五镇调出来，这不是一个明确的信号吗？
其实，慈禧最近的注意力已经从广东移开了。当她得知灵山一战击破了黄兴主力后便放了心，不再关注粤西战事了。对于军事，慈禧也说不清从什么时候就对龙谦有了极大的信心。觉着只要有龙谦在前敌指挥，军事上就万无一失了。对于铁良等人的顾虑，慈禧心如明镜。第五镇已经是一支不容小视的军事存在，这显然不符合朝廷长治久安的利益。但第五镇卖力清剿乱党又是不容诋毁的事实，所以，慈禧必须好好想一想如何解决潜在的威胁了。最好的办法当然是将这支精兵抓在朝廷手里。历史上的经验教训摆在那里，晚唐及五代藩镇割据的教训，宋代控制军权致使将不知兵导致亡国的教训，让慈禧郁闷异常。广东是个要紧的所在，第五镇留在广东不过是权宜之计，最好的办法是将第五镇调回，将龙谦调至中枢，离开他一手打造的第五镇，那样的话，龙谦得以保全，因第五镇为其一手所建，这支军队的忠诚度也提高了，两面都好。慈禧并不想除掉龙谦，相比袁世凯，慈禧似乎更信任龙谦一些。人才难得，没有什么大错便罢免其官职慈禧是不考虑的，但该给他一个什么位子呢？慈禧却没想好。而且，第五镇的驻防之地也颇费踌躇，山东是不能回的，到哪里为好？慈禧还要仔细想一想。
慈禧目前的难题已经不是广东乱党举事了。她遇到了比同盟会更为棘手的问题。那便是自徐锡麟秋瑾案件带来的影响。几乎全国的舆论都在谴责朝廷，指责朝廷活剖人心的残暴，指责朝廷秘密杀害了秋瑾却推脱被同党所救。一时间舆论汹汹，联系起朝廷立宪步骤之迟缓，让朝廷几乎没有辩解之处。以《申报》为首的民办报纸抓住徐秋案件不放，“绍兴明道女学堂教习秋瑾女士曾至日本留学，程度颇高。近被人指为徐锡麟党羽，遂被拿获，秘密处死，官府为掩人耳目，竟然诬为同党所救。闻者莫不懔懔。”
“懔懔”二字包含了彻骨的愤懑。
民办报纸咬住了“无辜诛连”不放，进而指责朝廷在预备立宪中承诺的一切民主权利都是欺骗民众。说什么私通乱党？秋瑾通哪一乱党？私藏武器？焉知不是官府之栽赃？哪有明知道官府来抓，还将武器藏在身上的？
朝廷掌握的《京报》《政治官报》等报纸所做的辩解苍白无力，又拿不出秋瑾被劫狱的确凿证明，朝廷极为被动。习惯了“牧民”思维的满清朝廷第一次真正领略了舆论的威力。
浙江巡抚张曾敭感到了恐惧。面对绍兴知府该如何办的请示，巡抚衙门竟然回电让绍兴知府贵福自己想办法。无奈之下，贵福只好公布了秋瑾的供词，目的是证明秋瑾并不是冤枉的，冤枉的是他们自己——秋瑾早已被人劫走了嘛。
尽管公布了供词，但舆论就是不相信，竟然说是朝廷伪造的，还说什么秋瑾诗文何等的雄厉？其言辞何等的痛快？哪里像供词那样唯唯诺诺？
绍兴府又公示了山阴县有关人员的证词及遇害牢头刘七家属的证词，证明秋瑾确已被同党所救，一样被民办报纸驳斥的体无完肤，连铁板钉钉的事实也成了漏洞百出的谎言。
被舆论斥之为禽兽的浙江巡抚张曾敭称病不出，他是没法子在浙江干了，朝廷将其调往江苏。没想到江苏教育总会和以张謇为首的预备立宪公会立即发起了猛烈的驱张运动，说江苏乃一片净土，决不能藏污纳垢。朝廷无奈，只好将张曾敭再次调动，调往相对平静的山西，不久即被免职。
积极主张速杀秋瑾的绍兴知府贵福也被免职，根本不敢在浙江居住，迁往他地，自满清覆灭，此人不得不更换姓名，还是被警察部门追查出来，以数项罪名蹲了十几年大狱，最终病死狱中。
很难相信在那个时代民间舆论有如此的威力。但这都是史实。
事件的背后是慈禧极大的愤怒。处分浙江相关人员也就是题中应有之意了。哪怕真是杀了秋瑾，也比现在好。杀人算什么事？满清定鼎中原，杀了多少人？怎么现在搞成了这个样子？后来，中枢对秋瑾究竟死了没有都表示怀疑了。这件事满清朝廷真是比窦娥还冤。
慈禧知道徐秋案件已经在东南掀起了反清的，偏偏朝廷束手无策，她决定在政治上进行鼎革，以挽救垂危万分的大清王朝，龙谦与第五镇的安置比起东南局势，显然就可以缓办了。至少龙谦目前还是忠于自己的。