ecco军队与a国军队向母巢发动的进攻被聚集在母巢前的巨兽抵挡，其建造的五个等离子聚能炮台已经被毁其二，胜利的天平正朝母巢一方倾斜。
与此同时，距离母巢中心战场仅两千米的一所废弃建筑里，晨曦，余承男，薇奇安，洛里斯，杰塔五人，正在关注着整场战事的一举一动，作为一支奇兵的存在，他们的目的就是如尖刀利刃般给予母巢致命的一击，他们五人正等待着最佳机会的来临。经由之前黑天的记忆，他们五人都知道母巢的薄弱之处就是其身上长出的三只触手，他们不能把这样的情报告诉ecco，只能靠自己来完成这任务。
就在这时，负责通讯的杰塔收到了来自地湖庄园的紧急讯息。地湖庄园此时已经成为余承男等人的后方大本营，两个月以来一直凭借先进的监视系统为他们提供光辉市的最新情况，而负责地湖庄园所有通讯方面事务的正是织田真刚的女儿，织田美嘉，地湖庄园的监视系统均由织田美嘉负责建立，在这方面的才能，连受过军事专业训练的杰塔都自愧不如，可见织田美嘉天分之高。
织田美嘉清丽的脸部出现在杰塔的战术通讯仪上。这种便携式的通讯器约有一个手提电脑般大小，功能齐全，而且能提供多方战术支持，是织田美嘉与杰塔合力将原来ecco的通讯器改装而出。
“诸位，我刚接收到韩梅少校发来的紧急求助讯息。ecco的五大炮台已经损失其中两个，现在处境十分危险，她希望我方能立刻加入战场，进行扭转局势。”
洛里斯担心的道：“局势确实对我们非常不利，母巢前的巨兽已经开始向ecco进攻，若所有的炮台阵地都损失，那么ecco很可能会退出光辉市，事不宜迟，我认为我们应该行动了。”洛里斯终究是军人出身，对战机的把握与判断均很精准，相比之下，余承男，薇奇安虽具有龙魂之力，但始终还是一个平民出身，对这方面的认知就差了很多。
织田美嘉道：“我已经向你们的通讯仪上标注了一条前往母巢最快的道路，勇士们，光辉市就看你们的了。我会在地湖庄园为你们提供一切支持。”
终于到了行动的时候。
晨曦望向洛里斯与杰塔，说道：“洛里斯，杰塔，你们留在这里，继续监视母巢方面的行动，我和承男还有薇奇安负责对付母巢。”
余承男，薇奇安先后与洛里斯，杰塔相拥，这既是告别，也很可能是永别，所有人都心知肚明，只有晨曦静立一旁，看着他们四人相互拥抱，但双眼却深深望向洛里斯与杰塔，令所有人都感受到她内里蕴含着对众人的深厚情感是不言而喻的。
洛里斯重重拍了余承男的肩膀一记，激励的道：“去吧！勇士们，祝你们成功！”余承男紧握他粗壮有力的手臂，用力的点了点头。
转眼间，晨曦三人已经消失在杰塔的视线中，只听杰塔目视他们高速移动的方向，心里默念道：“你们一定能做到的！”
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晨曦在前，余承男与薇奇安一左一右的跟在她身后。
余承男望着母巢越来越“宏伟”身躯”，心里涌起万丈豪情，在这一刻，奉献已经大于恐惧，当死亡变成一件有意义的事情时，所有的苦难已经微不足道，再不能阻挡他前进的脚步。自成为赤色龙魂的主人以来，他下决心将这些力量用于正途，帮助光辉市里的幸存平民，击杀异形，这是为了向已经逝去的彼得森报仇，有了这强大的力量，他要保护身边所有爱他和他爱的人们。彼得森与他交谈时的音容笑貌仿佛又出现在他脑海里，向他点头致意，他亲爱的母亲和妹妹余瑜，也清晰的出现在他眼前，他们都在告诉余承男，他这样做是对的。
薇奇安的话语将余承男带回到残酷的战场：“晨曦，不如我变成神龙，摧毁母巢的‘支点’？”
晨曦摇头否决道：“不可以，巨型门之生物数量不少，你若变成神龙形态，只会与它们陷入苦战，更让母巢有了防备。我们就这样行动，当我感知到它触手的同时，你们听我的指令行动，我们定能毁掉它们。”
三人距离母巢越来越近，晨曦猛地喝道：“这边，随我来。”余薇两人紧跟其后，三道人影迅速掠往母巢左边的方向，母巢那通天柱体附近，没有巨兽，也没有异形，它的巨型身躯孤零零的存在着，前方空荡荡犹如毫不设防的大门，三人就这么长驱直入。如果ecco的指挥中心这时留心的是母巢附近区域的话，就会发现有三道人影正在以高速跑向母巢，而且是快的惊人的速度。
晨曦蓦地停住脚步，余薇两人也紧跟着停下。晨曦闭上美目，似有所觉的道：“其中一个支点在这里，现在我们要将它逼出来，你们做好准备。”晨曦一边说着，来到余薇两人中间，两手分别轻轻放在两人肩头上。正在余承男感到困惑之际，奇异的事情发生了。
在可以感知到的高速中，余承男的意识如山洪般倾泻而出，猛地陷入地底中，由于之前有了黑天那趟的经历，加上晨曦的教导，凭借着龙魂之力，他对这一类精神式的奇异力量有了抵抗能力，不再像先前一样精神被夺般，事后虚脱无力。这一次他放松全身，精神回应着与晨曦的召唤。这种感觉与先前黑天那次又有不同，如果说黑天是以粗鲁霸道的方法，强行将自己拉到其精神控制中，这次的方式则柔和多了，令他熟悉的是那次初到地湖庄园时，与无心影人们变成黑色龙卷风战斗时，晨曦与他赤色龙魂融为一体的情况，这种精神式的融合令他感到亲和，友善。
余承男再次进行了一次地下之旅，他清晰的感到晨曦正在紧握他的手，手上细白润滑的皮肤给他的感觉是那么的真实，晨曦的另一边是薇奇安，三人朝母巢深埋地底的触手不断迫近着。就在这时，余承男感到一股强大无匹的精神力量朝他们压迫而来，晨曦带着他们不再靠近触手，而是返回地面，不一会，余承男脑际“嗡”的一声，他感到又再一次掌控了自己的身体。他已经知道晨曦的计策成功了，他们成功的将母巢的触手逼了出来。这是一种压迫式的策略，其目的就是要让母巢意识到危险已经向它靠近，令它愤怒，暴躁，自己暴露出弱点。
果不其然，母巢那隐藏地底的其中一只触手破土而出，十多米长的触手与它上边那令人作呕的五颜六色的凸起物同时出现在三人面前。这一次不再是通过精神力量的方式，而是真真实实的以人的肉眼见到母巢的触手，令余承男不由涌起新奇的感觉。另一只触手同时破土而出，但却缠绕在附近一所废弃房屋之上，离他们的距离比较远。
晨曦掌间的白色剑芒早已透出，厉芒暴闪下，当先朝母巢的触手腾跃而去，她赤足轻点触手上的凸起物，并借力不断抬高，转眼间已经快到触手尾部。“喝！”晨曦娇喝一声，左右手剑芒左割右切，触手立刻颤动起来，喷出淡绿色的液体，这定是母巢的“血液”了。同一时间薇奇安的光电长矛，余承男的火焰剑，一先一后的刺入母巢的触手。紫电与火焰的龙魂之力瞬间贯穿触手，触手的底部竟渐渐被光电长矛与火焰剑撕出一个口子。尽管母巢竭尽全力的摆动触手，但晨曦在触手上方如影随形的以剑芒不断劈砍，使得触手根本无法灵活摆动。
“呀喝！”余承男爆喝一声，赤色龙魂的力量再次加强，火焰剑光芒大盛，竟然透过触手而出，触手的一小块凸起物被削落下来。但母巢并未坐以待毙，只见触手上那五颜六色的凸起物光芒闪烁不定，节奏突快突暗，余承男立感头晕目涨，心头生起恶心之感，一看薇奇安也似是收到影响，动作立刻慢了下来。这时巨大的触手从天而降，阴影将两人覆盖，余承男又惊又急，但那五颜六色的光芒好像吸引了他的心神般，令他生出无比懒惰的心理，想挪动半步都困难。危急时刻，上方呼啸声响起，几发高速的导弹先后命中母巢的触手，令它在空中停滞了一会，就是这么一点关键的缓冲时间，使得余承男在这要命的时刻身体又恢复自由，连忙一个箭步抱着薇奇安滚地避开，触手这时才重重压落地上，发出“蓬”的一声巨响。
一架造型奇特的战斗机从余承男上空呼啸飞过，余承男正诧异是哪架ecco的战机能来到母巢附近时，韩梅那熟悉且沉稳的声音已经在他耳边的无线电中响起：“余承男！你们没事吧，洛里斯已经告诉了我们最新的情况，让我们来帮你。”
洛里斯焦急的声音响起：“战友们，你们听到了吗？我和杰塔赶往那正缠住大楼的触手，我们会试着以烈性炸药摧毁它。”
余承男尚未及回答，晨曦从触手落回地上，这时他们与之战斗的触手已经遍体鳞伤，再不复先前那般有活力，失去了进攻的能力。但现在的关键是如何彻底消灭这触手，单凭他们任何一个人都没可能做到。
三人的无线电里传来杰塔急促的喘息声：“晨曦，你们三人听见了吗？那些巨兽放弃进攻ecco了，他们正在朝母巢方向返回，重复，他们正在朝母巢方向返回！”
时间紧急，他们必须立刻消灭眼前的触手，否则巨兽们回援之时，就轮到他们大难临头。
薇奇安望向晨曦，大声道：“晨曦，我们该怎么做！”
晨曦毫不畏惧的回望那些正在掉头转回母巢的巨兽们，沉声道：“用时之力。我用时之力增强你们的龙魂之力，给予它致命一击。”
余承男心中挂念洛里斯与杰塔的安危，知道自己一方消灭触手的方法后，立刻向蝠翼战机上的韩梅道：“韩少校！请你们去支援洛里斯他们，拜托了！”
“我明白了！我们立刻过去。”黑色天使号立刻驶向另一个触手所在的方向。
余承男与薇奇安一左一右紧贴晨曦。晨曦具有来自门之领域的奇异力量时之力，可以增强两人的龙魂之力，在地湖庄园的两个月中，为了培养彼此间的战斗默契，他们之间有意识的进行这方面的协作，如今正是考验他们配合的时候了。晨曦左手握着余承男的右臂，右手握着薇奇安的左臂，余承男感到自己体内正在源源不断的接收来自晨曦所散发出的力量，赤色龙魂变得活跃起来，就好像一个已经泄气的皮球重新鼓满气体，弹性十足。另一边的薇奇安也全神贯注的与晨曦的力量进行彼此融合。三人仿佛连为一个整体，晨曦就是余承男与薇奇安之间的桥梁，有了这个桥梁，两人的龙魂之力仿佛结合在了一起，力量倍增。
晨曦喝道：“就是现在，用你们的火焰剑，光电矛！”
余承男与薇奇安同时以龙魂之力生成火焰剑与光电矛，与之前不同的是，火焰剑的剑身上除了熊熊烈炎，还便覆紫色电芒，煞是好看，光电矛紫电盘流的矛身之上，生出火红烈焰，其矛尖处更是烈焰遍布，形成一个红紫相映的混色矛头。
晨曦再喝一声：“去吧！消灭它！”她紧握余薇两人的手同时运动，做出了个前推的动作。余承男顺着晨曦的推力，凌空跃起，火焰剑由上而行劈向触手，薇奇安则在前冲的势头中双足用力，整个人如同利箭般挺矛冲向触手。已经“奄奄一息”的触手再无法做出任何反应，火焰剑与光电矛同时命中对手。火与电的力量瞬间在母巢的触手内游走起来，外围生出巨大的力量将余薇两人激得往后飞退，幸好晨曦及时接住了他们。
触手在两股混合的龙魂之力下，出奇的没有发出剧烈爆炸，而是先由母巢的通天柱体上层层段落，继而慢慢化作细碎的颗粒，最后消失不见，永远的消失在了这个世界上。
晨曦与余承男薇奇安互望一眼，他们总算除去了母巢的其中一只触手。
望着那些不断靠近母巢的巨兽们，三人再不迟疑，同时往洛里斯与杰塔所在的方向疾奔而去。
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洛里斯与杰塔一先一后地奔上被母巢其中一个触手所缠绕的废弃建筑顶层。
也许是母巢的一个触手被余承男等人消灭的原因，使得母巢的力量有所减弱，它的另一只触手只是将建筑底部缠了个结实，没有任何动作。
尽管洛里斯两人安然无恙地靠近了目的地，但是危险离他们并不算远，在“尤格拉斯”带领下，剩余的巨兽在赶回母巢，其中“尤格拉斯”更亲自朝他们的方向而来。另一方面，晨曦等人也不断在无线电里告诉他们，有很多异形正在朝他们接近。洛里斯开始还不太相信，但织田美嘉的话很快就证实了他的想法有多天真。
“洛里斯，监视器上显示有许多不明物体在向你们的所在位置不断靠近，无论你们想做什么，请尽快吧。”
此时洛里斯和杰塔已经站在母巢触手不远处，正在头皮发麻的想着如何解决眼前的麻烦。
薇奇安急促的声音在无线电响起：“洛里斯，你和杰塔先行撤退，敌人太多了，你听到了吗？”
杰塔此时刚好勘查完触手缠绕的地方，向洛里斯请示道：“这家伙真聪明，它将这栋建筑的最高层缠了个结实。唯一的办法就是把我们所在的楼顶炸塌，不然它不会松口的。”
洛里斯当机立断的道：“杰塔，你来布置炸弹，我来挡住一切靠近的东西，快！”
杰塔立刻依言开始紧张的布置起来，她与洛里斯都是抱着必死的决心前来，已经有了随时奉献生命的心理准备。另一方的洛里斯则将随身的感应地雷布在通往顶层的必经之路，又在楼顶的入口处组装好一个自动机枪，最后找好掩护，以激光步枪瞄准随时可能出现的任何敌人。
等离子聚能炮再次发威，剩余的炮台由于失去巨兽的进攻得以腾出手来，向不断靠近洛里斯所在的巨兽不断开炮，在不间断的火力之下，位于“尤格拉斯”队伍最后方的两头巨兽轰然倒地。洛里斯看的心下稍安，他知道晨曦等人正在迅速赶到这里，只要他们能及时到来，自己和杰塔说不定能得救。
布好的感应地雷发出连环爆炸的闷哼声，整个建筑响起了一阵阵低沉的回音。敌人终于来了。
织田美嘉着急的声音传来：“洛里斯，它们靠近你了，大量的不明物体靠近你们的所在了。”
洛里斯最后检查了一下自己的武器，同时自信地回答道：“放心吧，我不会让他们经过我所在的位置。”
杰塔仍在埋头布置。
敌人终于出现在洛里斯的视线，那是一种奇怪的爬虫，比钢甲蜥蜴要小上许多，只有蟑螂般的大小，全身碧绿得渗人，令洛里斯心里不由打了个咯噔，这一定是剧毒无比的生物。“索索”声中，第一波数不清的剧毒爬虫不断涌上阶梯，它们的协作程度比蚂蚁更可怕，当发现洛里斯所布下的第二排感应地雷时，剧毒爬虫整个队伍戛然停下，紧接着前方的一小部分剧毒爬虫缓慢轻爬，越过了那排感应地雷。洛里斯看的心里大惊，这些东西实在太聪明了，它们是怎么知道感应地雷的引爆条件是跟猜到地雷时受到的压力有关的呢？剧毒爬虫依法炮制，不断分出小部分的爬虫们，慢慢越过感应地雷。洛里斯猛下决心，他以遥控的方式引爆了感应地雷，连串爆炸声响起，楼梯中间登时被炸得掉落，总算能稍微阻挡剧毒爬虫了。
杰塔此时将烈性炸弹布置完毕，向洛里斯扬声大叫道：“洛里斯，完成了，我们赶紧离开这里！”
洛里斯正想应答时，令人难以置信的情景发生在他眼前，剧毒爬虫依然在前进着，它们以“头咬尾”的方式，完成了楼梯悬空部分的“搭建”，后方的剧毒爬虫踩着同伴们身体做成的“楼梯”，离楼顶越来越近。
自动机枪再无保留，子弹疯狂的朝爬虫大军倾吐火力。
杰塔来到他的身边，头皮发麻的看着这一切，紧抓着洛里斯的肩膀道：“你还等什么！我们快走啊！”
洛里斯却一把推开杰塔，边摇头边大喝道：“杰塔，你走吧！记得确保炸弹引爆！”
“不！”杰塔哀声道，“我们要走就一起走！”
剧毒爬虫凌乱的爬行声越来越清晰，自动机枪的弹夹全部打完，枪口冒着黑烟，洛里斯知道最关键的时候到来了，以冷血得不似常人的口吻说道：“杰塔，你给我滚，不然我就将你一枪打死，明白吗！这是命令，给我滚！”
杰塔噙着泪水，扭头便跑，她来到楼顶边缘时，刚安放好下滑的钩索，忍不住回头望往洛里斯的方向，在那一刻，她内心没有任何哀伤，而是充满了对洛里斯崇高的敬意。剧毒爬虫爬遍洛里斯的全身，他成了一个“虫人”，洛里斯用尽最后的一丝力气，拉响了腰间的手雷，与他身上的剧毒爬虫在爆炸声中同归于尽，消失在了仍在不断充盈的剧毒爬虫的海洋中。
黑色天使号呼啸而至，机上的韩梅与达蒙看的激情狂涌，洛里斯阵亡了，唯一能为他做的就是多杀几只剧毒爬虫为他报仇。黑色天使号启动悬浮模式，机枪不断扫射那些不住接近杰塔的剧毒爬虫。
杰塔猛一咬牙，沿着系好的钩索不断下滑，她向韩梅传去了她将要引爆炸弹的讯息，当黑色天使号迅速拉升的同时，杰塔按下了引爆按钮，母巢所盘绕的顶层立刻剧烈爆炸，散发的冲击波将仍在下坠之势的杰塔击中，令她像陀螺般摇摆不定，钩索断开，杰塔闭上眼睛，准备迎接死亡，但一对强有力的臂膀接住了它，睁眼一看，正是余承男冷峻而刚毅的脸庞首先映入眼帘，杰塔终于放下倒悬的心，为洛里斯的离去留下了深情的热泪。
余承男一声长叹：“我们来迟了，杰塔。”
杰塔埋头在他肩膀上，落泪痛苦道：“洛里斯走的很勇敢！”
就在这时，血淋淋的触手被冲天而起的紫电长矛当场洞穿，在晨曦与薇奇安携手之下，母巢的第二只触手也被终结了。
余承男轻轻地放下杰塔，说道：“洛里斯不会白白牺牲的，我们一定能击败母巢，一定会！”
大地颤动起来，失去了两只触手后的母巢似乎变得“虚弱”了，其柱体的黑青色颜色转淡，柱体上五颜六色的凸起物不再光芒四射，而是只发出微弱的光线。黑天说的没有错，触手确实是母巢的薄弱之处。现在剩余的，只有那只藏在云霄中，最后的母巢触手了。
余承男，薇奇安，晨曦，杰塔，四人目视着不断朝己方靠近的“尤格拉斯”及两头巨兽，他们没法继续逃了。一个巨大的黑影盖地而来，发出一声响彻整个光辉市的凄厉低鸣，黑色巨鸟昆根庭也出现了，目的和“尤格拉斯”它们一样，都是这几个扭转战局的人们。
四人毫无惧意地以目光迎向这些身躯比他们大上百倍的巨兽，最后的决战即将来临。