在木叶忍者的奋战下，砂忍和音忍败退。事后，双方确认此次事件的主谋是大蛇丸，他暗中杀死了风影并假扮风影挑起了战争。木叶选择原谅砂忍并重新建立同盟关系。
此次战斗中，木叶大批忍者伤亡。旗木卡卡西与宇智波佐助持续昏迷，三代火影猿飞日斩在与大蛇丸的战斗中牺牲，其养子猿飞火叶在与砂忍战斗中失去了一条手臂。
“我先走了。”火叶换好了黑色的衣服，和小南打了声招呼去参加三代火影的葬礼。
“慢走。”
本来在完成一尾的抓捕后是要立即返回晓组织的，不过火叶请求等自己参加完三代火影的葬礼再走，小南同意了。小南也曾经失去过重要的人，她能理解现在火叶的感受。而且，经过五年的相处，她的内心已经把火叶当成亲弟弟一般的存在，虽然平常没什么感觉，但看到火叶的左臂被打断后她真有点难过。她也清楚，失去左臂的火叶此次回到晓组织后就会被抽走体内的三尾然后死去，小南想尽量满足火叶最后的愿望。于是，小南决定和火叶再在木叶停留至三代火影葬礼结束，鬼鲛带着一尾的查克拉先行返回组织，鼬则说自己还想再多了解了解木叶的变化也留了下来，并且不知藏在了哪里。
三代火影的葬礼上，除了守卫和重伤的以外，大部分的木叶忍者都来了，在场的人看上去都十分伤心。火叶和木叶丸站在最前面，火叶用仅有的一只右手搂着木叶丸。
看着木叶丸那一副憋着泪的样子，火叶便安慰他：“木叶丸，想哭就哭吧。”
木叶丸强忍着泪水回应：“我才不会哭呢。我体内可是流淌着爷爷的火影血统，才不会随便哭的。倒是火叶大哥你，要是难过的话就哭吧，别憋坏了。”
憋坏吗？三代火影身为火叶的养父确实是和他最亲近的人，火叶此时也十分难过，但是他的眼里没有一滴泪水。这五年来担惊受怕的生活让他根本就腾不出多余的力气去哭，或许他早已忘记了哭是什么。这样的生活继续下去，他可能连感情都会被抹消掉。
“让一下，让一下。”在众人哀悼时，几个戴着面具的人冲入人群之中来到了火叶身边，他们是没有参加火影葬礼的小部分忍者之一——暗部“根”的成员。
“喂，你们想在我爷爷的葬礼上干什么。”木叶丸生气地看着这几个暗部的人，但这几个暗部的人并没有理他，而是看向火叶。
“您就是猿飞火叶大人吧，能麻烦您陪我们走一趟吗。”
“什么事这么急，不能等我参加完老爷子的葬礼再跟你们去吗。”
“抱歉，这次事关木叶的安危，还请火叶大人立刻跟我们走一趟。”
鸣人听到这几个暗部成员的话从人群中冲了出来：“喂，你们这群家伙。火影老爷爷的葬礼上你们居然敢这样，我大哥是火影老爷爷的养子，理应。。。”
“够了，鸣人。”火叶打断了鸣人的话，因为他感觉到这几个暗部成员对鸣人起了杀心。
“可是，大哥。。。”
“我不想在老爷子尸骨未寒之际让一群走狗破坏了他的葬礼。”火叶对鸣人说完后转头看向暗部成员，“我跟你们走。”
“谢谢您的理解。”几名暗部成员将火叶围在中间带他前往暗部。
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木叶暗部“根”的秘密基地，中间坐着一个右眼绑着绷带，年龄和三代火影差不多大的男人，看上去他就是这里的老大。
“你就是猿飞的养子吧。”这个人看了看火叶。
“阁下是？”
“我是木叶暗部组织‘根’的首领志村团藏，也是你的养父猿飞的旧友。”
“是吗。那不知团藏先生为什么要在旧友的葬礼上把身为他养子的我给带到这种地方来呢。”
“看上去你对我的印象并不好啊。那我也不和你闲聊了直奔主题吧。”团藏拄着拐杖站了起来，“猿飞火叶，你是晓组织的人对吧。”
火叶听后心里一惊，但脸上并没有表现出来。
“团藏先生，您把我叫到这来不会就是为了让我听您讲这种无聊的笑话吧。”
“我说的是不是玩笑话你心里应该比我清楚。”
“团藏先生，既然您不是在说笑，那您有什么证据吗。”
“我没有证据。”火叶听到这句话后松了口气，但团藏又说出了一些让他紧张的话：“我的线人告诉我，五年前，木叶叛忍宇智波鼬将猿飞火叶带入晓组织，之后晓组织将其纳入大蛇丸麾下，大蛇丸让他袭击鼬，但他却反过来帮助鼬害了大蛇丸。”团藏睁了睁眼：“我说的对吗，猿飞火叶。”
火叶听后更紧张了，但表明仍是不为所动：“您的故事讲的还真有趣啊，团藏先生。”
“如果你喜欢听的话，接下去的部分我也可以讲给你听。”团藏目不转睛地盯着火叶。
火叶现在已经明白自己在晓组织的事情已经被这个叫团藏的家伙都知道了。
“我也不跟你绕弯子，你说我是晓组织的成员，到底有什么证据。”
“我现在还没有证据证明你是晓组织的人，所以我也没法对你做什么。”
“那你到底想干什么。”
“我只是想告诉你，你加入晓组织的事我已经都知道了。我现在可以给你指条明路，把你知道的全都告诉我，我可以放你一马，不然以后等我掌握了证据你就没机会了。”
“我本来就不是晓组织的人，又有什么能告诉你的。”现在答应团藏就等于不打自招了，火叶没那么傻。而且如果说了，小南的起爆符会让他死的更早。
“既然如此，我也不难为你了，送客。”团藏说完后，两名暗部成员一左一右带着火叶离开。
“团藏大人，为什么不用幻术拷问他呢。”待火叶走后，一名暗部成员问团藏。
“‘根’在木叶忍者心里一直是给人一种对待敌人屈打成招的印象。那个小鬼和木叶村的顶尖上忍旗木卡卡西跟迈特凯的关系特别好，中忍考试到现在的这段时间里日向家族不知为何也常和他来往，如果我们强行逼供，那群家伙恐怕不仅不会相信我们，反而会站在那个小鬼那边。”
“那么，我们打探一下晓组织的情报也好啊。”
“你真的以为晓组织会让那种小鬼知道什么特别的秘密吗？恐怕他知道的还没给我提供情报的“那个人”知道的多。我们现在还是不要为了这点小事打草惊蛇。”
“是。”
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待两名暗部成员“护送”火叶离开后，三代火影的葬礼早已结束。火叶也向家走去。
“果然是鼬吗？”火叶开始思考，能够给木叶暗部送情报的且有这个动机的只可能是曾经身为木叶忍者的鼬，而且之前因为某件事自己就怀疑过他可能是木叶的卧底。不过，他为什么只针对自己。如果他真的是木叶的卧底的话大可将鬼鲛和小南一起出卖，但鬼鲛现在已经离开木叶，小南也是安全状态，只有自己被团藏请去“喝茶”。
“大哥！”一个声音打断了火叶的思考。
“鸣人！？”火叶抬头看只见鸣人激动地朝他跑来。
“听我说，大哥，明天我要和好色仙人去找一个超厉害的婆婆，好色仙人说她可以让卡卡西老师和佐助醒过来。不仅如此，她还可能治好浓眉毛断掉的手和腿，也就是说大哥你的手臂她也能治好的。”
“真的？”火叶激动了起来，如果自己的这条手臂能治好的话就暂时不用被晓组织回收抽走尾兽了。
“真的，大哥，那个人和好色仙人一样也是三忍之一的，是好色仙人过去的同伴。”
一听到那个人是自来也的旧友，火叶的心凉了一大半，想必自来也不会同意那个人救治自己。
“我明白了，你赶紧回家休息吧鸣人，毕竟你明天就要出发了。”。
“是，大哥。”鸣人听后便往家跑去。
火叶看着离去鸣人，苦笑了一下，真不知道自己还能和他这样见几次。