此前张温拜太尉，班师回朝，而这年冬天，叛军内部却发生了巨大的变故，韩遂杀死边章及北宫伯玉、李文侯，拥兵十余万，进军包围陇西。
可这时的凉州刺史是耿鄙，他宠信人品败坏的从事程球，凉州的士人们都很怨恨他。
在中平四年，四月，凉州刺史耿鄙率六郡兵讨伐金城郡的韩遂，而汉阳郡太守傅燮知道州内众人都怨恨耿鄙，就劝阻他说。
“如今公为刺史，是凉州地区的长官，还没有摸清敌人的底细，就擅自出动，这是不理智的。”耿鄙并不听傅燮的劝阻，率兵出击。
结果耿鄙的手下陇西太守李相如、酒泉太守黄衍在半路上反叛，与韩遂叛军联合共同攻打耿鄙军，在杀死程球、耿鄙之后，叛军大举进攻汉阳郡。
汉阳兵少粮尽，太守傅燮选择在此险境中坚守，并鼓舞士气，西羌叛军都听说过傅燮的威名，也大多受过他的恩惠，于是羌人们就在城外叩头，并派信使请求傅燮回归乡里。
傅燮的儿子，傅干也劝说父亲，他对着父亲说道“国家昏聩，父亲大人您不能留在朝廷，如今天下各地叛乱不断，现如今我们兵马不足，如何守城啊？”
“外面那些羌人、叛军也是我们凉州人，当初受过您的恩惠，如今才请求您回到故里，希望您能考虑到现在的形势，若您还是不放心汉阳百姓，我们回到家长再召集兵马，等朝廷大军一到，我们再前去讨伐，安定百姓。”
傅燮听闻此言，就说道，“我儿啊，难道你认为此次我就必死无疑了吗？何况昔日殷寿之暴，可伯禽还是不食周粟而死，今日的朝廷难道能别的上纣王？我的德行又哪里比不上伯禽呢？”
傅燮又接着对儿子说，“当今乱世不能培养出浩然正气的人，我拿着朝廷给的俸禄，又怎么能不为朝廷分忧呢？我这把老骨头恐怕这次是真要死在这里了，你有聪明才智，不该与我同死在这里，我已通知主薄杨会，只有他才能成为我傅家的程婴啊。”
傅燮看着麾下众人和儿子傅干还想劝说他，便指着儿子大声说道，“竖子你是向让我留下不忠骂名吗？还不快滚！”
傅干听后，与四周的众人都泣不成声，沉默不言。
汉阳人王国，在叛军中自称合众将军，与韩遂叛军共同联合，进而包围汉阳，他派遣黄衍前来汉阳说降，傅燮看着黄衍，举剑大骂道。
“你身为朝廷命官，却为叛军说降，你还有没有一点廉耻，你的祖先都会因此感到羞愧。”
话说完，黄衍也不好意思在留于汉阳，就返回叛军中，对王国说道，“傅大人已经有了必死之心。”
而傅燮身穿战袍，拿着环首刀领着几千人的军队冲入叛军之中，英勇战死。
而凉州刺史耿鄙的军司马、扶风人马腾也拥兵反叛，与韩遂等共推王国为主，再次进攻长安三辅地区。
在汉灵帝中平五年十一月，凉州叛军首领王国包围陈仓县，在此用人之际，皇帝刘宏在朝堂上颁布诏书，又任命皇甫嵩为左将军，督领前将军董卓，各率两万士兵拒敌。
大军到了陈仓后，董卓建议皇甫嵩应该兵贵神速，应当立即出兵，他在中军营帐里，向皇甫嵩抱拳言道
“用兵之时，聪明的将领应该不失时机，勇敢的将领应该毫不迟疑。现在救陈仓，陈仓城就可以保全，不救，陈仓城就会叛军破灭。皇甫大人，保全或毁灭的形势就在您一念之间啊！”
而皇甫嵩却对董卓所言不以为然，他向董卓说道，“你说的并不对，兵贵神速的百战百胜，并不如不战而屈人之兵，所以我等要先摆出不可战胜的姿态，以此来等待可以战胜敌人的时机”
“陈仓县虽然是三辅地区的小县，但陈仓虽小，却城池坚固，守备完善，王国所领导的叛军虽然兵力强大，可一时之间定然无法攻陷陈仓”
“而我军在这种情况下，以逸待劳，等到王国所率叛军疲惫不堪，军队再大肆攻击，必可大获全胜！如此一来，我又何必现在兴师动众呢？”皇甫嵩并没有采纳董卓的建议。
王国围攻陈仓从第一年冬天到第二年春，已有八十多天，但由于陈仓城坚守固，最后也未能攻下，叛军部众都疲劳不堪，王国动身只好下令解围撤退。
叛军军中一听撤退，兵马劳顿的叛军内部也渐渐出现了许多逃兵。
在听完斥候们的回报后，皇甫嵩觉得时机成熟了，立即下令起兵追击叛军。
可董卓此时却劝阻皇甫嵩，他说，“穷寇莫追，这是兵书《司马法》上的道理，被击败的敌人，不要追赶，撤回去的部队，不要逼迫。”
“现在，我们追击王国叛军，是逼迫逃跑的部队，是追击被打败的敌人，将军，困兽犹斗，蜂针有毒、狗急跳墙，更何况是人数如此众多的叛军呢？大人您可万万不可追啊！”
皇甫嵩看着营中向自己躬身拜首的董卓，却说“先前王国叛军人多势众，我只能避其锋芒，以逸待劳，这是是躲避叛军的锐气”
“而我现在率兵出击，是等到了叛军士气衰弱的时候，如今王国的兵马疲惫不堪，准备逃跑没有一点斗志，我们用整齐的大军去攻打四处逃窜的叛军，你怎么能说穷寇莫追呢？”
皇甫嵩说完，便独自率兵追击，而命董卓殿后。皇甫嵩连战连捷，大破王国的部众，斩杀一万多人。
董卓又惭愧又遗憾，两次建议都被皇甫嵩否决，自己还被他安排殿后，自己并未立下半点功劳，于是董卓愈加忌恨皇甫嵩。
此次大败后，叛军中韩遂等人共同废掉王国，胁迫前任信都县令、凉州名士汉阳人阎忠担任首领，统率各部。
阎忠愤恨病死，叛军内部大乱，韩遂等人逐渐争权夺利，继而互相攻杀，无暇东进，于是叛军势力就逐渐衰弱。
陈仓之战后，皇帝刘宏就任命董卓为少府，可董卓哪里肯放弃自己手中的兵权，于是他上书朝廷，对皇帝陈言。
“朝廷有命让我去雒阳城中担任少府令，我对此很是感激，但我自己的手下士兵都在挽留我，我实在舍不得这些军中袍泽。”
这时正是中平六年，是灵帝病重之时，朝廷再次任命董卓为凉州牧，并且再一次让他把部队交给皇甫嵩统领。
董卓虽然对凉州牧这个位置很眼馋，可董卓还是不肯奉命放弃自己的军权，并上书找借口说自己手下的士兵和自己感情深厚，希望跟自己一同前往凉州。
桀骜不驯的董卓不肯交出兵权，成为了隐患之一，他也不去凉州，反倒是将士兵都驻扎在关羽的老家河东郡。
皇甫嵩的侄儿皇甫郦对着皇甫嵩说，“如今天下倒悬，除了您和驻守并州的荡寇将军关羽，但关将军要防备鲜卑，就只有董卓了。”
“可现在董卓怨恨于您，他违背朝廷诏令，不肯交出兵权，还狡猾的向国家上书，京城现在正在发生动乱，他却屯兵河东，这肯定是怀有谋逆之心！”
“董卓为人残暴、凶戾，先前大军中的将士们都不愿意依附于他，大人您现在手握重兵，应该为国家上显忠义，下除祸害！”
皇甫嵩说：“董卓不听命虽然有罪，但我如果擅自诛杀他也是有罪责的，不如正大光明地上奏，让朝廷处理此事。”
于是皇甫嵩将此事上奏，朝廷下令责备董卓，董卓因此对皇甫嵩更增怨恨。