关于以生产队（即后来的生产小队）为基本核算单位的问题，主席在一九六一年三月广州会议上就提出，经过半年的调查研究，反复思考，多方商量，主意已定，认为非走此路不可，不能再拖了。他回到北京，九月二十九日就给中央政治局常委及各有关同志写了一封长信，阐明他对农村基本核算单位的主张，并附有若干份材料。信中写道：“我们对农业方面的严重平均主义的问题，至今还没有完全解决，还留下一个问题。农民说，六十条就是缺了这一条。这一条是什么呢？就是生产权在小队、分配权却在大队，即所谓‘三包一奖’的问题。这个问题不解决，农、林、牧、副、渔的大展即仍然受束缚，群众的生产积极性仍然要受影响。如果我们要使一九六二年的农业比较一九六一年有一个较大的增长，我们就应在今年十二月工作会议上解决这个问题。我的意见是：‘三级所有、队为基础’，即基本核算单位是队而不是大队。我以为非走此路不可。在这个问题上，我们过去过了六年之久的糊涂日子（一九五六年，高级社成立时起），第七年应该醒过来了吧。”
由主席主持的中央局第一书记会议，十月六日晚召开，专门讨论以生产队为基本核算单位问题。会前主席印了胡耀邦报送他的《二十五天三千六百里路的农村察看》报告。报告说，形势确实比去年好。所到之处，群众都说形势比去年好多了，不平调了，不瞎指挥了，干部不打人整人了，能多劳多得，生产、生活有了奔头。根本问题在于认真而具体地贯彻农业六十条。大队统一分配，在当前是保护队与队之间的平均主义的一个堡垒。经过邯郸时，听说主席早就说过这个问题，并且说用分配大包干代替“三包一奖”，是解决生产在小队而分配在大队这个矛盾现象、真正调动小队积极性的一个大问题。我认为这是十分正确的。
当时，在**党内，对以生产队为基本核算单位的认识，并不一致，包括一些省委书记和相当数量的地委、县委书记在内。在高级干部中，像胡耀邦这样，以正式报告的形式，如此鲜明地表达对以生产队为基本核算单位的主张的肯定和支持，为数不多。主席看了报告，十分高兴，在批语中写道：“此件写得很好，印各同志，值得一看。”
十月七日，**中央关于农村基本核算单位问题的指示，经过主席审阅修改后出。指示要求各中央局，各省、市、自治区党委，各地委、县委，在十月下半月和十一月上半月内，仔细地研究一下这个问题。各级党委的有关负责同志，都要亲自下乡，并且派得力的工作组下去，广泛征求群众意见，深入进行调查研究。
又一**规模的调查研究工作，在全党兴起。主席派田家英率调查组再次去农村调查。田家英选在山西长治地区的一个村庄，作为调查地点。这是老解放区，而且有良好的农业合作的基础。经过调查，他认为主席的意见完全正确。
邓子恢于十月二十八日到了福建龙岩，进行基本核算单位下放试点情况的调查。十一月九日给主席写了一个报告。报告反映，对基本核算单位下放到生产队，各级干部和群众一致拥护。但有少数大队干部感到权力受到限制，有抵触情绪；小队干部和群众中，也有一部分人主张维持现状。报告对体制改变后出现的问题，提出了具体解决办法。
二十三日，主席把邓子恢的调查报告批转给各中央局和各省市自治区党委。他在为中央起草的批语中说：“邓子恢同志这个报告很好，给你们参考。因为目前各地正在普遍试点，此件可至地、县、社三级党委参考。认真调查研究，对具体问题作出具体的分析，而不是抽象的主观主义的分析，这是马克思主义的灵魂。建议在十二月二十日以前，各省委第一书记带若干工作组，采取邓子恢同志的方法，下乡去，做十天左右的调查研究工作。”
主席多次称赞：“最熟悉农村的，还是邓老！搞农村工作，还得靠邓老啊！”
受中央委托，田家英为中央起草了《关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示》。在这个文件里，有针对性的批评了一些人在这个问题上采取不热心、不积极的态度；同时也反对认为基本核算单位越小越好的意见，而主张大体相当于初级社的规模，就全国大多数地区来说，以二三十户为宜。十二月十二日写出初稿。主席决定提交即将召开的中央工作会议讨论决定。**中央关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示，后经扩大的中央工作会议（即七千人大会）讨论通过后，于一九六二年二月十三日出。以后，以生产队为人民公社基本核算单位的规定，载入了一九六二年九月**八届十中全会通过的《农村人民公社工作条例修正草案》。
自一九六一年二月上旬，主席提出以生产队（当时称生产小队）为基本核算单位的问题，到一九六二年二月十三日**中央出指示，正好一年的时间，可见纠正“左”的思想，突破一种旧的观念之难。改变基本核算单位，是公社体制上的重大调整，是对“六十条”的重要突破。实际上，就经营规模的大体而论，这是正确地回到初级合作社，但还保留政社合一这个僵硬的外壳，这个外壳仍然是农业生产展的严重障碍。
在这一年多的时间里，在改变人民公社体制、调整农村生产关系方面，主席走出了三大步：第一步，缩小社、队规模；第二步，取消食堂、供给制；第三步，改变基本核算单位。这三个步骤，加上允许和鼓励社员展家庭副业和经营自留地等规定，对于解放生产力，恢复和展农业经济，稳定农村社会秩序，改善人民生活，起了至关重要的作用。从一九六二年到一九六六年，粮食生产以平均每年增加二百六十亿斤的度、棉花以平均每年增加六百万担的度增长着。虽然这是恢复性的增产，但增产的幅度是相当大的，而且是连年增产。走出这三大步，实际上也是对原先设想的那种带有空想色彩的“一大二公”的人民公社制度在很大程度上的否定。农业迅地恢复和展，为“调整、巩固、充实、提高”八字方针的贯彻实施，为整个国家经济的恢复和展，奠定了基础。
农村人民公社工作条例的制定，对农业生产的展起了重大的积极作用。随着这个条例的制定，其他许多领域，在总结一九五八年以来经验教训的基础上，通过调查研究，也都相继制定了相关的条例，形成包括许多重要方面的一整套具体政策。被“大跃进”和“反右倾”运动打乱了的工作秩序逐步恢复，走上正常轨道。党内的民主生活也渐趋活跃起来。
大兴调查研究之风的一九六一年，给人们留下了深刻的记忆，为后人提供了许多值得借鉴的东西；主席对怎样建设适合中国情况的社会主义，进行了有意义的探索。